应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】计算振动模式
151/2返回列表12下一页
查看: 3339  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lovemydog

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】计算振动模式 已有6人参与

想研究一下分子的振动模式，得到其各个原子的振动频率和振幅，请问一下是不是用Dmol3对其进行几何优化时，性质里勾选“frequency”，这个得到的频率能相应的对应到各个原子么？如果对应不到该选用那个模块进行计算？另外分子中原子的振幅该怎么算？通过红外谱图么？
  先谢谢大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-25 14:32:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
hedaors(金币+1):Thanks 2010-06-25 18:54:47
lovemydog(金币+3): 2010-06-26 09:14:33
性质勾选Frequency， 之后在tools -> vibrational Analysis可以得到红外光谱以及各个模式的振动情况。

振动幅度可以在option里面设置，是人为控制的一个参数。

红外光谱的强度在vibrational Analysis里面可以直接得到。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2010-06-25 18:45:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

identation

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-25 15:29:47
lovemydog(金币+1): 2010-06-26 09:14:23
振动模式特征频率对应的不是原子呀，是两个原子间的振动，比如伸缩振动，弯曲振动等等
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-25 15:18:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yjmaxpayne at 2010-06-25 18:45:19:
性质勾选Frequency， 之后在tools -> vibrational Analysis可以得到红外光谱以及各个模式的振动情况。

振动幅度可以在option里面设置，是人为控制的一个参数。

红外光谱的强度在vibrational Analysis里面 ...

具体怎么操作，麻烦您能讲下么？刚学，没做过。谢谢啊
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-26 09:16:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
★
cenwanglai(金币+1):呵呵,谢谢回复! 2010-06-26 16:29:34
lovemydog(金币+2):谢谢啊 2010-06-27 18:16:01
你需要先把频率计算好（可以用VAMP这个半经验的包试手），之后在最上面的Tools里面，找到Vibrational Analysis就可以进行频率的分析了。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-06-26 16:28:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)
xiaohunhun:dmol里面还有空带一说，试试吧 2010-06-29 15:00:50
顺便问下大家，在用Dmol3进行几何优化的时候，一直不收敛。.outmol文件最后也只是说“Error: geometry optimization did not converge”没其他原因了，请问是不是增大smearing值就行了？是的话，我已经把smearing值有0.001Ha增大到2Ha了，但还是不收敛，请问这是怎么回事？还有其他参数要调整吗？谢谢了
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-06-27 18:21:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

akashia

银虫 (小有名气)
★ ★
lovemydog(金币+1):谢谢参与
lovemydog(金币+1): 2010-06-29 08:57:10
qasd(金币+1):谢谢 2010-06-29 22:02:46
引用回帖:
Originally posted by lovemydog at 2010-06-27 18:21:45:
顺便问下大家，在用Dmol3进行几何优化的时候，一直不收敛。.outmol文件最后也只是说“Error: geometry optimization did not converge”没其他原因了，请问是不是增大smearing值就行了？是的话，我已经把smearing ...

smearing值不能调太大的，0.02都很大了，估计是构型本身有问题。
赞一下(2人) 回复此楼
悄然回首，已不知春秋。
7楼2010-06-28 09:29:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovemydog

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by akashia at 2010-06-28 09:29:36:

smearing值不能调太大的，0.02都很大了，估计是构型本身有问题。

那应该怎么处理呢？该改变什么参数啊？
赞一下 回复此楼
8楼2010-06-29 08:58:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

akashia

银虫 (小有名气)
★ ★
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-06-29 09:02:39
xiaohunhun(金币+1):谢谢， 2010-06-29 15:01:08
不知道你建的分子模型是什么样的，建立模型有什么依据，如果所建模型和实际相差大就麻烦了，最好有文献作为参考。还有就是dmol3算频率不怎么准的，如果体系小，还是用高斯跑吧。
赞一下(2人) 回复此楼
悄然回首，已不知春秋。
9楼2010-06-29 09:01:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haishuihan

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lovemydog(金币+1): 谢谢参与
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-01 23:55:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by yjmaxpayne at 2010-06-26 16:28:41
你需要先把频率计算好（可以用VAMP这个半经验的包试手），之后在最上面的Tools里面，找到Vibrational Analysis就可以进行频率的分析了。

我用Dmol计算氨基酸晶胞的振动，只得到了频率，没有强度。看了http://muchong.com/html/201012/2718325.html，但是对于如何计算偶极矩导数矩阵还是不太清楚。晶体的振动强度你了解怎么手动计算吗
赞一下 回复此楼
10楼2013-07-01 09:42:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lovemydog 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +5 Soliloquy_Q 2026-02-28 8/400 2026-02-28 23:36 by xyx2012xyx
[考研] 290求调剂 +5 材料专硕调剂； 2026-02-28 6/300 2026-02-28 21:40 by gaoxiaoniuma
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 4/200 2026-02-28 21:37 by limorning
[考研] 材料学调剂 +5 提神豆沙包 2026-02-28 5/250 2026-02-28 21:34 by gaoxiaoniuma
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 311求调剂 +8 南迦720 2026-02-28 8/400 2026-02-28 21:30 by gaoxiaoniuma
[考研] 材料类求调剂 +6 wana_kiko 2026-02-28 6/300 2026-02-28 21:20 by gaoxiaoniuma
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 7/350 2026-02-28 20:42 by 好好好1233
[考研] 298求调剂 +8 人间唯你是清欢 2026-02-28 11/550 2026-02-28 20:26 by L135790
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[考研] 285求调剂 +5 满头大汗的学生 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:10 by 材料专硕调剂；
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
[考研] 0856调剂 +3 刘梦微 2026-02-28 3/150 2026-02-28 13:22 by houyaoxu
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 9/450 2026-02-28 12:32 by seaskyy
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 面上可以超过30页吧？ +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭