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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【分享】reasonspare生物答疑专贴>>>>你提问题，我来答。
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reasonspare

木虫 (著名写手)

[交流] 【分享】reasonspare生物答疑专贴>>>>你提问题，我来答。 已有28人参与

如果你想你的问题由针对性地解答，或者苦于你的问题没有人回复：
那么请将你的问题将给reasonspare听听，或许他有另一番见解。

所有解答不要任何金币，（当然你给我也要）
所有回答不一定正确（解释权 归reasonspare 所有，并不保证完全正确）
所有提问一定回答（请不要灌水）

木虫ID: reasonspare
木虫简历:小木虫，或者baidu 就能找到。

答疑范围：
1：课题设计：
2：试验设计：
3：试验理论；
4：新技术尝试；
5：实验方法。

专业领域：
生物学；微生物学鉴定，病毒学（仅限于植物病毒），农学；环境植病；数据处理；仪器分析（限于色谱，和质谱）。

特色服务：
数据处理：将你的数据粘贴过来，我帮你分析：如统计学：SPSS SAS, 系统发育学：Phlip, PAUP. 蛋白质组学：MASCOT等等。
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zongyu_1986 yuehongshan

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1楼 2010-08-07 11:07:34
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lstt09nk(金币+3):R版好辛苦~~ 2010-08-11 17:22:04
引用回帖:
Originally posted by lmzxcom1 at 2010-08-10 13:07:18:
我有个菌种，想 做个系统发育树，怎么样~~~

当然可以。
1：你的菌种为细菌？ 真菌？
2：PCR 16S？ 18s?
测序后。就可以进行系统发育树的建立：

ncbi 上通过比对后，找到很多相似的序列，当然ncbi 也可以建树，但是不怎么漂亮也不是用。

你可以下载下来，自己建树：
建树要注意方法的选择，distance tree:常用： Neighbor-Jionting, UPGMA方法。后者在系统发育树常用。
另外bootstrap 值也是很关键的一个1000 为宜。

Mega 能够基本满足你，也是免费软件，好用，不用学。哈哈

如果你是多个基因一起建树就得用 ML tree.

PAUP, 和PHYLIP比较常用，其他的也很多，但是需要你学习以下，关键是有关的参数的设置。
PAUP 比较权威点，个人感觉：如果你有LUNiX 或者苹果电脑的，可以装窗口操作
如果windows,就需要写下命令了，其实也不难。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2124582 ，有很多其他备选软件。

如果你还有其他问题请直接恢复。
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大慈大悲观世音救苦救难观世音有求必应观世音普渡众生观世音千手千眼观世音官大敢管观世音无处不在观世音普观普长观世音南无观世音菩萨
13楼2010-08-11 07:34:27
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

1

lstt09nk:是有点越界,呵呵，不过全当占位吧，以后有问题在贴过来~~r版应该不会介意的~~ 2010-08-07 12:29:39
我有一个疑问，为什么小木虫的站内搜索是baidu还不是google呢？越范围了好像……











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回复见8楼 by reasonspare
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[ Last edited by reasonspare on 2010-8-10 at 11:01 ]
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2楼2010-08-07 12:27:31
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njauzx

金虫 (小有名气)

0.5

我想问光合作用相关的，前几天的帖子。想做个类似的课题设计，不过还没想明白。谢谢！
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2271980&fpage=1




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回复见9楼 by Reasonsapre

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[ Last edited by reasonspare on 2010-8-10 at 11:29 ]
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3楼2010-08-07 12:53:10
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看天

木虫 (知名作家)

1

顶 我也要学习 模仿
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戒嗔怒以养肝气，省言语以养神气，多读书以养质气，顺时令以养元气，不拘节以养大气，观天变以养灵气，莫强求规于运气。
4楼2010-08-07 13:04:55
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