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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于代谢组学
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zns_lyx

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于代谢组学 已有6人参与

各位大侠，
    我是一个小小大三本科生，由于是应用化学专业，对生物化学、药学等都是门外汉。导师是药学的，上次写科技创新项目时，查了研究热点，看到代谢组学很热门，就傻乎乎地写上去了，没想到项目也批下来了。现在多看了点文献和论坛，才知道其中深不可测。。。555～～不知路过的大侠中有没做过尿液测定的，能否指点下迷津。
    项目做的是XXX对生物代谢的影响，XXX是挥发性物质。对于本科生，我该怎么设计才能让实验难度不超出自己的能力范围又做得好呢？不知道做尿液的指纹图谱难度大不？我是做毛细管电泳用紫外测容易点呢（这个方法只能说明哪些峰有差异，但不能确定到底是什么物质有差异），还是用超高效液相色谱质谱联用做容易点（解质谱图是不是很难？有没软件可以直接用的？）？  谱图出来后 后面的海量数据该怎么办呢（看文献都是有非监督的PCA，可具体是要怎么做呢？）？能用数学软件解决么？是不是要有很强大的数学功底？ 对于本科生我们该怎么做使自己的课题有一点意义但又难度不会很大呢？
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1楼 2010-06-05 16:16:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sunny1212

木虫 (正式写手)
★ ★
reasonspare(金币+2):谢谢分享。MS/MS都是很关键的技术。 2010-06-08 06:01:33
zns_lyx(金币+2):谢谢前辈的耐心回答！ 2010-06-12 21:06:48
做代谢组的技术手段是很多的,但现在的主流手段是NMR与LC-MS,并且你会发现有这样一个规律,标题用metabonomics的论文基本上都是用的NMR,而metabolomics的论文基本上是用LC-MS.用NMR的好处是只要是有质子的代谢物都能够被检测到，而用LC-MS则存在一些问题，有些成分因为在色谱柱上不保留而不容易被检测到，而且，MS即使能检测到也不容易被解析出来结构（尿液中代谢极性一般很大，不容易被C18柱保留。此外不同成分离子化效率不一致，使得质谱强度与含量之间没有直接的关系）。
关于代谢组学，需要注意的地方很多，最好是看一些综述性的论文，在小木虫上帖子难以一下子就说清楚。这问题不好说，也说不好，还是不说好！
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液相色谱-核磁共振-质谱联用技术
6楼2010-06-07 15:37:32
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zhf4539

木虫 (小有名气)

木虫

我来回答

★ ★
zns_lyx(金币+2):谢谢前辈对流程的大概介绍，浑沌沌的思路清晰很多啊，嘻嘻～～ 2010-06-12 21:11:02
lstt09nk(金币+2):很热心~~ 2010-06-16 10:58:02
说实际的，我建议你用毛细管电泳做定量，你刚接触不要去做组学，组学是个很大的概念。简单的和你说下吧，一般组学是用LC-MS做的比较多，而且一般是用TOF检测样本中的全部代谢物指纹图谱，这就要求样本的处理尽量的简单以免处理过程中丢失任何代谢物。做完后可以用比如waters的MassLynx软件找出一些差异性比较大的代谢物，也就是所谓的生物标志物，找到比如前100号后可以用simca等化学计量学软件对样本进行聚类分析，常见就可以做PCA,PLS-DA等分析，看你样本分组的分离情况。呵呵，加油吧，后生们
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喜欢科研
11楼2010-06-12 20:28:20
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普通回帖

zns_lyx

银虫 (小有名气)
自己给自己打气！
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2楼2010-06-05 20:16:01
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
UP  UP  UP！
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3楼2010-06-05 22:50:19
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
55～～ 被淹没了  UP UP！
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4楼2010-06-06 13:35:04
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
又被淹没了  UP UP！
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5楼2010-06-07 09:15:20
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
reasonspare:听说UPLC是个不错冬冬。应该初步研究，已经够用，如果有novol，可是再上NMR. 2010-06-08 06:03:13
引用回帖:
Originally posted by sunny1212 at 2010-06-07 15:37:32:
做代谢组的技术手段是很多的,但现在的主流手段是NMR与LC-MS,并且你会发现有这样一个规律,标题用metabonomics的论文基本上都是用的NMR,而metabolomics的论文基本上是用LC-MS.用NMR的好处是只要是有质子的代谢物都能 ...

热泪盈眶啊！  前辈你终于回答了，555～～  正是考虑在极性的问题 所以想用毛细管电泳  可是学校的毛细管电泳不能和质谱联用，只有紫外  用UPLC-MS不知道难度大不    由于导师对这方面也是刚开始涉及，他要我自己拿捏，虽然看了博士、硕士论文 可是他们都各说各的好。。。 借了许国旺老师的《代谢组学——方法与应用》 可是还是摸不着头脑 不知道什么样的方法难度不会远远超出本科生的能力范围 又会有结果
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7楼2010-06-07 22:14:04
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
UP  UP  UP
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8楼2010-06-08 22:56:52
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★
zns_lyx(金币+1):谢谢版主！ 2010-06-12 21:07:14
1949stone(金币+1):谢谢交流 2010-06-16 10:24:07
引用回帖:
Originally posted by zns_lyx at 2010-06-08 22:56:52:
UP  UP  UP

就是利用手头上的资源，获得初步结果，如果发现有新东西，老板会想办法给弄到你钱的作NMR的。
而且起初作NMR是不明智的。
LC
GC
都是不错的首选。
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大慈大悲观世音救苦救难观世音有求必应观世音普渡众生观世音千手千眼观世音官大敢管观世音无处不在观世音普观普长观世音南无观世音菩萨
9楼2010-06-09 05:53:15
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zns_lyx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-06-09 05:53:15:


就是利用手头上的资源，获得初步结果，如果发现有新东西，老板会想办法给弄到你钱的作NMR的。
而且起初作NMR是不明智的。
LC
GC
都是不错的首选。

问了导师 他建议我用毛细管电泳了 不过是紫外  前辈有没相关经验 我有什么要注意的么？
大学里上的课都还晕乎乎的  发的书都还没看怎么懂  现在一下子就搞实践了。恳请前辈指点指点
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10楼2010-06-09 13:38:19
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