| 查看: 3130 | 回复: 12 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
cnlics木虫 (小有名气)
|
[交流]
【原创】利用网络资源进行序列数据分析一条龙方法 已有11人参与
|
||||
|
名字是刚刚起的，内容是以前本人在公司为一群客户做生物信息学分析培训，上机实习的内容。时间离现在已经9年了，这些东西对于大家应该是很容易的，想当年可不是这样，记得那时还很费劲地向客户讲解如何使用局域网。现在不再做相关工作了，贴出来作为纪念： 理论的目的是指导实践，现在我们利用一些免费的公共资源进行分析工作，这个练习的目的是熟悉如何通过网络服务器识别一个未知序列中的真核基因。我们将会用到密码识别程序以及promoter，splice和多聚A尾识别程序。这些信息综合在一起，使我们能找到基因编码区。理论会在识别方法之后被介绍。 任何看过自动注释的基因组序列数据的人都知道，在高等真核生物中，基因自动识别效果不佳。 Gene Discovery——The guide: Step 1: 获得感兴趣的基因 如果已经有一条序列，可以直接到step 2。得到目标基因(your sequence of interest， YSI)后，用"Save As"保存到文件。 搜索美国的公共文献（Medline）数据库PubMed，寻找感兴趣的题目。 搜索美国的 Genbank 寻找感兴趣的基因。 使用德国MIPS的Atlas 搜索蛋白质和核酸数据库。 使用EMBL (Germany) SRS5 搜索多种序列和结构数据库； Step 2.识别ORFs 并翻译为蛋白质 • 使用Baylor College of Medicine (US)的Gene feature 进行搜索； • 使用University of Pennsylvania (US)的GenLang 进行搜索； • 使用ExPaSy (Switzerland) tool 将DNA序列翻译为蛋白质。 Step 3.发现数据库中的相似序列。 • 核酸序列：使用 NCBI (US)的 Blast 搜索选择的数据库，用选项blastx输入ORF的核酸序列； • 蛋白质序列：使用Baylor College of Medicine (US)的 Blast 搜索选择的数据库，输入ORF翻译后的氨基酸序列； • 蛋白质序列：使用Weizmann Institute (Israel)的 The BIOCCELERATOR搜索选择的数据库，输入ORF翻译后的氨基酸序列。 Step 4. 将序列和相似序列做比对 尽管前面的Blast搜索已经提供了局部的比对（相似区域的比对），全局比对（所有区域的比对）有助于对目标序列的更好理解（例如和参考序列直接比较功能区域的“有”或“无”） 。使用EERIE, France Alignment 进行两条序列的比对； • 使用Baylor College of Medicine (US) Alignment进行两条序列的比对。 Step 5.寻找基因家族 • 可以在Baylor College of Medicine (US)的 Alignment查询多个序列 • 可以在Oxford University (UK)的AMAS 分析多个序列的比对 • 可以在ISREC (Switzerland)的BOXSHADE 观看比对去的具体情况 Step 6. 寻找蛋白质中的特异模式 • 使用ISREC (Switzerland) ProfileScan 进行搜索； • 使用Fred Hutchinson Cancer Research Center (US) Blocks进行搜索； • 使用GenomeNet (Japan) Motif 进行搜索； • 使用Argonne National Laboratories (US) PatScan 搜索规定的模式； • 使用Institute for Molecular and Cellular Biology, Osaka University (Japan) Psort 预测蛋白质的分类信号； • 使用ISREC (Switzerland) SAPS 对蛋白质序列进行统计分析。 Step 7. 预测蛋白质的结构 • 使用EMBL (Germany) PredictProtein 预测蛋白质的二级结构； • 使用University of California in San Francisco (US)NNPREDICT预测蛋白质的二级结构； • 使用Baylor College of Medicine (US) ppsp预测蛋白质的二级结构； • 使用ISREC (Switzerland) Coils寻找coil-coil 区域； Step 8.查找相关蛋白质的功能信息 为了解目标蛋白质的功能，收集有相似结构或序列元件的蛋白质的信息很有价值。因此通过PubMed 用蛋白质作为关键词进行检索，也许能够提供蛋白质的功能信息。 Step 9.将序列放进一个 "alert" 服务器 当有与你的序列相似的序列进入数据库时，"Alert"服务器会给你发送 消息。可以选择下列服务器： • EMBL (Germany)的Sequence Alerting ； • MIPS (Germany)的MIPS alert ； • ExPaSy (Switzerland)的Swiss-Shop 。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 质谱分析多肽序列 | 综合提高 |
» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有69人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有11人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有23人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有7人回复
-
filecode
已经有12人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有13人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有7人回复
-
关于Filecode分析方法
已经有13人回复
-
各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。
已经有8人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有22人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 问个泛函分析的问题， 有关序列极限，略难。。。
已经有13人回复
- 蛋白氨基酸序列分析及二、三、四级结构的鉴定
已经有33人回复
- 如何根据一小段氨基酸序列分析是采用的何种载体
已经有7人回复
- 【求助/交流】基因序列的分析
已经有5人回复
- 【课件】数据统计分析方法
已经有52人回复
- 【求助/交流】举例说明模式生物中一个基因的序列的获取、序列分析和功能分析
已经有8人回复
- 【求助】安捷伦7890A5975C气相色谱质谱仪序列中断
已经有3人回复
- 【求助/交流】请高人帮我详尽的分析一段DNA序列
已经有17人回复
- 【推荐】序列对齐分析
已经有14人回复
三磷酸腺苷
铁杆木虫 (职业作家)
- BioEPI: 3
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.021
- 金币: 7298.5
- 散金: 9
- 红花: 13
- 帖子: 4032
- 在线: 224.7小时
- 虫号: 551611
- 注册: 2008-04-27
- 性别: GG
- 专业: 神经系统肿瘤（含特殊感受
3楼2010-09-13 23:21:53
scelab
荣誉版主 (文坛精英)
小木虫之有关部门负责人
- 应助: 63 (初中生)
- 贵宾: 1.475
- 金币: 8294.6
- 散金: 4158
- 红花: 39
- 沙发: 99
- 帖子: 21277
- 在线: 3169.3小时
- 虫号: 482065
- 注册: 2007-12-20
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
- 管辖: 微生物
2楼2010-09-13 22:40:05
cnlics
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3014.2
- 红花: 4
- 帖子: 270
- 在线: 422.4小时
- 虫号: 795158
- 注册: 2009-06-16
- 性别: GG
- 专业: 当代宗教
4楼2010-09-13 23:58:33
cnlics
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3014.2
- 红花: 4
- 帖子: 270
- 在线: 422.4小时
- 虫号: 795158
- 注册: 2009-06-16
- 性别: GG
- 专业: 当代宗教
6楼2010-09-14 11:00:35
