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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【分享】reasonspare生物答疑专贴>>>>你提问题，我来答。
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+8):good！ 2010-08-15 12:40:44
引用回帖:
Originally posted by adslye at 2010-08-07 20:53:27:
我想从一种抗旱植物中找到一些抗旱基因。

请问有哪些方法？

我的思路是通过GENEBANK 找相似物种的抗旱序列，然后设计简并引物P。

可否有其他方法？

多谢多谢！！！

我想你的问题：分为几个部分来分析：今天帖子写不完：
Ｐａｒｔ　１
单独找一些特殊表型（如耐盐抗旱，耐酸，耐高温）的基因的方法很多：
具体来讲分两种路线：Bottom-top, TOP-DOWN
前者：主要从转录水平入手：
ｃＤＮＡ－ＡＦＬＰ：找到差异ｍＲＮＡ的片断，测序后找全长基因，以及上下游的调控基因。
ＳＳＨ　（消减杂交），一种ＡＦＬＰ的提高版，功能类似。
上面两种方法一般实验室都能完成。
找到基因后：首先要看其功能验证：（也就是TOP）,能不能表达，表达出什么样的蛋白，转入模式生物的表型，进行突变，和恢复突变。

后者：主要从蛋白入手：
２Ｄ－ＭＳ／ＭＳ，双向电泳找差异，差异蛋白点通过质谱获得氨基酸序列从而进行蛋白鉴定。然后看通过ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ进行验证，然后看看ＲＮＡ转录水平。和相关的调节基因。

ＭｕｄＰＩＴ　（多维蛋白质鉴定技术），不需要２Ｄ，通过ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ实现高通两的蛋白组学ｐｒｏｆｉｌｅ．

这一部分都是最基本找差异蛋白的方法，当然还有很多其他的方法，都可以用。


ＰＡＲＴ　２　

找一些抗旱植物中抗旱基因

这个相对容易，只要你的研究材料合适就好。

Part 3

通过GENEBANK 找相似物种的抗旱序列，然后设计简并引物P。


这个问题，的确省了不少麻烦，值得做，但是我有一个顾虑：与耐旱有关的基因很多，你找那个，你找几个，那几个最终确定下来进行进一步研究，要想清楚。

建议：
３－５备选基因：
设计通用引物
ＰＣＲ扩增。
克隆测序
设计特意引物（两种引物都要考虑如果可能的话，２００左右的做ｑＰＣＲ，和基因全场）
ＲＴ－ＰＣＲ
这一部的结果，就初步证明的你筛选的基因是否存在。
ＲＴ－ＰＣＲ
不同处理的基因表达情况。
到这里你就可以说你的基因和抗旱是否有关了。
－－－－

[ Last edited by reasonspare on 2010-8-11 at 07:20 ]
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11楼2010-08-10 11:54:24
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
我有个菌种，想 做个系统发育树，怎么样~~~





————————————————————————

见下楼，by reasonspare

_______________________________________

[ Last edited by reasonspare on 2010-8-11 at 07:36 ]
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12楼2010-08-10 13:07:18
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lstt09nk(金币+3):R版好辛苦~~ 2010-08-11 17:22:04
引用回帖:
Originally posted by lmzxcom1 at 2010-08-10 13:07:18:
我有个菌种，想 做个系统发育树，怎么样~~~

当然可以。
1：你的菌种为细菌？ 真菌？
2：PCR 16S？ 18s?
测序后。就可以进行系统发育树的建立：

ncbi 上通过比对后，找到很多相似的序列，当然ncbi 也可以建树，但是不怎么漂亮也不是用。

你可以下载下来，自己建树：
建树要注意方法的选择，distance tree:常用： Neighbor-Jionting, UPGMA方法。后者在系统发育树常用。
另外bootstrap 值也是很关键的一个1000 为宜。

Mega 能够基本满足你，也是免费软件，好用，不用学。哈哈

如果你是多个基因一起建树就得用 ML tree.

PAUP, 和PHYLIP比较常用，其他的也很多，但是需要你学习以下，关键是有关的参数的设置。
PAUP 比较权威点，个人感觉：如果你有LUNiX 或者苹果电脑的，可以装窗口操作
如果windows,就需要写下命令了，其实也不难。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2124582 ，有很多其他备选软件。

如果你还有其他问题请直接恢复。
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13楼2010-08-11 07:34:27
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njauzx

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
[quote]Originally posted by reasonspare at 2010-08-10 11:28:31:

感谢reasonspare详细的答复，感觉你的思维很发散，你提的看法我得再消化一会，呵呵



---------------------------------
补充见16楼 by reasonspare
_______________________

[ Last edited by reasonspare on 2010-8-12 at 05:10 ]
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14楼2010-08-11 14:16:15
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lmzxcom1

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-08-11 07:34:27:



当然可以。
1：你的菌种为细菌？ 真菌？
2：PCR 16S？ 18s?
测序后。就可以进行系统发育树的建立：

ncbi 上通过比对后，找到很多相似的序列，当然ncbi 也可以建树，但是不怎么漂亮也不是用。

你可 ...

我的是细菌，16sRNA测序过了，我先按照你的方法试试~3q~~~
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15楼2010-08-11 17:13:06
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★
lstt09nk(金币+2):勤劳的小蜜蜂~~ 2010-08-14 09:53:37
引用回帖:
Originally posted by njauzx at 2010-08-11 14:16:15:
[quote]Originally posted by reasonspare at 2010-08-10 11:28:31:

感谢reasonspare详细的答复，感觉你的思维很发散，你提的看法我得再消化一会，呵呵

哈哈，那时你的课题太大了，没办法具体，因为每一个展开来，都是一个不小的课题。
就拿改变ATP流而言， 转基因这个过程，选什么样的启动子,要考虑好，（有专利），因为ATP 主要为TCA 循环中产生，是生物体本身生活的关键东西，所以改造过程需要很多的思考。其中主要的问题是困难是，菌体的健康程度（活性），毕竟人为的抽走大部分ATP， 菌株自身怎么办。菌株不健康了，你还怎么拿走ATP.

多多考虑。这是个非常有潜力的课题。
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16楼2010-08-12 05:08:57
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你好，我有个问题想寻求答案

我想生产神经节苷脂，可是我不想从脑组织提取。有其他的方法吗？
1、可不可以利用神经细胞培养来做，要是可以的话用什么样的细胞做。
大体思路。
2、其他可行的方案
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17楼2010-08-12 15:28:26
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reasonspare

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2010-08-12 15:28:26:
你好，我有个问题想寻求答案

我想生产神经节苷脂，可是我不想从脑组织提取。有其他的方法吗？
1、可不可以利用神经细胞培养来做，要是可以的话用什么样的细胞做。
大体思路。
2、其他可行的方案

真是不好意思，你的问题我没有能力回答。请开贴，救助把。
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18楼2010-08-14 07:51:39
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sqhnsd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-08-07 11:07:34:
如果你想你的问题由针对性地解答，或者苦于你的问题没有人回复：
那么请将你的问题将给reasonspare听听，或许他有另一番见解。

所有解答不要任何金币，（当然你给我也要）
所有回答不一 ...

版主好牛啊，以后想你多请教MS数据处理的问题了
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19楼2010-08-15 08:33:16
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reasonspare

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sqhnsd at 2010-08-15 08:33:16:

版主好牛啊，以后想你多请教MS数据处理的问题了

哈哈哈，常交流。
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20楼2010-08-17 05:55:15
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