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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】溶剂的精修
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sumwindy

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】溶剂的精修 已有3人参与


如图所示，单晶结构有无序的溶剂分子，个人都指派为水（培养单晶使用的溶剂是甲醇和水，而没有明显的甲醇分子）。
图中左侧，O8-O15距离是1.2埃，图中右侧，O12-O14距离是1.2埃，O14-O11距离是1.7埃。
请问各位高手，这两个部分该做如何精修啊？
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1楼 2010-06-29 08:03:26
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist
★
帝夫(金币+1):感谢回帖交流！ 2010-06-29 12:24:25
你这个距离应该可以成键的，应该就是甲醇吧，你再改下，修一遍，看看是否收敛
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2楼2010-06-29 12:08:29
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cfocus20

至尊木虫 (职业作家)
★
sumwindy(金币+3):xiexie 2010-06-30 07:27:57
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-07-07 22:22:03
如果沒辦法順利解決,建議可用platon, squeeze 指令進行精修將溶劑分子去除後再精修!
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Smart_work_and_beautiful_life!
3楼2010-06-29 16:57:16
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mingy

木虫 (小有名气)
★
yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-07 18:15:59
sumwindy(金币+5):谢谢！ 2010-07-08 16:20:37
可以用DFIX命令
在INS文件里输入 DFIX 1.5 0.02 O12 O14，然后refine；
修完之后Distance（O12-O14）就为1.5 A了，将O12 或者O14改成C后refine就是甲醇了
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4楼2010-07-07 16:53:16
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