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【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题已有4人参与
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大家好，想向大家请教一个问题： 我在用DMOL对slab模型的结构进行优化的时候 固定了底层原子 一共是三层，固定的时候用的是固定分数坐标，且没有固定晶格参数，在进行优化设置的时候也没有 optimize cell奇怪的是,当几何优化结束的时候 我把固定原子的笛卡尔坐标进行比较的时候发现还是有细微的差别，我不知道这是为什么， 这样的话，我后面在进行过渡态搜索的时候就会出现问题，我的生成物都是从反应物的构型复制过来的基础上改动再进行优化的，按理说固定原子的坐标应该不会改变，但优化过程居然也能改变固定原子的位置！这就导致我在原子配对的时候出现Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010 的问题，我不知道该如何解决了 请大家帮帮我 谢谢！ |
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akashia
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8楼2010-07-08 08:56:39
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akashia
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金币+2): 2010-07-07 17:35:10
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金币+2): 2010-07-07 17:35:10
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dmol3不支持分数坐标的固定。 DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
5楼2010-07-07 14:54:22