24小时热门版块排行榜    

查看: 1749  |  回复: 0

z5476t4508

新虫 (正式写手)

明天家

[交流] 【求助】在Gaussian中使用Amber 力场方法

G09中有一个例子,输入文件如下:
#p amber opt=tight freq test

Gaussian Test 423:
Butane AMBER

0,1
C-CT--0.25      .010720    -.000147     .019982
C-CT--0.25     -.003671    -.001108    1.552136
C-CT--0.25     1.429829    -.000496    2.094942
C-CT--0.25     1.415438    -.001458    3.627096
H-HC-0.1    -1.012976    -.000591    -.356686
H-HC-0.1      .523857    -.888970    -.350136
H-HC-0.1      .522678     .889814    -.349030
H-HC-0.1     -.531884    -.889107    1.907177
H-HC-0.1     -.533060     .885747    1.908280
H-HC-0.1     1.958042     .887502    1.739901
H-HC-0.1     1.959218    -.887352    1.738798
H-HC-0.1     2.439134    -.001013    4.003764
H-HC-0.1      .903480    -.891419    3.996108
H-HC-0.1      .902301     .887365    3.997213

~                                                      
是可以算的

我自己的输入文件是:
p amber opt=tight freq test

Gau   13
Butane AMBER

0,1
C-CA--0.211              0.00000000    0.00000000    0.00000000
C-CA--0.152              1.38934867    0.00000000    0.00000000
C-CA--0.152              1.82651370    1.38040168    0.00000000
C-CA--0.211              0.69251527    2.18313448    0.00000000
N-N-0.036           -0.44665737    1.34266607   -0.00008754
H-H4-0.176            -0.72132980   -0.81864167   -0.00005438
H-HA-0.153             2.04098420   -0.86874066   -0.00000876
H-HA-0.153             2.85946674    1.71631483   -0.00000000
H-H4-0.176             0.58902791    3.26765815   -0.00013158
O-O--0.460            -2.74135254    1.04572221    0.00149418
C-C-0.5092           -1.77745443    1.76471613    0.00084721
H-H2--0.019             -1.84262515    2.84577214    0.00105460

~                                                                  
没法算,高斯提示错误:
Generating MM parameters.
Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms      1      5 CA-N
Bondstretch undefined between atoms      4      5 CA-N
Bondstretch undefined between atoms     11     12 C-H2
Angle bend  undefined between atoms      1      5      4 CA-N-CA
Angle bend  undefined between atoms      1      5     11 CA-N-C
Angle bend  undefined between atoms      2      1      5 CA-CA-N
Angle bend  undefined between atoms      3      4      5 CA-CA-N
Angle bend  undefined between atoms      4      5     11 CA-N-C
Angle bend  undefined between atoms      5      1      6 N-CA-H4
Angle bend  undefined between atoms      5      4      9 N-CA-H4
Angle bend  undefined between atoms      5     11     12 N-C-H2
Angle bend  undefined between atoms     10     11     12 O-C-H2
MM function not complete
请大家指教以下是为什么,我快崩溃了都
回复此楼
Itrustyouarekeepingwell?
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

相关版块跳转 我要订阅楼主 z5476t4508 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见