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【求助】向bay__gulf求助！！ 已有4人参与
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目前在做碳纳米管中水的相变，请教一下怎样写.tcl脚本来计算radial density of oxygen 和 orientation distributions of water molecules within CNTs? 虽然这个问题对你可能比较简单，但对我来说却很棘手，望赐教！ 同时恭喜bay__gulf发JPCA！ 也欢迎其他高手指教！ |
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bay__gulf
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jianchaoyv(金币+10):谢谢指点 2010-06-22 18:29:11
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-06-22 19:55:31
jianchaoyv(金币+10):谢谢指点 2010-06-22 18:29:11
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-06-22 19:55:31
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radial density, 也就是径向分布, 很常用, vmd 也提供了一个工具可以直接计算 就是measure gofr, 参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node133.html, 以及一个gui 界面, 参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/gofrgui/ 至于取向分布, 用户较少只能自己写了, vmd 的强大之处不在于内置了多少工具, 更不是做多漂亮的图形 而是提供了一个原子(集团)为数据结构的编程环境, 可以按照自己的需要实现任意的功能 下面是当时用的代码, 现在看来很幼稚了但拿它入门还是不错的 # count the dipolar-z angle and Legendre 2nd order polynomial in a pore, # make sure the psf/dcd be the top molecular set outf [open theta.dat w] set numFrame [molinfo top get numframes] set lgd 0 for { set fr 1 } { $fr < $numFrame } {incr fr } { set wt [atomselect top "water and name OH2 and z < 7.6 and z > -7.6 " frame $fr] set n [$wt num] set theta 0 foreach resid [$wt get resid] { set wto [atomselect top "resid $resid and name OH2" frame $fr] set wth1 [atomselect top "resid $resid and name H1" frame $fr] set wth2 [atomselect top "resid $resid and name H2" frame $fr] set coordo [measure center $wto] set coordh1 [measure center $wth1] set coordh2 [measure center $wth2] set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] set coordh [vecscale 0.5 $coordh] set vecd [vecsub $coordh $coordo] set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] set thetai [expr $thetai * 180.0 / 3.1416] set theta [expr $theta + $thetai] $wto delete $wth1 delete $wth2 delete } set theta [expr $theta/$n ] set costheta [expr cos ([expr $theta*3.1416/180.0])] set lgd [expr $lgd + [expr $costheta * $costheta]] puts $fr puts $outf [format "%d %f" $fr $theta] $wt delete } set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] puts "3*<(cosθ)^2> - 1 = $lgd" close $outf |
2楼2010-06-22 16:44:02
3楼2010-06-22 19:41:03
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请问上面提供的脚本中： set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] set coordh [vecscale 0.5 $coordh] set vecd [vecsub $coordh $coordo] set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] 还有最后set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] 这几句看不懂，能不能解释一下？谢谢！ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-23 at 09:56 ] |
4楼2010-06-23 09:50:22
bay__gulf
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-24 10:06:00
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-24 10:06:00
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set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] ;#两个H的坐标之和 set coordh [vecscale 0.5 $coordh] ;#两个H的平均坐标, 即中点 set vecd [vecsub $coordh $coordo] ;#O原子到H中点的矢量, 即水的偶记(方向) set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] # 水的偶极u跟z轴(0 0 1)的夹角, cos(theta) = u(z)/|u| 还有最后set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] 勒让德项 (3 参考 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=11530 |
5楼2010-06-24 09:13:13
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请问vecadd、vecscale、vecsub、veclength这些命令在哪里可以学习一下？根本不知道它们的用途？请给一个关于这类命令的全面的学习资料！！！十分感谢！ 另外，这句set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])]的意思 #水的偶极u跟z轴(0 0 1)的夹角, cos(theta) = u(z)/|u|看不懂啊？ 我的理解是：lindex $vecd 2 #是O原子的位置矢量 veclength $vecd #O原子到H中点的矢量|u| 所以，set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] 并不是真正的#水的偶极u跟z轴(0 0 1)的夹角, cos(theta) = u(z)/|u| 正在研究你给的这个脚本中！ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-25 at 16:12 ] |
6楼2010-06-25 15:28:58
bay__gulf
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jianchaoyv(金币+3): 2010-06-26 08:49:39
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-26 09:17:42
jianchaoyv(金币+3): 2010-06-26 08:49:39
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-26 09:17:42
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请问vecadd、vecscale、vecsub、veclength这些命令在哪里可以学习一下？根本不知道它们的用途？请给一个关于这类命令的全面的学习资料！！！十分感谢！ ==== vmd ug 的第10章讲的是Vectors and Matrices 这个ug 仅仅是vmd 特有的和常用的tcl 命令, 更深入了解需要Tcl 的资料 lindex $vecd 2 #是O原子的位置矢量 === vecd 是偶极矢量, lindex $vecd 2 是偶极的z 分量 veclength $vecd 是偶极的长度 很荣幸自己的工作被别人分析和引用 |
7楼2010-06-25 16:34:06
coolrainbow
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8楼2010-06-25 21:08:01
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bay__gulf确实是牛人，也很耐心！ 我把你那段程序的理解写下来： 程序开始到此已理解 set theta [expr $theta/$n ] #对每帧所有水分子偶极距求平均，另外，这个theta角是跟Z轴正半轴的夹角吧？而看到的文献中大都是算的与Z轴负半轴的夹角，感觉没什么差别，这样理解多吗？ set costheta [expr cos ([expr $theta*3.1416/180.0])]#求cos(theta) set lgd [expr $lgd + [expr $costheta * $costheta]]#用于求不同帧的cos(theta)^2求和 puts $fr #输出第几帧 puts $outf [format " %f" $theta] 输出该帧下水分子偶极距的平均值 $wt delete } set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] #对所有帧的2阶勒让德函数求平均 puts "3*<(cosθ)^2> - 1 = $lgd" #输出P2的平均值 close $outf 对上面的解释若有错误请指正，还想请教一下算P2用来表征什么的？不知道算P2的目的。 若set theta [expr $theta/$n ] #对每帧所有水分子偶极距求平均，理解正确的话，也就默认了每帧里的所有水分子的偶极距方向都一样了，感觉同一帧不同位置的水分子偶极距还是有可能不同的，有这种可能吗？ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-26 at 10:09 ] |
9楼2010-06-26 09:48:01
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10楼2010-06-26 10:36:53