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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【经验】小卒的悲剧，写出来，也算前车之鉴
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【经验】小卒的悲剧，写出来，也算前车之鉴 已有12人参与

我搞了6个com文件，放在一个in文件中批处理。
每个计算文件均包含3个连续的任务（用link1分隔开的opt、freq(noraman)和td(nstates=30)任务）用sh提交批处理任务后，一周没管它。
第一个计算文件，意外终止。但是它的临时文件还在/tmp文件夹中占着位置。
系统随即进行第二个计算文件。由于第一个意外终止的计算文件的临时文件的占位，后续计算的所有freq计算全部无法完成。
一周后我想拿结果的时候，吐血不止ing

我先去哭一会儿
我想以后的in批处理，应该加上多个rm /tmp/*.*

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-22 at 11:33 ]
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1楼 2010-06-22 11:27:58
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3):这么巧妙啊，恩，用Linux的飞信……看来飞信Linux版是移动公司做的好事之一！ 2010-06-22 14:10:27
必须的。
批量自动处理， 当然要添加意外清理了。
要不然， 意外失败， 岂不是玩大了？

提示 ，可以采用linux-fetion作监控。 作业运行意外随时可以知道。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
2楼2010-06-22 12:24:18
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3867826

木虫 (著名写手)
★
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yjcmwgk:呵呵，可是我就是懒呀 2010-06-22 14:11:03
yjcmwgk:不过Abbott专家说的，用Linux版的飞信，确实是非常不错的idea。准备试行。 2010-06-22 14:11:41
我老师的说法
随时看 几个小时上去看下 就几秒钟 也不费事
   批处理 除非很有把握的作业
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拒稿，终于体会到了！乱写接受，认真写拒稿，这就是2和4的区别吗？
3楼2010-06-22 12:55:59
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匿名

用户注销 (正式写手)

外星球文坛精英
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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4楼2010-06-22 14:05:34
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2):谢谢提供方法 2010-06-22 20:43:54
qsub *.pbs。
用SSH监控
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5楼2010-06-22 14:36:49
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
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yjcmwgk(金币+3): 2010-06-22 20:54:36
引用回帖:
Originally posted by gjin101 at 2010-06-22 14:05:34:


linux-fetion怎么做

pls google it.

开放的有好几个.
飞信机器人, 是指令模式的, 适合作监控使用.
linux-fetion,等, 是GUI版本的.

找相应的开发站点去看看.  比如: http://www.it-adv.net/  AUTHOR:KelvinH MSN/EMAIL:shichangguo@msn.com

注意都是网友利用开放的通信协议作的. 并非移动的东西. 只是借用移动的服务器发送信息而已.

移动很恶心, 有时候会封堵, 不让传递信息.  鄙视垄断企业.

[ Last edited by abbott on 2010-6-22 at 15:35 ]
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
6楼2010-06-22 15:34:08
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
★
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http://code.google.com/p/pyfetion/
个人觉得还是pyfetion好一些.
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7楼2010-06-22 19:59:21
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+3):呵呵，谢谢，不过，这机器还真就是我一个人滴，嘿嘿 2010-06-22 20:42:44
yjcmwgk:呵呵，谢谢，可是我不用X。再次感谢 2010-07-19 20:27:38
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-06-22 11:27:58:
我想以后的in批处理，应该加上多个rm /tmp/*.*

这个操作很粗暴, 也很危险. 如果不是普通单机的话, /tmp下有很多重要的文件. 删除以后很多X程序肯定会出错.  /tmp如果当GAUSS_SCRDIR来用的话, 在单用户时还好说, 如果还有别人在同时算Gaussian, 你这rm, 别人就悲剧了
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8楼2010-06-22 20:05:17
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+3): 2010-06-22 20:54:50
写脚本时最好自己定义个新的SCRDIR, 好确保不会与其它用户冲突. 比如
export GAUSS_SCRDIR=$GAUSS_SCRDIR/$USER
然后在g03命令行, 写
rm $GAUSS_SCRDIR/Gau-*
这样会略科学些.
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9楼2010-06-22 20:10:38
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zyz1981

至尊木虫 (文坛精英)

医学物理
引用回帖:
Originally posted by abbott at 2010-06-22 12:24:18:
必须的。
批量自动处理， 当然要添加意外清理了。
要不然， 意外失败， 岂不是玩大了？

提示 ，可以采用linux-fetion作监控。 作业运行意外随时可以知道。

linux-fetion是什么东东！
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10楼2010-08-21 21:40:55
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