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liuxianlv金虫 (正式写手)
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【求助】请教分子动力学模拟 已有5人参与
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本人初学MS，本实验室我是第一个搞这个的，纯粹是摸索前进，对文献上的很多不懂特请教各位大哥大姐，谢谢各位。 分子动力学模拟 选取Fe 晶体(001)晶面为吸附表面[18], 表面体系厚度为11 层共计1584 个Fe 原子, 体系大小为3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm. 计算过程中“冻结”表面体系中的Fe 原子, 而吸附分子保持与金属表面自由相互作用. 模拟中使用Materials Studio 4.0 软件包中的COMPASS 力场对体系进行优化, 正则系综(NVT)[19]的MD 模拟通过Discover[20] 模块完成. 模温度为298 K, 采用Andersen[21]恒温器进行温度控制. 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布随机产生. 利用周期性边界条件和时间平均等效于系综平均等基本假设, 运用Velocity Verlet 算法[22]求解牛顿运动方程. 范德瓦尔斯和库仑相互作用采用Charge Group 方法[23]计算. 截断半径为1.5 nm, 截断距离之外的分子间相互作用能按平均密度近似方法进行校正. 模拟中时间步长为1 fs, 模拟时间为500 ps, 每1000 步记录一次体系的轨迹信息. 所有计算均在Pentium IV 计算机上完成 分子在金属表面的吸附能由下列公式计算得出[10]adsorption molecule surface E ＝E ＋E －Etotal (1) 其中, Eadsorption 为吸附能; Emolecule 是自由分子的能量;Esurface 是未吸附分子时金属表面的能量; Etotal 是包含一个分子和金属表面体系的总能量. 通过分析体系能量和温度随时间演化轨迹发现: 100 ps 时体系就开始达到平衡, 后250 ps 时体系已充分平衡, 因此选择后250 ps进行取样平均, 求得各分子吸附能和吸附构型结构参数的统计平均值.（文献来源《1-(2-羟乙基)-2-烷基-咪唑啉缓蚀剂缓蚀机理的理论研究》化 学 学 报2008 年第66 卷，张 军） 我对这段模拟过程和设置细节有些不清楚，现摸索如下：各位帮我看看是不是这样的步骤？ 第一步建了表面按要求。 第二步加入表面分子。 第三步  选discover 里的setup选compass直接再点calculation（是不是不用点 和 以及其他设置）。 第四步选discover 里的Dynimics，   （原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布随机产生. 利用周期性边界条件和时间平均等效于系综平均等基本假设, 运用Velocity Verlet 算法[22]求解牛顿运动方程. 范德瓦尔斯和库仑相互作用采用Charge Group 方法[23]计算. 截断半径为1.5 nm, 截断距离之外的分子间相互作用能按平均密度近似方法进行校正.是怎么设的？） 第五步点NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 没找到这东西，在哪设？Velocity Verlet 也没有， 范德瓦尔斯和库仑相互作用采用Charge Group 方法[23]计算. 截断半径为1.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦尔斯和库仑相互作用吗？以及 截断半径为1.5 nm是不是如图设的：  Charge Group 方法是不是指group based |
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 晶体模型计算分析 | 分子动力学 |
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2楼2010-06-02 21:23:40
liuxianlv
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可以再回答点吗？（原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布随机产生. 利用周期性边界条件和时间平均等效于系综平均等基本假设, 运用Velocity Verlet 算法[22]求解牛顿运动方程. 范德瓦尔斯和库仑相互作用采用Charge Group 方法[23]计算. 截断半径为1.5 nm, 截断距离之外的分子间相互作用能按平均密度近似方法进行校正.是怎么设的？） 第五步点NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 没找到这东西，在哪设？Velocity Verlet 也没有， 范德瓦尔斯和库仑相互作用采用Charge Group 方法[23]计算. 截断半径为1.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦尔斯和库仑相互作用吗？以及 截断半径为1.5 nm是不是如图设 |
3楼2010-06-02 21:43:27
043114076
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