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【求助】向bay__gulf求助！！ 已有4人参与
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目前在做碳纳米管中水的相变，请教一下怎样写.tcl脚本来计算radial density of oxygen 和 orientation distributions of water molecules within CNTs? 虽然这个问题对你可能比较简单，但对我来说却很棘手，望赐教！ 同时恭喜bay__gulf发JPCA！ 也欢迎其他高手指教！ |
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3楼2010-06-22 19:41:03
bay__gulf
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jianchaoyv(金币+10):谢谢指点 2010-06-22 18:29:11
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-06-22 19:55:31
jianchaoyv(金币+10):谢谢指点 2010-06-22 18:29:11
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-06-22 19:55:31
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radial density, 也就是径向分布, 很常用, vmd 也提供了一个工具可以直接计算 就是measure gofr, 参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node133.html, 以及一个gui 界面, 参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/gofrgui/ 至于取向分布, 用户较少只能自己写了, vmd 的强大之处不在于内置了多少工具, 更不是做多漂亮的图形 而是提供了一个原子(集团)为数据结构的编程环境, 可以按照自己的需要实现任意的功能 下面是当时用的代码, 现在看来很幼稚了但拿它入门还是不错的 # count the dipolar-z angle and Legendre 2nd order polynomial in a pore, # make sure the psf/dcd be the top molecular set outf [open theta.dat w] set numFrame [molinfo top get numframes] set lgd 0 for { set fr 1 } { $fr < $numFrame } {incr fr } { set wt [atomselect top "water and name OH2 and z < 7.6 and z > -7.6 " frame $fr] set n [$wt num] set theta 0 foreach resid [$wt get resid] { set wto [atomselect top "resid $resid and name OH2" frame $fr] set wth1 [atomselect top "resid $resid and name H1" frame $fr] set wth2 [atomselect top "resid $resid and name H2" frame $fr] set coordo [measure center $wto] set coordh1 [measure center $wth1] set coordh2 [measure center $wth2] set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] set coordh [vecscale 0.5 $coordh] set vecd [vecsub $coordh $coordo] set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] set thetai [expr $thetai * 180.0 / 3.1416] set theta [expr $theta + $thetai] $wto delete $wth1 delete $wth2 delete } set theta [expr $theta/$n ] set costheta [expr cos ([expr $theta*3.1416/180.0])] set lgd [expr $lgd + [expr $costheta * $costheta]] puts $fr puts $outf [format "%d %f" $fr $theta] $wt delete } set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] puts "3*<(cosθ)^2> - 1 = $lgd" close $outf |
2楼2010-06-22 16:44:02
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请问上面提供的脚本中： set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] set coordh [vecscale 0.5 $coordh] set vecd [vecsub $coordh $coordo] set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] 还有最后set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] 这几句看不懂，能不能解释一下？谢谢！ [ Last edited by jianchaoyv on 2010-6-23 at 09:56 ] |
4楼2010-06-23 09:50:22
bay__gulf
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-24 10:06:00
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-06-24 10:06:00
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set coordh [vecadd $coordh1 $coordh2] ;#两个H的坐标之和 set coordh [vecscale 0.5 $coordh] ;#两个H的平均坐标, 即中点 set vecd [vecsub $coordh $coordo] ;#O原子到H中点的矢量, 即水的偶记(方向) set thetai [expr acos ([expr [lindex $vecd 2] / [veclength $vecd]])] # 水的偶极u跟z轴(0 0 1)的夹角, cos(theta) = u(z)/|u| 还有最后set lgd [expr $lgd / $numFrame * 1.5 - 0.5] 勒让德项 (3 参考 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=11530 |
5楼2010-06-24 09:13:13