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Hansongtao

捐助贵宾 (小有名气)

[交流] 【求助】正确的初始结构是如何建立的? 已有3人参与

我始终对正确的初始结构的建立没有搞明白。以我计算键能的葡萄糖为例,我是经过这样几个步骤:
1。在课本上看到葡萄糖的结构,其中重要的结构特征是直立健和平伏健的差别
2。用chemdraw将上述结构画出来,其中直立键和平伏键就是通过目测,感觉相对环平面是直立或平伏就行了。(这样做行吗?)
3。转送结构至chem3D
4。用chem3D创建输入文件,用gaussian计算。
大家可以看出这个过程,只有通过目测保证键的直立或平伏,这样是不是太不保险了?
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1.CCDC
2.高档次的文献
3.基组从小到大的OPt+freq
4.。。。。。
2楼2010-06-16 10:18:30
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sigmax

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):鼓励交流!!! 2010-06-16 17:44:58
对于有机化合物而言,通过化学绘图软件得到的平面结构式就包含了键长、键角的基本准确的信息,所以,其初始结构就算确定了。原因是,有机化学涉及到的是共价键,其键长、键角在软件内部有一个预设数值,软件可以对绘制图形做初步优化。

另外,量子化学计算中需要输入的只是原子的坐标,这就决定了键长和键角。但是,我们并不明白软件哎几何结构优化时是如何处理这些坐标的-SCF是如何变动这些坐标,在什么范围内变动这些坐标。

这就是我们没有源代码或者不去了解源代码的后果。
3楼2010-06-16 17:32:55
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
就按照一楼说的坐
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2010-06-17 16:58:16
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