| 查看: 3378 | 回复: 10 | |||
[交流]
【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题 已有4人参与
|
|
大家好，想向大家请教一个问题： 我在用DMOL对slab模型的结构进行优化的时候 固定了底层原子 一共是三层，固定的时候用的是固定分数坐标，且没有固定晶格参数，在进行优化设置的时候也没有 optimize cell奇怪的是,当几何优化结束的时候 我把固定原子的笛卡尔坐标进行比较的时候发现还是有细微的差别，我不知道这是为什么， 这样的话，我后面在进行过渡态搜索的时候就会出现问题，我的生成物都是从反应物的构型复制过来的基础上改动再进行优化的，按理说固定原子的坐标应该不会改变，但优化过程居然也能改变固定原子的位置！这就导致我在原子配对的时候出现Fixed atom coordinate mismatch Fixed atom coordinates should match to within 0.00010 的问题，我不知道该如何解决了 请大家帮帮我 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
304求调剂（085602，过四级，一志愿985）
已经有18人回复
-
软工学硕299求调剂
已经有6人回复
-
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有6人回复
-
化工调剂303分，过四级
已经有30人回复
-
264求调剂
已经有4人回复
-
生物工程求调剂
已经有9人回复
-
266求调剂
已经有23人回复
-
283求调剂
已经有15人回复
-
22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级，数据分析国奖
已经有5人回复
-
286求调剂
已经有17人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- DMol3优化晶胞的问题
已经有14人回复
- 我用Dmol3进行几何优化时，MS计算energy到第50步时，就失败了！
已经有11人回复
- 请问固定原子坐标是不是在CASTEP中不起作用啊？在Dmol3中起不起作用呢？
已经有11人回复
- 【求助】dmol添加原子时底层跑到真空层最上方
已经有11人回复
- 【求助】C60富勒烯笼里面放了一个Fe原子，用Dmol3结构优化不收敛
已经有9人回复
- 【求助成功】dmol3算C60吸附Al原子的怪异结果
已经有17人回复
- 【求助】Gulp中的几何优化，MD等和Dmol3的中的有什么区别？
已经有11人回复
- 【求助】dmol可以把原子设为负价或者正价么
已经有5人回复
- 【求助】关于晶胞中取代一个原子的优化问题
已经有14人回复
- 【求助】50金币求助，金属间界面和金属氧化物间界面模型怎么建立？
已经有30人回复
cmwangdft
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1870.5
- 散金: 65
- 红花: 2
- 帖子: 111
- 在线: 224小时
- 虫号: 487968
- 注册: 2007-12-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2010-07-07 08:56:37
3楼2010-07-07 12:26:34
cmwangdft
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1870.5
- 散金: 65
- 红花: 2
- 帖子: 111
- 在线: 224小时
- 虫号: 487968
- 注册: 2007-12-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2010-07-07 12:32:34
akashia
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 318.5
- 散金: 37
- 帖子: 57
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 733830
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金币+2): 2010-07-07 17:35:10
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-07 15:06:23
水月慧心(金币+2): 2010-07-07 17:35:10
|
dmol3不支持分数坐标的固定。 DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
5楼2010-07-07 14:54:22
6楼2010-07-07 17:41:06
yjmaxpayne
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 2.711
- 金币: 2178.5
- 红花: 3
- 沙发: 2
- 帖子: 521
- 在线: 79.8小时
- 虫号: 137998
- 注册: 2005-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2010-07-07 17:52:33
akashia
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 318.5
- 散金: 37
- 帖子: 57
- 在线: 8.9小时
- 虫号: 733830
- 注册: 2009-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2010-07-08 08:56:39
9楼2010-07-09 09:33:46
zengfp_buct
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 10.6
- 红花: 1
- 帖子: 16
- 在线: 14.3小时
- 虫号: 1180383
- 注册: 2010-12-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2011-04-27 19:21:40
10