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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】dlpoly运算中bond（化学键）的问题
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dlpoly运算中bond（化学键）的问题 已有3人参与

刚刚用dlpoly算了64个CH4甲烷分子。
config中在gui界面上64个甲烷分子呈BCC排布,C与H成键了。
field用gui自动分析生成。bond的势能函数（harmonic；morse；fix）都试算了一遍。
control文件具体如下：
integrator leapfrog verlet
temperature      300.00
pressure         100.00
ensemble npt berendsen   1.0000  1.0000
...
在VMD中查看history，结果在运算过程（harmonic和morse）中，C与H在开始就没有成键，C和H各自运动。fix不收敛。
Q1.请问这是什么原因？
后来用NVT系综算了一遍，是成键了的甲烷分子在运动。但由于边界条件，使得一个边界的H转移到另一个边界。
Q2.是不是成键了的分子就不能用NVT来做呢？

请哪位高手指点一下！！
谢谢！！
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我是胖人，不是粗人
1楼 2010-09-11 15:56:14
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-11 18:06:15
甲烷应该有现成的很好的势函数吧。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-11 17:31:53
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
现在的文献中甲烷势函数是把CH4整个看成小球发生作用，分子内C和H的相互作用没有考虑。我的设想是用dlpoly自带的函数算下有键的甲烷分子（一个C，四个H）模拟结果和别人的势函数对比，有什么不同。
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我是胖人，不是粗人
3楼2010-09-12 08:54:58
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
而且我想讨论的不只是甲烷，以后算到其他带键分子时的bond不知道会不会出现这个问题.....
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我是胖人，不是粗人
4楼2010-09-12 09:00:03
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-07-15 22:52:23
CH4
nummols             8
   atoms       5  mass    charge        rept
CH4_C        12.0110   -0.4720         1
CH4_H        1.0080    0.1180         1
CH4_H        1.0080    0.1180         1
CH4_H        1.0080    0.1180         1
CH4_H        1.0080    0.1180         1
BONDS    4
harm  1   2   333176   1.095   
harm  1   3   333176   1.095
harm  1   4  333176   1.095
harm  1   5  333176   1.095
ANGLES   6
harm  2   1   3     23901.8   109.2
harm  2   1   4     23901.8   109.2
harm  2   1   5     23901.8   109.2
harm  3   1   4     23901.8   109.2
harm  3   1   5     23901.8   109.2
harm  4   1   5     23901.8   109.2
finish


我写的CH4五点模型，你看看行不？
赞一下(2人) 回复此楼
MOFs
5楼2011-07-15 10:10:38
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