| 查看: 1235 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
paladinlee铁杆木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】dlpoly运算中bond（化学键）的问题 已有3人参与
|
||
|
刚刚用dlpoly算了64个CH4甲烷分子。 config中在gui界面上64个甲烷分子呈BCC排布,C与H成键了。 field用gui自动分析生成。bond的势能函数（harmonic；morse；fix）都试算了一遍。 control文件具体如下： integrator leapfrog verlet temperature 300.00 pressure 100.00 ensemble npt berendsen 1.0000 1.0000 ... 在VMD中查看history，结果在运算过程（harmonic和morse）中，C与H在开始就没有成键，C和H各自运动。fix不收敛。 Q1.请问这是什么原因？ 后来用NVT系综算了一遍，是成键了的甲烷分子在运动。但由于边界条件，使得一个边界的H转移到另一个边界。 Q2.是不是成键了的分子就不能用NVT来做呢？ 请哪位高手指点一下！！ 谢谢！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 由于杂质过多导致pcr不成功的问题
已经有5人回复
- 共聚焦显微镜问题 求高手指导
已经有8人回复
- 英国访学邀请函签名问题
已经有8人回复
- 请教关于均匀磁场和非均匀磁场、磁场梯度的问题
已经有3人回复
- 关于WB的问题
已经有3人回复
- 求解，卤素的诱导、共轭问题，谢谢
已经有3人回复
- 关于考研的问题
已经有32人回复
- 生物法处理有机废气中活性污泥的问题
已经有3人回复
- MS中bond的疑惑
已经有3人回复
- mathmatica运算遇到问题 求助
已经有5人回复
- MS中castep 服务器上计算时并行运算的问题
已经有4人回复
- 关于MATLAB和OpenCV对相同算法的运算速度对比问题
已经有20人回复
- 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
已经有98人回复
- 【求助】Bond Population 算出来是负值有问题吗？
已经有8人回复
- 【求助】MS4.3/4.4多核处理器并行运算的问题
已经有24人回复
huanghl2010
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 60 (初中生)
- 金币: 3285.5
- 散金: 436
- 红花: 31
- 帖子: 1276
- 在线: 1466.4小时
- 虫号: 982656
- 注册: 2010-03-26
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-07-15 22:52:23
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-07-15 22:52:23
|
CH4 nummols 8 atoms 5 mass charge rept CH4_C 12.0110 -0.4720 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 BONDS 4 harm 1 2 333176 1.095 harm 1 3 333176 1.095 harm 1 4 333176 1.095 harm 1 5 333176 1.095 ANGLES 6 harm 2 1 3 23901.8 109.2 harm 2 1 4 23901.8 109.2 harm 2 1 5 23901.8 109.2 harm 3 1 4 23901.8 109.2 harm 3 1 5 23901.8 109.2 harm 4 1 5 23901.8 109.2 finish 我写的CH4五点模型，你看看行不？ |
5楼2011-07-15 10:10:38
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
2楼2010-09-11 17:31:53
paladinlee
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 17609.8
- 红花: 1
- 帖子: 837
- 在线: 189.3小时
- 虫号: 1050994
- 注册: 2010-07-02
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
3楼2010-09-12 08:54:58
paladinlee
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 17609.8
- 红花: 1
- 帖子: 837
- 在线: 189.3小时
- 虫号: 1050994
- 注册: 2010-07-02
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
4楼2010-09-12 09:00:03
40