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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】新虫求助！哪位前辈指点一下用vasp做空位缺陷的流程
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轻风龙骑士

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】新虫求助！哪位前辈指点一下用vasp做空位缺陷的流程已有5人参与

哪位前辈指点一下用vasp做空位缺陷的流程

我知道大致的是
1.先做完整晶胞的结构常数的优化
2.然后在优化过的结构下，去掉缺陷原子，做出缺陷模型，进行计算


不知道以上的步骤对不对
还有第二步具体要算哪些数据，有什么具体的步骤

请哪位高人指点一二，谢谢啊！
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自然如何呈现给我们，取决于我们用多少时间去观察他
1楼2010-07-29 16:22:08
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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zzy870720z(金币+2):谢谢侯老师指点 2010-07-30 10:07:12
在第一步的基础上，做一个超原胞，再将超原胞里面拿掉一个原子，然后对带有缺陷的超原胞进行结构优化。
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2楼2010-07-30 09:36:40
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轻风龙骑士

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-07-30 09:36:40:
在第一步的基础上，做一个超原胞，再将超原胞里面拿掉一个原子，然后对带有缺陷的超原胞进行结构优化。

我是直接用超胞做的完整晶胞的结构优化，确定晶格常数后，去掉缺陷的原子进行结构优化，下来比较形成能……不知道这样还有什么需要添加的步骤？
PS：缺陷是个离子，在整个计算流程中，是否保持计算参数与完整晶胞的优化一致？（比如收敛方法）
谢谢侯老师指点！
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自然如何呈现给我们，取决于我们用多少时间去观察他
3楼2010-07-31 07:53:30
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含草

金虫 (小有名气)
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Originally posted by valenhou001 at 2010-07-30 09:36:40:
在第一步的基础上，做一个超原胞，再将超原胞里面拿掉一个原子，然后对带有缺陷的超原胞进行结构优化。

侯老师，我也想问下，拿掉一个原子之后，我只能ISIF=2来优化缺陷胞，而没有采用ISIF=3来进行优化，这样是否合理？谢谢
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4楼2010-07-31 08:32:08
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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aylayl08(金币+4):谢谢解释 2010-07-31 08:39:36
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Originally posted by 轻风龙骑士 at 2010-07-31 07:53:30:

我是直接用超胞做的完整晶胞的结构优化，确定晶格常数后，去掉缺陷的原子进行结构优化，下来比较形成能……不知道这样还有什么需要添加的步骤？
PS：缺陷是个离子，在整个计算流程中，是否保持计算参数与完整晶 ...

直接对完整晶格的超原胞做结构优化，得到晶格常数，这样做比较浪费机时。
先用初基晶胞或原胞进行结构优化得到晶格常数，然后再构建一个足够大的超原胞，固定超原胞的大小(即晶格常数)，拿掉一个原子形成缺陷，结构优化，优化过程中只有话原子位置。如果缺陷是离子的话，也就是体系有带电荷的话，那么在INCAR中得设置NELECT的值，使得体系总电荷数有所变化。NELECT的设置，参考手册上的解释。
在超原胞带缺陷的计算中，平面波切断动能与完整晶格的计算保持一致,k点网格的设置与完整晶格的计算中要相匹配，按比例较少k点网格大小。
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5楼2010-07-31 08:37:25
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
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Originally posted by valenhou001 at 2010-07-31 08:37:25:

直接对完整晶格的超原胞做结构优化，得到晶格常数，这样做比较浪费机时。
先用初基晶胞或原胞进行结构优化得到晶格常数，然后再构建一个足够大的超原胞，固定超原胞的大小(即晶格常数)，拿掉一个原子形成缺陷， ...

也问侯博士个问题，在做缺陷和掺杂体系优化的时候，看文献有的是固定晶格优化，还有全优化的，这个是根据什么定的呢？掺杂缺陷比例都很小（5%以下）。
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珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
6楼2010-07-31 08:42:05
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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cenwanglai(金币+4):谢谢解释 2010-07-31 09:24:33
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Originally posted by aylayl08 at 2010-07-31 08:42:05:

也问侯博士个问题，在做缺陷和掺杂体系优化的时候，看文献有的是固定晶格优化，还有全优化的，这个是根据什么定的呢？掺杂缺陷比例都很小（5%以下）。

严格的讲，缺陷的形成会对缺陷周围的原子产生驰豫，同时晶格会产生应变，引起晶格常数的变化，在缺陷或杂质浓度很高时，是非常明显的。浓度很低时，也有可能。但在计算中，自己可以测试，如果发现带缺陷的超原胞的晶格常数是否固定为完整晶格时的晶格常数对形成能或电子结构影响较大的话，那就得对带缺陷的超原胞进行全优化了，即考虑缺陷对晶格的影响。如果影响很小，那就可以将带缺陷的超原胞的晶格常数固定为完整晶格的，这样省计算量，但也能说明问题。

对于金属性的体系，缺陷的形成能对超原胞大小的收敛性会差点，往往需要较大的超原胞。一个例子：
http://prb.aps.org/abstract/PRB/v55/i20/p13842_1

半导体或绝缘体的缺陷，特别是其带电荷的价态，形成能对超原胞大小的收敛性也会差，这个是超原胞之间的image point charge的相互作用是发散的。
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7楼2010-07-31 09:16:59
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shaolin1120

金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by valenhou001 at 2010-07-30 09:36:40
在第一步的基础上，做一个超原胞，再将超原胞里面拿掉一个原子，然后对带有缺陷的超原胞进行结构优化。

你好！我想问你关于空位缺陷，从超胞中拿掉一个原子，那么怎样判断拿掉哪个原子呢？有什么规律吗？请赐教！！！
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8楼2014-05-21 16:44:53
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