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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中transiesta模块的收敛标准是啥~~
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redskywei

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta中transiesta模块的收敛标准是啥~~已有4人参与

如题，我在用transesta计算输运时发现，最后收敛的的时候，这些值都比较大，他就停止迭代了：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.152  512.000    1.000
transiesta: 290   -19912.8627   -19914.3989   -19914.3989  0.4114 -5.3182
TranSiesta: Qsol,Qtot:  514.839  512.000    1.000
transiesta: 291   -19908.1417   -19913.3302   -19913.3302  0.4050 -5.3182

那么到底他判断收敛是什么标准呢~~~
另外，俺们的收敛特别慢，除了跟参数有关外，还跟什么东西有关？
这里面的这些量都是些啥？
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坠入无边的网~~
1楼2010-06-08 21:23:46
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
redskywei(金币+5):多谢指点，可是siesta这么快收敛，transiesta这么这么难的收敛~~~ 2010-06-09 14:23:35
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-06-09 15:14:21
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-08 14:23:46:
如题，我在用transesta计算输运时发现，最后收敛的的时候，这些值都比较大，他就停止迭代了：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.152  512.000    1.000
transiesta: 290   -19912.8627   -19914.3989   -19914.3989 ...

你这个都迭代291次了，是不是你设置的最大迭代次数是300，其中在transiesta开始的siesta计算中用了9个迭代。所以说你现在超出了迭代的设置。如果不超的话，它的收敛标准是DM.Tolerance所设置的，显然你现在是0.4050，估计没有达到你设置的标准。一般都设置为1.0d-4或者是1.0d-3
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弘德明志博学笃行
2楼2010-06-09 14:20:39
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢补充，呵呵 2010-06-09 15:14:31
redskywei(金币+5):多谢交流，让我对参数理解更清楚了~~ 2010-06-09 23:08:06
transiesta难收敛的情况也不好说！我也遇到一次。那次是我选取的缓冲层有点少。缓冲层不但起到屏蔽作用，还有助于加快收敛。所以你可以试试把扩展分子两边的电极部分取得多一点。或者有个选项你设置一下也可以起作用的。TS.UpdateDMCROnly  F.我自己认为如果这个选项设置为T就表示在进行Transiesta迭代计算的时候密度矩阵只是更新扩展分子中间散射区的，不更新属于电极的那些原子。要是设置这个为F，那么整个扩展分子的密度矩阵在迭代过程中都要更新。要是这个设置为F之后收敛好了，我认为缓冲区选取的有点少！所以应该加大这个缓冲区。这个紧紧是我自己的理解！一般自由分子距离电极中间要有4-5层的金属原子，这个缓冲一般情况足够了。但是为了计算的需要（减少计算时间），不是选的这么多！所以这个问题遇到的就多一些！
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弘德明志博学笃行
3楼2010-06-09 14:35:09
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ifmc1234 at 2010-06-12 10:36:44:


改变DM.MixingWeight参数，对于siesta计算收敛很好，值越小收敛的速度越慢。对于金属性的一般值要小，特别是能隙比较小的体系。但对于transiesta我也不是很清楚要调什么参数。现在也在摸索阶段。如果在有电压 ...

你是怎么看出TS.ComplexContour.Emin值的设置已经低于最小值了？
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弘德明志博学笃行
8楼2010-06-19 21:49:32
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-04 11:47:20
redskywei(金币+6):步数准确值不是问题，问题就是收敛太过于慢，而且从out文件可以看出是指transiesta里的步数超多了，呵呵 2010-12-05 00:19:22
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-08 14:23:46:
如题，我在用transesta计算输运时发现，最后收敛的的时候，这些值都比较大，他就停止迭代了：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.152  512.000    1.000
transiesta: 290   -19912.8627   -19914.3989   -19914.3989 ...

如果transiesta是从头做的，也就是说没有*DM或者*TSDE的时候，transiesta首先要做siesta计算得到*DM，这个用的步数也算在你在input.fdf文件中设置的MaxSCFIterations上。
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弘德明志博学笃行
10楼2010-12-04 11:17:02
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mazuju028(金币+2):谢谢交流 2010-12-05 12:46:30
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-06-08 14:23:46:
如题，我在用transesta计算输运时发现，最后收敛的的时候，这些值都比较大，他就停止迭代了：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.152  512.000    1.000
transiesta: 290   -19912.8627   -19914.3989   -19914.3989 ...

假如你设置的最大收敛步数是300，如果在生成*DM的时候就用了100步，那么剩下的transiesta部分就只有200步的容量了。只要这个部分超过200步就不再自洽了。为了避免这个问题，可以将最大收敛步数设置的大一点。至于你说的收敛慢的问题，你可以通过调节参数加快收敛。比如减小mixing的大小，到0.01甚至更小0.001。另外升高温度也是一个办法。还有就是你可以减小电压的间隔等等。
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弘德明志博学笃行
11楼2010-12-05 09:03:16
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184366楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-17 17:35:21
请教一下，我设置的最大收敛步数是300，在生成DM的时候用了80步，transiesta部分用了219步，最后几步是这样的：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  642.949  648.000    1.000
transiesta: 215   -26765.1344   -267 ...

没有收敛。超出了你的最大自洽步数。自洽在有SIESTA的时候，也算在内。299步，最后一步没有给出来。但是TSHS是生成的。TSDE只要做TranSIESTA自洽就生成。
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14楼2012-11-17 17:42:59
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184369楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-17 17:55:12
哦，谢谢哈，刚开始还以为收敛了呢，白激动了，呵呵。我在我的输入文件里看到这样的参数：
TS.TBT.PDOSFrom   5
TS.TBT.PDOSTo     5
TS.TBT.CalcIeig  yes
这几个参数我在手册上没有看到过，是从别人的输入文 ...

这个参数在新版中有解释。你官网上下载新版本看看手册。
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弘德明志博学笃行
16楼2012-11-17 18:29:28
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184624楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-27 08:25:37
请问transiesta的收敛标准只需要看transiesta自洽的最后一步DM.Tolerance是否小于0.0001就行了吗？我计算出来transiesta自洽最后几步是这样的：
transiesta:  48    50769.9893    50769.5516    50769.5516  0.0 ...

Max指的是原子受力吧？在非平衡输运体系中，原子力的计算，现在SIESTA还不能给出正确的结果。并且我们使用当下的TranSIESTA默认就是做了一个近似，认为偏压下体系结构近似不变。所以体系在偏压下结果变化很大的情况，现在不能自洽研究。
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弘德明志博学笃行
19楼2012-11-27 10:34:00
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1184629楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-27 10:44:36
我是在零压下算的，没加偏压。不能自洽研究是什么意思？是说我这个体系有问题，导致不能收敛吗？...

零偏压下好像也是不可以的。因为对于开体系的格林函数方法来计算原子受力的方法在现在的TranSIESTA中没有执行。所计算出来的力是根据DFT的那套方法计算出来的。因此肯定是不对的。
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弘德明志博学笃行
21楼2012-11-27 11:36:21
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