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Hansongtao

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[交流] 【求助】正确的初始结构是如何建立的？已有3人参与

我始终对正确的初始结构的建立没有搞明白。以我计算键能的葡萄糖为例，我是经过这样几个步骤：
1。在课本上看到葡萄糖的结构，其中重要的结构特征是直立健和平伏健的差别
2。用chemdraw将上述结构画出来，其中直立键和平伏键就是通过目测，感觉相对环平面是直立或平伏就行了。（这样做行吗？）
3。转送结构至chem3D
4。用chem3D创建输入文件，用gaussian计算。
大家可以看出这个过程，只有通过目测保证键的直立或平伏，这样是不是太不保险了？

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1楼2010-06-16 10:07:53

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sigmax

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-06-16 17:44:58

对于有机化合物而言，通过化学绘图软件得到的平面结构式就包含了键长、键角的基本准确的信息，所以，其初始结构就算确定了。原因是，有机化学涉及到的是共价键，其键长、键角在软件内部有一个预设数值，软件可以对绘制图形做初步优化。

另外，量子化学计算中需要输入的只是原子的坐标，这就决定了键长和键角。但是，我们并不明白软件哎几何结构优化时是如何处理这些坐标的-SCF是如何变动这些坐标，在什么范围内变动这些坐标。

这就是我们没有源代码或者不去了解源代码的后果。