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paladinlee铁杆木虫 (正式写手)
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【求助】dlpoly运算中bond（化学键）的问题 已有3人参与
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刚刚用dlpoly算了64个CH4甲烷分子。 config中在gui界面上64个甲烷分子呈BCC排布,C与H成键了。 field用gui自动分析生成。bond的势能函数（harmonic；morse；fix）都试算了一遍。 control文件具体如下： integrator leapfrog verlet temperature 300.00 pressure 100.00 ensemble npt berendsen 1.0000 1.0000 ... 在VMD中查看history，结果在运算过程（harmonic和morse）中，C与H在开始就没有成键，C和H各自运动。fix不收敛。 Q1.请问这是什么原因？ 后来用NVT系综算了一遍，是成键了的甲烷分子在运动。但由于边界条件，使得一个边界的H转移到另一个边界。 Q2.是不是成键了的分子就不能用NVT来做呢？ 请哪位高手指点一下！！ 谢谢！！ |
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zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-07-15 22:52:23
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CH4 nummols 8 atoms 5 mass charge rept CH4_C 12.0110 -0.4720 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 CH4_H 1.0080 0.1180 1 BONDS 4 harm 1 2 333176 1.095 harm 1 3 333176 1.095 harm 1 4 333176 1.095 harm 1 5 333176 1.095 ANGLES 6 harm 2 1 3 23901.8 109.2 harm 2 1 4 23901.8 109.2 harm 2 1 5 23901.8 109.2 harm 3 1 4 23901.8 109.2 harm 3 1 5 23901.8 109.2 harm 4 1 5 23901.8 109.2 finish 我写的CH4五点模型，你看看行不？ |
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