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【求助/交流】求助，求助同源性计算 已有2人参与
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| 求助。各位高人，您们好。 虾米有个问题跪求大家帮助。 我分离到的几十个不同属的菌。测了its序列。 在计算同源性的时候出了问题。 问题是，如果把几十个菌核他们的相似序列放在一起共同计算的话，例如1号菌和它对于的菌的同源性为97.6%，98.7%。如果就是单独拿着三个菌计算同源性的话，同源性结果又不一样，有变化，那么我到底是用全部菌来一起算的数据，还是用单独三个菌算的数据？ 以那个为准则？ 谢谢！ |
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2楼2010-06-09 00:41:04
reasonspare
木虫 (著名写手)
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1949stone(金币+2):够细致 2010-06-09 11:43:26
1949stone(金币+2):够细致 2010-06-09 11:43:26
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你这个问题很常见，这也就是所说，你对这些菌的背景了解多少，有没有已知进化的报道，进而通过引入标准菌株进行同源性分析。也就是你需要参照物。 在同源性分析中如果没有参比菌株的话，通俗的讲如果所有的菌株有相同的机会的话（各为独立个体，作为参照物与其他相比），其结果会相差很远，但是如果认为地拿某一个与其他的相比，这样又缺乏科学性（为什么不拿其他的？）／ 当然，在没有参考物，你也能得到一个同源性，但是这同源性的相对（没有进化意义上的方向性：父－〉子，还是子－〉父，而是说明两者的多大的不同或相似） |
3楼2010-06-09 06:21:39
