| 查看: 1771 | 回复: 0 | |||
z5476t4508新虫 (正式写手)
明天家
|
[交流]
【求助】在Gaussian中使用Amber 力场方法
|
|
G09中有一个例子，输入文件如下： #p amber opt=tight freq test Gaussian Test 423: Butane AMBER 0,1 C-CT--0.25 .010720 -.000147 .019982 C-CT--0.25 -.003671 -.001108 1.552136 C-CT--0.25 1.429829 -.000496 2.094942 C-CT--0.25 1.415438 -.001458 3.627096 H-HC-0.1 -1.012976 -.000591 -.356686 H-HC-0.1 .523857 -.888970 -.350136 H-HC-0.1 .522678 .889814 -.349030 H-HC-0.1 -.531884 -.889107 1.907177 H-HC-0.1 -.533060 .885747 1.908280 H-HC-0.1 1.958042 .887502 1.739901 H-HC-0.1 1.959218 -.887352 1.738798 H-HC-0.1 2.439134 -.001013 4.003764 H-HC-0.1 .903480 -.891419 3.996108 H-HC-0.1 .902301 .887365 3.997213 ~ 是可以算的 我自己的输入文件是： p amber opt=tight freq test Gau 13 Butane AMBER 0,1 C-CA--0.211 0.00000000 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.38934867 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.82651370 1.38040168 0.00000000 C-CA--0.211 0.69251527 2.18313448 0.00000000 N-N-0.036 -0.44665737 1.34266607 -0.00008754 H-H4-0.176 -0.72132980 -0.81864167 -0.00005438 H-HA-0.153 2.04098420 -0.86874066 -0.00000876 H-HA-0.153 2.85946674 1.71631483 -0.00000000 H-H4-0.176 0.58902791 3.26765815 -0.00013158 O-O--0.460 -2.74135254 1.04572221 0.00149418 C-C-0.5092 -1.77745443 1.76471613 0.00084721 H-H2--0.019 -1.84262515 2.84577214 0.00105460 ~ 没法算，高斯提示错误： Generating MM parameters. Include all MM classes Bondstretch undefined between atoms 1 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 4 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 11 12 C-H2 Angle bend undefined between atoms 1 5 4 CA-N-CA Angle bend undefined between atoms 1 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 2 1 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 3 4 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 4 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 5 1 6 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 4 9 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 11 12 N-C-H2 Angle bend undefined between atoms 10 11 12 O-C-H2 MM function not complete 请大家指教以下是为什么，我快崩溃了都 |
回复此楼» 猜你喜欢
焙烧后的拉西环状铁钼催化剂侧面硬度高，应该如何降低？
已经有1人回复
-
欢迎来稿
已经有213人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有242人回复
-
大连海事大学国家级人才团队（船舶洁净能源研究中心）2027年博士研究生招生启事
已经有1人回复
-
中国地质大学杨明教授组招收2027年博士能源化学、催化材料方向（每月5K+）
已经有56人回复
-
中国地质大学杨明教授组招收2027年博士能源化学、催化材料方向（每月5K+）
已经有58人回复
-
北京工业大学_能源催化（能源环境协同催化）_方向拟招收2027年学术和专业学位博士生
已经有2人回复
-
上海华东理工大学2027年海内外人才招聘
已经有1人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
请问在Gaussian中如何固定结构然后再算单点能
已经有6人回复
- Amber tools 中的antechamber 必须要在安装了amber11的前体下才能使用么?
已经有4人回复
- DFT的CAM-b3LYP方法能在Gaussian 03中是否能运行？
已经有7人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】量子化学方法求amber力场参数
已经有10人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【讨论】含有配位键的金属原子在gaussian中如何计算单点能
已经有7人回复
- 【求助】请问哪种方法的模拟结果更加可信？
已经有8人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
