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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于autodock对接结果的问题
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hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于autodock对接结果的问题 已有2人参与

本人用Autodock对接，结果分析时发现配体小分子的一些键断了，分子被拆散了，氢原子也没了。这是怎么回事？有什么解决方法吗？另我的小分子是用Hyperchem优化的，有关联吗？望大家多多指教啊，
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1楼 2010-06-03 16:58:49
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★
hijing(金币+3): 2010-06-04 08:47:40
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-04 14:43:04
分子上没有氢是因为你在加氢的时候是加的极性氢，而不是all hydrogen。分子断了有可能是因为你在优化或者构建分子的时候出现的问题
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2楼2010-06-03 21:30:26
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hijing

金虫 (小有名气)
那么用Hyperchem来优化行不行呢？我觉得每次优化的结果都不太一样，要怎么判断优化结果的好坏啊？
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3楼2010-06-04 08:51:19
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主你好，请问问题怎么解决的？我也是用autodock时，对小分子进行处理，小分子却开环了，请问楼主怎么解决？求楼主回复~
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4楼2016-04-25 10:46:50
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小分子构象没有优化好，可以把构象多优化几个方面
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5楼2016-05-07 10:26:13
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zfb601

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主我用vina对接的时候也出了这个问题，请问楼主你是不是用sybyl进行结果分析的？
还有一个问题是对接结果中碳原子用pymol显示的话标色可能会不一样。
个人推测是因为autodock对接结果文件中原子类型和其他软件不兼容的原因，但是不知该如何设置。有机会可以共同探讨探讨
另，我用了很多的优化方法，但是并无卵用。。。。
感觉就是ADT在对接的时候修改了原子类型。。。
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6楼2016-05-10 21:59:24
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