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hunter3401新虫 (小有名气)
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[交流]
【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与
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| 本人做了一株菌的16S，现在想构建它系统发育树，请虫友们帮忙看下，这样做是否合理，首先Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列？假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性，那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗? |
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hunter3401
新虫 (小有名气)
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12楼2010-08-25 17:36:27
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看天(金币+3):鼓励交流 2010-08-08 13:23:44
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好像大家都不大精通这方面，我曾经发帖子希望大家讨论一下可惜回复的也太少。 我没做过细菌的，但是通过做真菌的its也多少了解些，把我的想法说说。做树，首先要在genbank上搜索相似序列，但是上面提交的序列也很多很乱，你要把握的原则是，一要ident那个值要高，二要具体看那条序列的详细信息（序列是否完整，是否可信，这一点主要看信息里的文章是否已经发表）。选几条值高的那个属，然后再选个外类群，做树就可以了，具体的还需要具体摸索。一般百分之99以上可能就是那个种了，不过我这些都是自己摸索，希望辩证的来看。 |
2楼2010-08-08 10:29:38
xp198766
铁杆木虫 (著名写手)
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看天(金币+2):很热心 2010-08-08 13:23:54
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我认为可以直接将你的16s序列放入blast比对，找到2楼所说的，相似的序列，就是比对的前面的一些结果，还有，你想通过比对来鉴定你的细菌是吧，这样的话，可以尽量选择一些不同的种，相同的种一般不超过2个…… http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome |
3楼2010-08-08 13:17:32
4楼2010-08-11 11:17:29