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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题
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水月慧心

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题 已有4人参与

大家好，想向大家请教一个问题：
    我在用DMOL对slab模型的结构进行优化的时候 固定了底层原子 一共是三层，固定的时候用的是固定分数坐标，且没有固定晶格参数，在进行优化设置的时候也没有 optimize cell奇怪的是,当几何优化结束的时候 我把固定原子的笛卡尔坐标进行比较的时候发现还是有细微的差别，我不知道这是为什么，
     这样的话，我后面在进行过渡态搜索的时候就会出现问题，我的生成物都是从反应物的构型复制过来的基础上改动再进行优化的，按理说固定原子的坐标应该不会改变，但优化过程居然也能改变固定原子的位置！这就导致我在原子配对的时候出现Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010
的问题，我不知道该如何解决了
请大家帮帮我 谢谢！
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1楼 2010-07-06 22:04:55
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akashia

银虫 (小有名气)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-07-08 09:46:59
引用回帖:
Originally posted by 水月慧心 at 2010-07-07 17:41:06:

非常非常感谢 正是我想要的 呵呵 真的很感谢啊  这句话在help中的哪里能找到啊 我怎么从来没找到过 呵呵

搜索fixing，选中后在Further information中选择Support for constraints in Materials Studio，就能看到了。
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悄然回首，已不知春秋。
8楼2010-07-08 08:56:39
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cmwangdft

木虫 (小有名气)
★ ★
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-07 09:19:47
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:15
”固定的时候用的是固定分数坐标

固定原子的笛卡尔坐标进行比较的时候发现还是有细微的差别“


固定时全勾上
赞一下(2人) 回复此楼
妙不可言
2楼2010-07-07 08:56:37
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水月慧心

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cmwangdft at 2010-07-07 08:56:37:
”固定的时候用的是固定分数坐标

固定原子的笛卡尔坐标进行比较的时候发现还是有细微的差别“


固定时全勾上

固定时全勾上指的是分数坐标和笛卡尔坐标全都勾上？
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-07 12:26:34
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akashia

银虫 (小有名气)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金币+2): 2010-07-07 17:35:10
dmol3不支持分数坐标的固定。
DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures.
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悄然回首，已不知春秋。
5楼2010-07-07 14:54:22
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