应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl画分子的一个问题，什么叫 carboxyl O-protonated ？
31/1返回列表
查看: 621  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】sybyl画分子的一个问题，什么叫 carboxyl O-protonated ？ 已有2人参与

下面是文献中的一句话：
DOCK6.0 (51,52) b was employed to dock all the inhibitors into the
P-selectin  binding  pocket,  which  the  carboxyl  O-protonated  forms
of the molecules were used in the calculations.

什么叫carboxyl  O-protonated ，使用sybyl画完分子怎么操作呢，才能质子化，有的文献还经常说把 N 原子 质子和，这样做的依据是什么呢？ 还有质子化是不是就是更改一下 原子的类型就好了？

估计质子化与否应该影响静电效应，可是我们怎么知道什么时候要进行质子化处理呢？
谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2010-09-11 19:38:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwnail2003

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
2楼2016-08-05 09:48:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tripos

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
SYBYL中针对小分子质子化只需要修改相关原子的原子类型即可，例如将N原子修改成N.4的类型即为质子化，重新加H和计算电荷后优化即可准备完毕，如果判断分子需要质子化需要根据模拟体系的酸碱环境，默认均为中性，另一方面要看小分子本身的pka值，也就是结合体系的PH值和小分子本身的pka值来确定小分子的质子化状态。如果完全未知的话，也不妨多做几次尝试，质子化的与非质子化的均做出来进行对比分析，从而倒推哪种环境更有利于活性的提高。
赞一下 回复此楼
3楼2016-08-10 09:13:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bbslover 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +4 a089 2026-08-26 5/250 2026-08-27 09:24 by Howard28
[基金申请] 基金不中，共勉 +7 eulota 2026-08-26 7/350 2026-08-27 09:02 by hsding2026
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +7 晴天加油 2026-08-26 8/400 2026-08-27 07:53 by longfie172
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭