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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【已解决】Boehmite 晶体结构怎么画呢
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wjqhp

木虫 (正式写手)

[交流] 【已解决】Boehmite 晶体结构怎么画呢 已有3人参与

大家好，有个问题请教一下大家。（ Materials Studio 4.4）
我想画出boehmite的结构，但是其中的氢原子，是50%占位的。尽管我在occupancy里面写成0.5，但最后的结构图上依然是所有氢原子都显示，这样晶胞中就多余了4个氢，无法去掉。而且，氢原子应该和氧原子形成氢键的。
有空的网友帮看一下吧，谢谢了。

The problem may be in the occupancy of hydrogen. I have already changed the occupancy of hydrogen to 0.5 during building the crystal. However, all the hydrogen atoms always displayed in the unit cell. It looks like a wrong structure. How can I make the hydrogen atoms just show 1/2?

晶胞参数：
Space group: 63-amam,a=3.693,b=12.22,c=2.865;
Atom positions: Al (0.25,-0.3178,0),O1( 0.25,0.2897,0),O2(0.25, 0.0809,0),1/2 H (0.396,0.038,0).
Structure refs: Clays and clay Minerals, 1981, 29(6):435-445.

Thank you very much.

Leo

[ Last edited by wjqhp on 2010-6-26 at 23:51 ]
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1楼 2010-06-23 06:56:53
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wjqhp

木虫 (正式写手)
The question has been tetatively solved by the following way:

Change the unit cell to super cell for changing the symmetry of unit cell;
Remove the extraneous H atoms manually;
Find symmetry again and impose it to the new structure.
That is all.
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3楼2010-06-26 23:50:36
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s20080718

金虫 (著名写手)

发现问题、分析问题、解决问题
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顶下。。。。。。关注  高手回答
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解决问题的关键在于大家一起用心交流！
2楼2010-06-23 08:37:49
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢讨论 2010-06-27 16:55:33
引用回帖:
Originally posted by wjqhp at 2010-06-26 23:50:36:
The question has been tetatively solved by the following way:

Change the unit cell to super cell for changing the symmetry of unit cell;
Remove the extraneous H atoms manually;
Find symmetry a ...

0.5占位的话是做两个原胞的supercell ,然后去掉其中一个原胞中的H?

0.25占位的话是做四个原胞的supercell,然后去掉其中三个原胞中的H?

那这样是不是没有必要设置occupancy了?直接根据occupancy做supercell就好了?
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4楼2010-06-27 08:49:46
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wjqhp

木虫 (正式写手)
★
aylayl08(金币+1):对于占据非1的情况，目前也只能这么做。 谢谢交流 2010-06-27 09:31:50
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-27 08:49:46:


0.5占位的话是做两个原胞的supercell ,然后去掉其中一个原胞中的H?

0.25占位的话是做四个原胞的supercell,然后去掉其中三个原胞中的H?

那这样是不是没有必要设置occupancy了?直接根据occupancy做superc ...

occupancy直接设置为1，然后把原胞改成supercell,,去掉其中多余原子，然后重新find symmetry, impose...
我没有别的办法，就这么干了.
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5楼2010-06-27 09:05:25
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