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z5476t4508新虫 (正式写手)
明天家
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[交流]
【求助】在Gaussian中使用Amber 力场方法
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G09中有一个例子，输入文件如下： #p amber opt=tight freq test Gaussian Test 423: Butane AMBER 0,1 C-CT--0.25 .010720 -.000147 .019982 C-CT--0.25 -.003671 -.001108 1.552136 C-CT--0.25 1.429829 -.000496 2.094942 C-CT--0.25 1.415438 -.001458 3.627096 H-HC-0.1 -1.012976 -.000591 -.356686 H-HC-0.1 .523857 -.888970 -.350136 H-HC-0.1 .522678 .889814 -.349030 H-HC-0.1 -.531884 -.889107 1.907177 H-HC-0.1 -.533060 .885747 1.908280 H-HC-0.1 1.958042 .887502 1.739901 H-HC-0.1 1.959218 -.887352 1.738798 H-HC-0.1 2.439134 -.001013 4.003764 H-HC-0.1 .903480 -.891419 3.996108 H-HC-0.1 .902301 .887365 3.997213 ~ 是可以算的 我自己的输入文件是： p amber opt=tight freq test Gau 13 Butane AMBER 0,1 C-CA--0.211 0.00000000 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.38934867 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.82651370 1.38040168 0.00000000 C-CA--0.211 0.69251527 2.18313448 0.00000000 N-N-0.036 -0.44665737 1.34266607 -0.00008754 H-H4-0.176 -0.72132980 -0.81864167 -0.00005438 H-HA-0.153 2.04098420 -0.86874066 -0.00000876 H-HA-0.153 2.85946674 1.71631483 -0.00000000 H-H4-0.176 0.58902791 3.26765815 -0.00013158 O-O--0.460 -2.74135254 1.04572221 0.00149418 C-C-0.5092 -1.77745443 1.76471613 0.00084721 H-H2--0.019 -1.84262515 2.84577214 0.00105460 ~ 没法算，高斯提示错误： Generating MM parameters. Include all MM classes Bondstretch undefined between atoms 1 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 4 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 11 12 C-H2 Angle bend undefined between atoms 1 5 4 CA-N-CA Angle bend undefined between atoms 1 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 2 1 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 3 4 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 4 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 5 1 6 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 4 9 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 11 12 N-C-H2 Angle bend undefined between atoms 10 11 12 O-C-H2 MM function not complete 请大家指教以下是为什么，我快崩溃了都 |
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