版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3900)
>文献求助 (405)
>虫友互识 (340)
>导师招生 (316)
>博后之家 (160)
>硕博家园 (154)
>考博 (142)
>休闲灌水 (141)
>论文投稿 (114)
>基金申请 (90)
>招聘信息布告栏 (54)
>考研 (54)
>教师之家 (51)
>公派出国 (43)
>绿色求助(高悬赏) (37)
>找工作 (37)

返回列表

【奖励】本帖被评价5次，作者cenwanglai增加金币 3.8 个

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[资源] [分享]CLNEB计算实例-Li在石墨上的迁移.已有4人参与

images = 3,有00,01,02,03和04五个文件夹.下面是02文件夹中的OUTCAR受力情况以及INCAR.一共列出了前14个离子步的情况.第二行数字是要考察的移动O原子,O2处于中间,是猜测的过度态初始结构.请问:
(1)这个有收敛的迹象吗?
(2)对于过度态,TOTAL-FORCE应该趋近于0吧?因为能量对坐标的一介导数为0.我这里好象明显不是呢.
(3)收敛完全的CLNEB的OUTCAR有什么特点?希望可以提供一个给我研究一下.
(4)TANGENT在每一次离子步中都是相同的,这个正常吗?它表示什么意思?
(5)我用最新的vststool code与vasp 4.6一起编译的.按照提示修改了并行版本的makefile.即
Replace the line
  tet.o  hamil.o  steep.o \

with the lines
      tet.o    hamil.o steep.o  dimer.o  dynmat.o  neb.o  lanczos.o  instanton.o \
      sd.o    cg.o    qm.o    lbfgs.o  bfgs.o  fire.o opt.o \

但是下载的vtstcode里面除了上面列出的文件对应的.F文件外,还有dynamic.F,dimer_save.F.这两个是多余的?

grep -A 4 "TOTAL-FORCE" OUTCAR:

POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016154    -0.009658    -0.077080
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.158796    -0.300857    0.009262 移动的O原子
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012194    0.008210    0.172479
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016332    -0.008996    -0.078862
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.156962    -0.297061    -0.007870
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012251    0.008192    0.175012
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017001    -0.009111    -0.079068
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.156966    -0.297297    -0.007528
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012182    0.008229    0.175158
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017098    -0.009154    -0.079335
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157678    -0.297259    -0.006335
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012160    0.008255    0.175071
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016935    -0.008983    -0.079327
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157421    -0.297123    -0.007008
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012151    0.008272    0.175039
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016991    -0.009109    -0.079332
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157551    -0.297260    -0.006450
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012154    0.008267    0.174957
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016943    -0.009055    -0.079358
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157496    -0.297152    -0.006797
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012151    0.008275    0.175013
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017006    -0.009110    -0.079392
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157536    -0.297181    -0.006713
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012150    0.008274    0.174998
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017016    -0.009070    -0.079308
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157587    -0.297184    -0.006608
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012149    0.008275    0.175053
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017115    -0.009111    -0.079291
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157550    -0.297196    -0.006633
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012154    0.008271    0.174955
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.017008    -0.009090    -0.079383
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157532    -0.297203    -0.006630
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012152    0.008274    0.175024
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016979    -0.009037    -0.079325
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157492    -0.297223    -0.006589
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012148    0.008279    0.174951
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016943    -0.009067    -0.079403
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157497    -0.297200    -0.006639
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012152    0.008273    0.174960
--
POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   4.49495    4.21000    4.69139       0.016867    -0.009069    -0.079465
   6.71251    3.77353    5.95190       -0.157495    -0.297188    -0.006743 过度态收敛后应该趋近于0吧?
   1.30241    2.25585    0.00000       0.012149    0.008276    0.175074

grep -A 4 "CHAIN-FORCE" OUTCAR:
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000818    0.000036    -0.001024
    0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011353    -0.005237    -0.000059
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
绿色数字表示什么?怎么在所有离子步中保持不变呢?
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000816    0.000035    -0.001021
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011317    -0.005221    -0.000059
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000859    0.000037    -0.001075
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011914    -0.005496    -0.000062
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000847    0.000037    -0.001059
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011741    -0.005416    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001064
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011795    -0.005441    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001063
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011785    -0.005437    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000851    0.000037    -0.001065
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011805    -0.005446    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000854    0.000037    -0.001069
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011850    -0.005466    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000851    0.000037    -0.001065
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011807    -0.005447    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000850    0.000037    -0.001063
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011787    -0.005438    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000847    0.000037    -0.001059
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011745    -0.005418    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000848    0.000037    -0.001061
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011759    -0.005425    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000
--
TANGENT                                     CHAIN-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   0.06432    0.00279    -0.08047       0.000848    0.000037    -0.001061
   0.89209    -0.41152    -0.00461       0.011762    -0.005426    -0.000061
   0.00000    0.00000    0.00000       0.000000    0.000000    0.000000

INCAR:

ENCUT = 480
ISTART= 0 ;ICHARG= 2
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
ALGO = Fast
LPLANE = .TRUE.
NSIM = 4
GGA = 91
POTIM = 0.0
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.
IOPT = 1
LGLOBAL = .TRUE.
MAXMOVE = 0.2
INVCURV = 0.01
IMAGES = 3
SPRING = -5
IBRION = 3
ISMEAR=0
VOSKOWN=1

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 12:38 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 猜你喜欢

到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有7人回复
申请2026年博士已经有5人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有5人回复
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件已经有6人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有7人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有6人回复
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了已经有7人回复
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。已经有4人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

分享一篇ATK计算金纳米管（分子修饰）的输运计算已经有95人回复
请教：orca 中用CCSD(T)计算单点能出错--提示内存不足该怎么办？已经有10人回复
统计热力学以及计算机蒙特卡洛模拟教程已经有441人回复
大家说说管理集群时的奇闻怪事吧已经有22人回复
今天计算发现了一些问题，几何成功就一定收敛了吗？已经有6人回复
请问能用DFT方法计算一个体系中原子由于所处位置不同而势能不同，能输出原子势能吗已经有4人回复
炼油设备工艺设计资料塔的工艺计算已经有69人回复
急求，急求，石墨烯复合材料的高温烧结，石墨烯可承受的最高温度是多少？已经有17人回复
Castep计算无法收敛，请高人指教已经有17人回复
今天用CASTEP计算声子谱，出现下列提示，有能看懂的大侠帮忙解释下已经有11人回复
求助分离过程物料组成计算已经有10人回复
vasp计算石墨烯能带时，dirac点是打开的，带隙不为零，与静态的DOSCAR也对不上已经有10人回复
氧化石墨呈金属光泽已经有44人回复
石墨烯微片，10nm左右的，有什么用途已经有7人回复

1楼2010-06-21 10:49:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

★
aylayl08(金币+1):谢谢讨论 2010-07-31 16:36:26

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-26 09:07:39:
我觉得有点问题吧有的原子在01-03被移动了但是却没有对其进行优化那么那个移动的原子所经历的势能面在01-03中其实是不同的我也不知道最后的影响会怎样但是从计算来说这样确实是有问题的

那如果要算rigid表面上的扩散的话,一开始就要固定表面所有原子,仅仅移动吸附原子来做初始结构和最终结构的优化.是这样的吗?

你做石墨表面Li的吸附,初始和终了结构就是采用同一个石墨层固定后,放置一个Li原子,然后插值得到多个image?

赞一下(1人)

回复此楼

11楼2010-06-26 09:54:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 24 个回答

gump_813276

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 164.5
帖子: 56
在线: 12.8小时
虫号: 549455

★ ★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
hedaors(金币+2):Thanks 2010-06-21 21:27:01
cenwanglai(金币+10):hehe 2010-06-22 08:30:56

力的收敛在我的OUTCAR里是看这一行
FORCES: max atom, RMS 0.049175 0.014886
第一个数小于收敛标准就对了你看看这一行有减小的迹象吗
tangent 那一栏应该是每一步都不同的除非你所有的原子都是不动的表示的是路径的tangent方向

赞一下(2人)

回复此楼

4楼2010-06-21 21:26:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gump_813276

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 164.5
帖子: 56
在线: 12.8小时
虫号: 549455

★
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-06-22 07:56:14
cenwanglai(金币+50):不好意思给的太张扬,慢慢来吧,呵呵. 2010-06-22 09:43:00
cenwanglai(金币+1):谢谢提供资料.分享给大家? 2010-06-22 09:46:51

你可以看一下我以前算的一个NEB计算参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphite_Li_diff.tar.gz
体系是Li原子在graphite表面的diffusion

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 11:38 ]

赞一下(1人)

回复此楼

5楼2010-06-22 03:11:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-22 03:11:00:
你可以看一下我以前算的一个NEB计算参考一下

CLNEB计算实例子:Li在石墨上的迁移

[url]http://mypage.iu.edu/~zduan/downloads/graphi ...

看起来,我的VTSTCODE没有编译成功,或者没有运行起来.我把你提供的计算任务重新跑了一下,OUTCAR中没有这些内容:

---------------------------------------------------------------------
VTST: version 2.03d, (02/18/09)

CHAIN: initializing optimizer

OPT: *******************
OPT: *******************
********************

CHAIN: Read ICHAIN 0
CHAIN: Running the NEB
NEB:**************
NEB:**************
********************

-------------------------------------------------

重新编译了一下,这回运行OUTCAR中有上面的信息了.呵呵

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-22 at 17:55 ]

赞一下

回复此楼

6楼2010-06-22 13:42:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 24 个回答