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bbslover

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】sybyl画分子的一个问题，什么叫 carboxyl O-protonated ？已有2人参与

下面是文献中的一句话：
DOCK6.0 (51,52) b was employed to dock all the inhibitors into the
P-selectin binding pocket, which the carboxyl O-protonated forms
of the molecules were used in the calculations.

什么叫carboxyl O-protonated ，使用sybyl画完分子怎么操作呢，才能质子化，有的文献还经常说把 N 原子质子和，这样做的依据是什么呢？还有质子化是不是就是更改一下原子的类型就好了？

估计质子化与否应该影响静电效应，可是我们怎么知道什么时候要进行质子化处理呢？
谢谢！

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1楼 2010-09-11 19:38:18

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tripos

铁虫 (初入文坛)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

SYBYL中针对小分子质子化只需要修改相关原子的原子类型即可，例如将N原子修改成N.4的类型即为质子化，重新加H和计算电荷后优化即可准备完毕，如果判断分子需要质子化需要根据模拟体系的酸碱环境，默认均为中性，另一方面要看小分子本身的pka值，也就是结合体系的PH值和小分子本身的pka值来确定小分子的质子化状态。如果完全未知的话，也不妨多做几次尝试，质子化的与非质子化的均做出来进行对比分析，从而倒推哪种环境更有利于活性的提高。