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hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于autodock对接结果的问题 已有2人参与

本人用Autodock对接,结果分析时发现配体小分子的一些键断了,分子被拆散了,氢原子也没了。这是怎么回事?有什么解决方法吗?另我的小分子是用Hyperchem优化的,有关联吗?望大家多多指教啊,
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小分子构象没有优化好,可以把构象多优化几个方面
5楼2016-05-07 10:26:13
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

★ ★
hijing(金币+3): 2010-06-04 08:47:40
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-04 14:43:04
分子上没有氢是因为你在加氢的时候是加的极性氢,而不是all hydrogen。分子断了有可能是因为你在优化或者构建分子的时候出现的问题
2楼2010-06-03 21:30:26
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hijing

金虫 (小有名气)

那么用Hyperchem来优化行不行呢?我觉得每次优化的结果都不太一样,要怎么判断优化结果的好坏啊?
3楼2010-06-04 08:51:19
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主你好,请问问题怎么解决的?我也是用autodock时,对小分子进行处理,小分子却开环了,请问楼主怎么解决?求楼主回复~
4楼2016-04-25 10:46:50
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