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lovemydog

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】计算振动模式已有6人参与

想研究一下分子的振动模式，得到其各个原子的振动频率和振幅，请问一下是不是用Dmol3对其进行几何优化时，性质里勾选“frequency”，这个得到的频率能相应的对应到各个原子么？如果对应不到该选用那个模块进行计算？另外分子中原子的振幅该怎么算？通过红外谱图么？
  先谢谢大家了
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1楼2010-06-25 14:32:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
hedaors(金币+1):Thanks 2010-06-25 18:54:47
lovemydog(金币+3): 2010-06-26 09:14:33
性质勾选Frequency， 之后在tools -> vibrational Analysis可以得到红外光谱以及各个模式的振动情况。

振动幅度可以在option里面设置，是人为控制的一个参数。

红外光谱的强度在vibrational Analysis里面可以直接得到。
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3楼2010-06-25 18:45:19
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普通回帖

identation

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-25 15:29:47
lovemydog(金币+1): 2010-06-26 09:14:23
振动模式特征频率对应的不是原子呀，是两个原子间的振动，比如伸缩振动，弯曲振动等等
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2楼2010-06-25 15:18:44
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lovemydog

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yjmaxpayne at 2010-06-25 18:45:19:
性质勾选Frequency， 之后在tools -> vibrational Analysis可以得到红外光谱以及各个模式的振动情况。

振动幅度可以在option里面设置，是人为控制的一个参数。

红外光谱的强度在vibrational Analysis里面 ...

具体怎么操作，麻烦您能讲下么？刚学，没做过。谢谢啊
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4楼2010-06-26 09:16:28
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★
cenwanglai(金币+1):呵呵,谢谢回复! 2010-06-26 16:29:34
lovemydog(金币+2):谢谢啊 2010-06-27 18:16:01
你需要先把频率计算好（可以用VAMP这个半经验的包试手），之后在最上面的Tools里面，找到Vibrational Analysis就可以进行频率的分析了。
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5楼2010-06-26 16:28:41
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lovemydog

银虫 (小有名气)
xiaohunhun:dmol里面还有空带一说，试试吧 2010-06-29 15:00:50
顺便问下大家，在用Dmol3进行几何优化的时候，一直不收敛。.outmol文件最后也只是说“Error: geometry optimization did not converge”没其他原因了，请问是不是增大smearing值就行了？是的话，我已经把smearing值有0.001Ha增大到2Ha了，但还是不收敛，请问这是怎么回事？还有其他参数要调整吗？谢谢了
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6楼2010-06-27 18:21:45
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akashia

银虫 (小有名气)
★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
lovemydog(金币+1): 2010-06-29 08:57:10
qasd(金币+1):谢谢 2010-06-29 22:02:46
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-06-27 18:21:45:
顺便问下大家，在用Dmol3进行几何优化的时候，一直不收敛。.outmol文件最后也只是说“Error: geometry optimization did not converge”没其他原因了，请问是不是增大smearing值就行了？是的话，我已经把smearing ...

smearing值不能调太大的，0.02都很大了，估计是构型本身有问题。
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悄然回首，已不知春秋。
7楼2010-06-28 09:29:36
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lovemydog

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by akashia at 2010-06-28 09:29:36:

smearing值不能调太大的，0.02都很大了，估计是构型本身有问题。

那应该怎么处理呢？该改变什么参数啊？
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8楼2010-06-29 08:58:01
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akashia

银虫 (小有名气)
★ ★
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-06-29 09:02:39
xiaohunhun(金币+1):谢谢， 2010-06-29 15:01:08
不知道你建的分子模型是什么样的，建立模型有什么依据，如果所建模型和实际相差大就麻烦了，最好有文献作为参考。还有就是dmol3算频率不怎么准的，如果体系小，还是用高斯跑吧。
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悄然回首，已不知春秋。
9楼2010-06-29 09:01:20
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haishuihan

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lovemydog(金币+1): 谢谢参与
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-01 23:55:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by yjmaxpayne at 2010-06-26 16:28:41
你需要先把频率计算好（可以用VAMP这个半经验的包试手），之后在最上面的Tools里面，找到Vibrational Analysis就可以进行频率的分析了。

我用Dmol计算氨基酸晶胞的振动，只得到了频率，没有强度。看了http://muchong.com/html/201012/2718325.html，但是对于如何计算偶极矩导数矩阵还是不太清楚。晶体的振动强度你了解怎么手动计算吗
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10楼2013-07-01 09:42:19
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