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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNA 复性
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ssyyll1019

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DNA 复性 已有4人参与

大家好，最近做DNA杂交遇到一个问题。
有如下一段发卡DNA 序列：GCGCAACAAGATTTCAAGAGAACTCTTGTTGTTGCGC

两端红色的碱基是回文结构，互补的。

我本想让其自发的形成发卡结构，但实验结果好像不是这样。
我想知道在10mmPBS缓冲液里，dna浓度在10-7 、10-8M 的情况下，是形成的发卡dna占多数，还是不同链间形成的双链多。可不可以通过改变一些条件让其形成发卡结构呢“？

希望大家不吝赐教！谢谢。
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1楼 2010-08-03 14:15:47
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zxping11230

铁虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+2): 2010-08-03 15:38:54
另外加热到94度5分钟后快速置于冰上，能降低二聚体的形成（当时做PCR的经验）

转载自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2272140&fpage=1
非常赞同！
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快乐的科研
4楼2010-08-03 14:53:18
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cpu2004

金虫 (小有名气)
★ ★
ssyyll1019(金币+4): 2010-08-03 15:31:41
lstt09nk(金币+2):感谢交流~ 2010-09-15 09:49:55
根据自由能来说应该是二聚体的比例大一些，但是发夹可能性也很大，估计提高温度能减少发夹结构，但是增加发夹结构就不太清楚了。
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2楼2010-08-03 14:43:10
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cpu2004

金虫 (小有名气)
ssyyll1019(金币+2): 2010-08-03 15:38:45
另外加热到94度5分钟后快速置于冰上，能降低二聚体的形成（当时做PCR的经验）
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3楼2010-08-03 14:44:56
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ssyyll1019

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cpu2004 at 2010-08-03 14:43:10:
根据自由能来说应该是二聚体的比例大一些，但是发夹可能性也很大，估计提高温度能减少发夹结构，但是增加发夹结构就不太清楚了。

GCGCAACAAGAGTTTCAAGAGAACTCTTGTTGCGC
可以帮我分析下上面序列的自由能吗？ 谢谢
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6楼2010-08-03 15:38:33
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