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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » [分享]CLNEB计算实例-Li在石墨上的迁移.
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[资源] [分享]CLNEB计算实例-Li在石墨上的迁移. 已有4人参与

images = 3,有00,01,02,03和04五个文件夹.下面是02文件夹中的OUTCAR受力情况以及INCAR.一共列出了前14个离子步的情况.第二行数字是要考察的移动O原子,O2处于中间,是猜测的过度态初始结构.请问:
(1)这个有收敛的迹象吗?
(2)对于过度态,TOTAL-FORCE应该趋近于0吧?因为能量对坐标的一介导数为0.我这里好象明显不是呢.
(3)收敛完全的CLNEB的OUTCAR有什么特点?希望可以提供一个给我研究一下.
(4)TANGENT在每一次离子步中都是相同的,这个正常吗?它表示什么意思?
(5)我用最新的vststool code与vasp 4.6一起编译的.按照提示修改了并行版本的makefile.即
Replace the line
  tet.o  hamil.o  steep.o   \

with the lines
         tet.o      hamil.o    steep.o  dimer.o  dynmat.o  neb.o  lanczos.o  instanton.o \
         sd.o       cg.o       qm.o     lbfgs.o  bfgs.o  fire.o   opt.o   \

但是下载的vtstcode里面除了上面列出的文件对应的.F文件外,还有dynamic.F,dimer_save.F.这两个是多余的?


grep -A 4 "TOTAL-FORCE" OUTCAR:

POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016154     -0.009658     -0.077080
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.158796     -0.300857      0.009262    移动的O原子   
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012194      0.008210      0.172479
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016332     -0.008996     -0.078862
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.156962     -0.297061     -0.007870
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012251      0.008192      0.175012
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017001     -0.009111     -0.079068
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.156966     -0.297297     -0.007528
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012182      0.008229      0.175158
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017098     -0.009154     -0.079335
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157678     -0.297259     -0.006335
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012160      0.008255      0.175071
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016935     -0.008983     -0.079327
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157421     -0.297123     -0.007008
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012151      0.008272      0.175039
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016991     -0.009109     -0.079332
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157551     -0.297260     -0.006450
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012154      0.008267      0.174957
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016943     -0.009055     -0.079358
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157496     -0.297152     -0.006797
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012151      0.008275      0.175013
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017006     -0.009110     -0.079392
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157536     -0.297181     -0.006713
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012150      0.008274      0.174998
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017016     -0.009070     -0.079308
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157587     -0.297184     -0.006608
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012149      0.008275      0.175053
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017115     -0.009111     -0.079291
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157550     -0.297196     -0.006633
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012154      0.008271      0.174955
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.017008     -0.009090     -0.079383
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157532     -0.297203     -0.006630
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012152      0.008274      0.175024
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016979     -0.009037     -0.079325
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157492     -0.297223     -0.006589
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012148      0.008279      0.174951
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016943     -0.009067     -0.079403
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157497     -0.297200     -0.006639
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012152      0.008273      0.174960
--
POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      4.49495      4.21000      4.69139         0.016867     -0.009069     -0.079465
      6.71251      3.77353      5.95190        -0.157495     -0.297188     -0.006743 过度态收敛后应该趋近于0吧?
      1.30241      2.25585      0.00000         0.012149      0.008276      0.175074


grep -A 4 "CHAIN-FORCE" OUTCAR:
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000818      0.000036     -0.001024  
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011353     -0.005237     -0.000059
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
绿色数字表示什么?怎么在所有离子步中保持不变呢?
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000816      0.000035     -0.001021
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011317     -0.005221     -0.000059
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000859      0.000037     -0.001075
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011914     -0.005496     -0.000062
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000847      0.000037     -0.001059
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011741     -0.005416     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000850      0.000037     -0.001064
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011795     -0.005441     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000850      0.000037     -0.001063
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011785     -0.005437     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000851      0.000037     -0.001065
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011805     -0.005446     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000854      0.000037     -0.001069
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011850     -0.005466     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000851      0.000037     -0.001065
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011807     -0.005447     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000850      0.000037     -0.001063
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011787     -0.005438     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000847      0.000037     -0.001059
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011745     -0.005418     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000848      0.000037     -0.001061
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011759     -0.005425     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000
--
TANGENT                                        CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      0.06432      0.00279     -0.08047         0.000848      0.000037     -0.001061
      0.89209     -0.41152     -0.00461         0.011762     -0.005426     -0.000061
      0.00000      0.00000      0.00000         0.000000      0.000000      0.000000

INCAR:

ENCUT = 480
ISTART= 0 ;ICHARG= 2
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
ALGO = Fast
LPLANE = .TRUE.
NSIM = 4
GGA = 91
POTIM = 0.0
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.
IOPT = 1
LGLOBAL = .TRUE.
MAXMOVE = 0.2
INVCURV = 0.01
IMAGES = 3
SPRING = -5
IBRION = 3
ISMEAR=0
VOSKOWN=1

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 12:38 ]
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1楼 2010-06-21 10:49:05
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
hedaors(金币+2):Thanks 2010-06-21 21:27:01
cenwanglai(金币+10):hehe 2010-06-22 08:30:56
力的收敛在我的OUTCAR里是看这一行
FORCES: max atom, RMS    0.049175    0.014886
第一个数小于收敛标准就对了 你看看这一行有减小的迹象吗
tangent 那一栏应该是每一步都不同的 除非你所有的原子都是不动的 表示的是路径的tangent方向
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-06-21 21:26:17
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-06-22 07:56:14
cenwanglai(金币+50):不好意思给的太张扬,慢慢来吧,呵呵. 2010-06-22 09:43:00
cenwanglai(金币+1):谢谢提供资料.分享给大家? 2010-06-22 09:46:51
你可以看一下我以前算的一个NEB计算 参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphite_Li_diff.tar.gz
体系是Li原子在graphite表面的diffusion

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 11:38 ]
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5楼2010-06-22 03:11:00
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by gump_813276 at 2010-06-22 03:11:00:
你可以看一下我以前算的一个NEB计算 参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

[url]http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphi ...

看起来,我的VTSTCODE没有编译成功,或者没有运行起来.我把你提供的计算任务重新跑了一下,OUTCAR中没有这些内容:

---------------------------------------------------------------------
VTST: version 2.03d, (02/18/09)

CHAIN: initializing optimizer

OPT: *******************
OPT: *******************
********************

CHAIN: Read ICHAIN 0
CHAIN: Running the NEB
NEB:**************
NEB:**************
********************

-------------------------------------------------

重新编译了一下,这回运行OUTCAR中有上面的信息了.呵呵

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 17:55 ]
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6楼2010-06-22 13:42:44
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
原来是这个问题。
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7楼2010-06-22 23:23:06
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ben_ladeng

荣誉版主 (文学泰斗)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
哦 明白了  回去看看

[ Last edited by ben_ladeng on 2010-6-23 at 22:05 ]
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8楼2010-06-23 21:49:43
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
aylayl08(金币+3):谢谢讨论 2010-07-31 16:36:13
这次是固定原子的问题。
对于分别优化后的其实态00和终了态04，通过nebmake插值后插入01,02和03.

我固定01, 02,03中目标移动原子以外的原子。计算后检查发现部分被Fixed的原子受力不是零呢。

00和04中原来只有1/3的原子固定，后来在01,02和03中再增加固定其它移动原子之外的原子。后来在01-03中固定，而在00和04中没有固定原子受力不是零。

从你给我的例子来看，似乎是在做初始结构优化的时候就固定了全部C原子，所以插值后所有C原子都是固定的。

像我这样减少束缚分别优化00和04后，再nebmake，除了移动的原子外，其它原子也有一定移动。这样再在中间image中增加固定原子有没有不妥的呢？
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9楼2010-06-25 13:52:23
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):感谢交流 2010-06-26 09:08:45
cenwanglai(金币+5):呵呵,谢谢回复 2010-06-26 15:54:59
我觉得有点问题吧 有的原子在01-03被移动了 但是却没有对其进行优化 那么那个移动的原子所经历的势能面 在01-03中其实是不同的 我也不知道最后的影响会怎样 但是从计算来说这样确实是有问题的
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10楼2010-06-26 09:07:39
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
aylayl08(金币+1):谢谢讨论 2010-07-31 16:36:26
引用回帖:
Originally posted by gump_813276 at 2010-06-26 09:07:39:
我觉得有点问题吧 有的原子在01-03被移动了 但是却没有对其进行优化 那么那个移动的原子所经历的势能面 在01-03中其实是不同的 我也不知道最后的影响会怎样 但是从计算来说这样确实是有问题的

那如果要算rigid表面上的扩散的话,一开始就要固定表面所有原子,仅仅移动吸附原子来做初始结构和最终结构的优化.是这样的吗?

你做石墨表面Li的吸附,初始和终了结构就是采用同一个石墨层固定后,放置一个Li原子,然后插值得到多个image?
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11楼2010-06-26 09:54:40
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-26 14:01:27
cenwanglai(金币+5):谢谢回复! 2010-06-26 15:55:17
是的 或者你在01-03里不要多加constrain
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12楼2010-06-26 14:00:03
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
请问vasp自带的是不是EB方法，如果要安装CLNEB要重新编译vasp吗？我用的是vasp4.6
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14楼2010-08-19 11:11:24
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-08-19 15:23:11
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-08-19 11:11:24:
请问vasp自带的是不是EB方法，如果要安装CLNEB要重新编译vasp吗？我用的是vasp4.6

需要下载vststools的脚本和vasp4.6一起编译。vststools的主页上有编译方法。
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2010-08-19 13:28:19
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-08-19 13:28:19:


需要下载vststools的脚本和vasp4.6一起编译。vststools的主页上有编译方法。

谢谢指点！
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16楼2010-08-19 14:23:37
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xx4751

铜虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好，如果用vasp自带的搜过渡态方法，incar怎么写啊，谢谢
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19楼2012-07-25 22:39:03
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1180891楼: Originally posted by xx4751 at 2012-07-25 22:39:03
你好，如果用vasp自带的搜过渡态方法，incar怎么写啊，谢谢

请参考手册，baidu+google
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20楼2012-07-25 23:05:21
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
1180891楼: Originally posted by xx4751 at 2012-07-25 22:39:03
你好，如果用vasp自带的搜过渡态方法，incar怎么写啊，谢谢

怎么写我也忘记了~
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21楼2012-07-25 23:05:40
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xx4751

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
1180892楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-07-25 23:05:21
请参考手册，baidu+google...

你的答案万能啊
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22楼2012-07-26 09:46:32
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简单回复
cenwanglai2楼
2010-06-21 14:45   回复  
??
cenwanglai3楼
2010-06-21 20:06   回复  
32875624913楼
2010-07-02 20:48   回复  
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuli817楼
2011-03-09 20:51   回复  
五星好评  
nenuzxn18楼
2012-03-07 10:21   回复  
三星好评  ？
28505842023楼
2013-06-23 20:59   回复  
五星好评  11
Charles_Kee24楼
2015-12-30 13:31   回复  
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