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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[资源] [分享]CLNEB计算实例-Li在石墨上的迁移.已有4人参与

images = 3,有00,01,02,03和04五个文件夹.下面是02文件夹中的OUTCAR受力情况以及INCAR.一共列出了前14个离子步的情况.第二行数字是要考察的移动O原子,O2处于中间,是猜测的过度态初始结构.请问:
(1)这个有收敛的迹象吗?
(2)对于过度态,TOTAL-FORCE应该趋近于0吧?因为能量对坐标的一介导数为0.我这里好象明显不是呢.
(3)收敛完全的CLNEB的OUTCAR有什么特点?希望可以提供一个给我研究一下.
(4)TANGENT在每一次离子步中都是相同的,这个正常吗?它表示什么意思?
(5)我用最新的vststool code与vasp 4.6一起编译的.按照提示修改了并行版本的makefile.即
Replace the line
  tet.o  hamil.o  steep.o \

with the lines
      tet.o    hamil.o steep.o  dimer.o  dynmat.o  neb.o  lanczos.o  instanton.o \
      sd.o    cg.o    qm.o    lbfgs.o  bfgs.o  fire.o opt.o \

但是下载的vtstcode里面除了上面列出的文件对应的.F文件外,还有dynamic.F,dimer_save.F.这两个是多余的?

grep -A 4 "TOTAL-FORCE" OUTCAR:

POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016154    -0.009658    -0.077080
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.158796    -0.300857    0.009262 移动的O原子
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012194    0.008210    0.172479
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016332    -0.008996    -0.078862
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.156962    -0.297061    -0.007870
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012251    0.008192    0.175012
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017001    -0.009111    -0.079068
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.156966    -0.297297    -0.007528
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012182    0.008229    0.175158
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017098    -0.009154    -0.079335
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157678    -0.297259    -0.006335
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012160    0.008255    0.175071
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016935    -0.008983    -0.079327
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157421    -0.297123    -0.007008
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012151    0.008272    0.175039
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016991    -0.009109    -0.079332
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157551    -0.297260    -0.006450
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012154    0.008267    0.174957
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016943    -0.009055    -0.079358
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157496    -0.297152    -0.006797
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012151    0.008275    0.175013
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017006    -0.009110    -0.079392
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157536    -0.297181    -0.006713
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012150    0.008274    0.174998
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017016    -0.009070    -0.079308
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157587    -0.297184    -0.006608
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012149    0.008275    0.175053
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017115    -0.009111    -0.079291
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157550    -0.297196    -0.006633
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012154    0.008271    0.174955
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017008    -0.009090    -0.079383
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157532    -0.297203    -0.006630
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012152    0.008274    0.175024
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016979    -0.009037    -0.079325
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157492    -0.297223    -0.006589
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012148    0.008279    0.174951
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016943    -0.009067    -0.079403
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157497    -0.297200    -0.006639
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012152    0.008273    0.174960
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016867    -0.009069    -0.079465
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157495    -0.297188    -0.006743 过度态收敛后应该趋近于0吧?
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012149    0.008276    0.175074

grep -A 4 "CHAIN-FORCE" OUTCAR:
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000818    0.000036    -0.001024
    0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011353    -0.005237    -0.000059
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
绿色数字表示什么?怎么在所有离子步中保持不变呢?
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000816    0.000035    -0.001021
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011317    -0.005221    -0.000059
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000859    0.000037    -0.001075
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011914    -0.005496    -0.000062
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000847    0.000037    -0.001059
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011741    -0.005416    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001064
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011795    -0.005441    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001063
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011785    -0.005437    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000851    0.000037    -0.001065
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011805    -0.005446    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000854    0.000037    -0.001069
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011850    -0.005466    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000851    0.000037    -0.001065
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011807    -0.005447    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001063
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011787    -0.005438    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000847    0.000037    -0.001059
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011745    -0.005418    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000848    0.000037    -0.001061
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011759    -0.005425    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000848    0.000037    -0.001061
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011762    -0.005426    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000

INCAR:

ENCUT = 480
ISTART= 0 ;ICHARG= 2
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
ALGO = Fast
LPLANE = .TRUE.
NSIM = 4
GGA = 91
POTIM = 0.0
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.
IOPT = 1
LGLOBAL = .TRUE.
MAXMOVE = 0.2
INVCURV = 0.01
IMAGES = 3
SPRING = -5
IBRION = 3
ISMEAR=0
VOSKOWN=1

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1楼2010-06-21 10:49:05

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cenwanglai

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★
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-08-19 15:23:11

引用回帖:

Originally posted by sunyang1988 at 2010-08-19 11:11:24:
请问vasp自带的是不是EB方法，如果要安装CLNEB要重新编译vasp吗？我用的是vasp4.6

需要下载vststools的脚本和vasp4.6一起编译。vststools的主页上有编译方法。

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15楼2010-08-19 13:28:19

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gump_813276

铜虫 (小有名气)

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帖子: 56
在线: 12.8小时
虫号: 549455

★ ★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
hedaors(金币+2):Thanks 2010-06-21 21:27:01
cenwanglai(金币+10):hehe 2010-06-22 08:30:56

力的收敛在我的OUTCAR里是看这一行
FORCES: max atom, RMS 0.049175 0.014886
第一个数小于收敛标准就对了你看看这一行有减小的迹象吗
tangent 那一栏应该是每一步都不同的除非你所有的原子都是不动的表示的是路径的tangent方向

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4楼2010-06-21 21:26:17

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gump_813276

铜虫 (小有名气)

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帖子: 56
在线: 12.8小时
虫号: 549455

★
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-06-22 07:56:14
cenwanglai(金币+50):不好意思给的太张扬,慢慢来吧,呵呵. 2010-06-22 09:43:00
cenwanglai(金币+1):谢谢提供资料.分享给大家? 2010-06-22 09:46:51

你可以看一下我以前算的一个NEB计算参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphite_Li_diff.tar.gz
体系是Li原子在graphite表面的diffusion

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 11:38 ]

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5楼2010-06-22 03:11:00

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-22 03:11:00:
你可以看一下我以前算的一个NEB计算参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

[url]http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphi ...

看起来,我的VTSTCODE没有编译成功,或者没有运行起来.我把你提供的计算任务重新跑了一下,OUTCAR中没有这些内容:

---------------------------------------------------------------------
VTST: version 2.03d, (02/18/09)

CHAIN: initializing optimizer

OPT: *******************
OPT: *******************
********************

CHAIN: Read ICHAIN 0
CHAIN: Running the NEB
NEB:**************
NEB:**************
********************

-------------------------------------------------

重新编译了一下,这回运行OUTCAR中有上面的信息了.呵呵

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 17:55 ]

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6楼2010-06-22 13:42:44

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