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agou8888

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于A级警告:PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOI 已有4人参与

有个晶体platon检查出现A级别警告:
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 250.00 A**3

可确定无残余未指认溶剂分子。记得以前看过一篇文献对这个A级警告解释为:结晶过程中溶剂分子失去,但是这句话具体怎么说不记得了,忘xdjm知道的告诉我。
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xifengjin

金虫 (正式写手)


agou8888(金币+1):都说aqueeze后会产生一个sqf的文件,但是我看了下我的只产生了一个sqz的文件。不知道是不是我的platon版本太低的原因呢? 2010-06-14 09:01:09
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-06-14 09:19:24
楼主去看,PLATON中软件SQUEEZE的使用和介绍。
SQUEEZE掉就可以了
3楼2010-06-13 12:44:57
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xglegl

木虫 (正式写手)


agou8888(金币+1):谢谢 2010-06-14 08:59:35
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-06-14 09:19:09
说明你的结构中有孔洞啊,可以解释的 没有问题的
2楼2010-06-13 09:19:52
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triiawypm

银虫 (正式写手)


yunruirui(金币+1):谢谢交流,欢迎常来! 2010-06-15 09:57:58
原话是这么说的: Crystal structures in general do not contain large solvent accessible
voids in the lattice. Most structures loose their long-range ordening
when solvent molecules leave the crystal. Only when the remaining network
is strongly bonded (e.g. zeolites and some hydrogen bonded networks) the
crystal structure may survive.

Residual voids in a structure may indicate the omission of (disordered)
density from the model. Disordered density may go undetected when smeared
since peak search programs are not designed to locate maxima on density
ridges. The presence or absence of residual density in the void may be
veryfied on a printed/plotted difference Fourier map or with PLATON/SQUEEZE.

Voids of 40 Ang**3 may accommodate H2O. Small molecules such as Tetrahydro
Furane have typical volumes in the 100 to 200 Ang**3 range.

见: http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx//hlp/cif117.htm
打开后拉到最下面.
4楼2010-06-15 08:48:57
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ljs185169883

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
亲、你的错误解决了吗?我遇到了同样的问题,望求解
5楼2013-01-04 14:43:09
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