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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNA 复性
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ssyyll1019

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DNA 复性 已有4人参与

大家好，最近做DNA杂交遇到一个问题。
有如下一段发卡DNA 序列：GCGCAACAAGATTTCAAGAGAACTCTTGTTGTTGCGC

两端红色的碱基是回文结构，互补的。

我本想让其自发的形成发卡结构，但实验结果好像不是这样。
我想知道在10mmPBS缓冲液里，dna浓度在10-7 、10-8M 的情况下，是形成的发卡dna占多数，还是不同链间形成的双链多。可不可以通过改变一些条件让其形成发卡结构呢“？

希望大家不吝赐教！谢谢。
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1楼 2010-08-03 14:15:47
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cpu2004

金虫 (小有名气)
★ ★
ssyyll1019(金币+4): 2010-08-03 15:31:41
lstt09nk(金币+2):感谢交流~ 2010-09-15 09:49:55
根据自由能来说应该是二聚体的比例大一些，但是发夹可能性也很大，估计提高温度能减少发夹结构，但是增加发夹结构就不太清楚了。
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2楼2010-08-03 14:43:10
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cpu2004

金虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+2): 2010-08-03 15:38:45
另外加热到94度5分钟后快速置于冰上，能降低二聚体的形成（当时做PCR的经验）
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3楼2010-08-03 14:44:56
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zxping11230

铁虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+2): 2010-08-03 15:38:54
另外加热到94度5分钟后快速置于冰上，能降低二聚体的形成（当时做PCR的经验）

转载自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2272140&fpage=1
非常赞同！
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快乐的科研
4楼2010-08-03 14:53:18
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jialing09

铁虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+1): 2010-08-03 15:38:58
ssyyll1019(金币+1): 2010-08-03 17:28:19
学习来了~~~
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5楼2010-08-03 14:54:51
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ssyyll1019

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cpu2004 at 2010-08-03 14:43:10:
根据自由能来说应该是二聚体的比例大一些，但是发夹可能性也很大，估计提高温度能减少发夹结构，但是增加发夹结构就不太清楚了。

GCGCAACAAGAGTTTCAAGAGAACTCTTGTTGCGC
可以帮我分析下上面序列的自由能吗？ 谢谢
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6楼2010-08-03 15:38:33
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cpu2004

金虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+3):谢谢了！ 2010-08-03 17:28:00
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7楼2010-08-03 16:50:42
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408448482

金虫 (小有名气)

教授

我的想法

设计互补序列，封闭一端！抑制二聚体和发夹形成！金纳米修饰后变性离心分离……
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我不是教授！
8楼2010-09-15 09:29:05
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无形居士2009

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1024362楼: Originally posted by cpu2004 at 2010-08-03 16:50:42
http://pic.muchong.com/201008/03/384110_2010803165007.jpg

您好，我也想设计一个DNA短链，请教一下，上面你用来分析发卡结构 二聚体的这个软件叫什么名字啊？学习一下~~~谢咯
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9楼2013-01-06 22:24:35
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无形居士2009

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，楼主，你这问题解决了么？我也有一个类似问题。。请教一下
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10楼2013-01-07 09:42:10
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