版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 399
散金: 130
帖子: 292
在线: 113.4小时
虫号: 864391
注册: 2009-10-07
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[交流] 【求助】双电极中心散射区设置问题已有3人参与

from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements
left_surface_elements  = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
central_atom_elements  = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon]
right_surface_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
scattering_elements = left_surface_elements + central_atom_elements + right_surface_elements

# Scattering coordinates
left_surface_coordinates  = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00]]*Angstrom
central_atom_coordinates  = [[ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                           [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                           [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                           [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                           [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                           [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                           [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                           [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                           [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                           [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                           [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                           [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                           [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                           [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                           [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                           [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                           [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                           [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                           [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                           [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                           [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                           [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                           [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                           [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01]]*Angstrom
right_surface_coordinates = [[ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
scattering_coordinates = left_surface_coordinates + central_atom_coordinates + right_surface_coordinates
上面的是正常的中心散射区设置，包括一部分的左电极和右电极还有中心的分子
而我的设置的是
from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements and coordinates
scattering_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold]
scattering_coordinates = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                        [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                        [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                        [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                        [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                        [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                        [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                        [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                        [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                        [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                        [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                        [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                        [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                        [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                        [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                        [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                        [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                        [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                        [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                        [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                        [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                        [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                        [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                        [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
在散射区中没有区分电极和分子，虽然都是一样的散射区，我想问一下怎么样才能设置成散射区电极与分子分开？

回复此楼

» 猜你喜欢

290求调剂已经有3人回复
一志愿西南交通专硕材料355 本科双非求调剂已经有4人回复
295复试调剂已经有6人回复
279分求调剂一志愿211 已经有8人回复
工科材料085601 279求调剂已经有8人回复
317求调剂已经有8人回复
一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 已经有5人回复
274求调剂已经有7人回复
317求调剂已经有9人回复
招收调剂硕士已经有11人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

碳电极超级电容器组装问题已经有15人回复
关于蓝宝石晶体生长过程中的散射中心以及镶嵌结构的消除已经有20人回复
荧光猝灭实验中的散射问题已经有3人回复
很菜的问题：不设置参比电极不行么？已经有9人回复
超级电容器测试双电极体系测试电压设置的问题已经有21人回复
open circuit potential用三电极还是双电极已经有4人回复
有关动、静态光散射的问题已经有6人回复
Word问题，设置单双页不同之后，只有偶数页有页码。求高手解决一下。已经有1人回复
【求助】ATK自带的一个双电极模型问题，谢谢！已经有5人回复
【求助】ATK中双电极模型电极与分子之间的距离设置。已经有4人回复
【讨论】锂离子电池测CV问题？两电极体系与三电极体系的区别？已经有26人回复

1楼 2010-05-27 16:01:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

1ST强帖: 13
应助: 241 (大学生)
金币: 25701.7
散金: 602
红花: 166
帖子: 3782
在线: 873.8小时
虫号: 1007127
注册: 2010-04-27
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

kaypu(金币+1): 2010-05-27 19:26:11

没有必要显式标识出散射区哪些原子属于与电极区具有相同周期性的原子，哪些原子属于分子的。

赞一下

回复此楼

2楼2010-05-27 19:10:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

163.com

金虫 (著名写手)

实习版主

应助: 2 (幼儿园)
贵宾: 0.016
金币: 1489.8
散金: 1347
红花: 32
帖子: 1215
在线: 87小时
虫号: 923817
注册: 2009-12-09
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

★
zzy870720z(金币+1):xiexie 2010-05-27 22:25:11
kaypu(金币+2): 2010-05-28 07:34:56

这个是不能自己设置的，软件根据你的实际情况自动判别生成脚本。

这个问题你没必要去深究，分开和在一起是完全一样的，如果你要找某一个原子的话可以通过读原子坐标的方法确定，更简单的办法是在 Atomic Maipulator 里面改变某一个原子（比如把C换成B），然后 show 一下，你改变的原子就会变色，一般大小也会变化，以此确定某一个原子。

赞一下(1人)

回复此楼

阿什顿联

3楼2010-05-27 22:07:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

163.com

金虫 (著名写手)

实习版主

应助: 2 (幼儿园)
贵宾: 0.016
金币: 1489.8
散金: 1347
红花: 32
帖子: 1215
在线: 87小时
虫号: 923817
注册: 2009-12-09
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

kaypu(金币+2): 2010-05-28 07:35:01

你的第一个脚本是通过表面层延伸加上中心散射区之后生成的吧，然后你再以这个脚本建计算模型的时候拖到 NanoLanguage Scripter
在NanoLanguage Scripter 就会是放到一起的就像后面的形式（因为软件已经把中间的区域做为一个整体看待了）

赞一下

回复此楼

阿什顿联

4楼2010-05-27 22:11:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 399
散金: 130
帖子: 292
在线: 113.4小时
虫号: 864391
注册: 2009-10-07
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

引用回帖:

Originally posted by 163.com at 2010-05-27 22:07:02:
这个是不能自己设置的，软件根据你的实际情况自动判别生成脚本。

这个问题你没必要去深究，分开和在一起是完全一样的，如果你要找某一个原子的话可以通过读原子坐标的方法确定，更简单的办法是在 Atomic Maip ...

如果是按照第一个脚本的话在上图中选择投影原子数就不一样了，要自己选择勾选后面的第一个后，其实投影的是包括表面层的，这要在左边选择数目，只是投影到分子上，而第二个脚本就不用这样了，我就是想问问怎么样才能做到第一种那样的脚本。我的也是把脚本放到NanoLanguage Scripter 就成了第二个脚本，请问您是怎么做的，非常感谢

赞一下

回复此楼

5楼2010-05-28 07:53:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 kaypu 的主题更新

返回列表

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6	困于星晨 2026-03-17	8/400	2026-03-20 11:24 by kkcoco25
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +6	吃吃吃才有意义 2026-03-19	6/300	2026-03-20 10:47 by 尽舜尧1
[考研] 材料学硕318求调剂 +5	February_Feb 2026-03-19	5/250	2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 一志愿北京化工大学0703化学318分，有科研经历，求调剂 +3	一瓶苯甲酸 2026-03-14	3/150	2026-03-19 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 本人考085602 化学工程专硕 +17	不知道叫什么！ 2026-03-15	19/950	2026-03-19 15:06 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂 +11	yangfz 2026-03-17	11/550	2026-03-19 15:06 by houyaoxu
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +5	枫桥ZL 2026-03-18	7/350	2026-03-19 14:52 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿天大材料与化工（085600）总分338 +5	蔡大美女 2026-03-13	5/250	2026-03-19 10:44 by 是小刘呀～
[考研] 332求调剂 +3	ydfyh 2026-03-17	3/150	2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 295求调剂 +3	一志愿京区211 2026-03-18	5/250	2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5	share_joy 2026-03-16	5/250	2026-03-18 14:48 by haxia
[考博] 26申博 +4	八6八68 2026-03-16	4/200	2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 274求调剂 +5	时间点 2026-03-13	5/250	2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 333求调剂 +3	文思客 2026-03-16	7/350	2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3	努力奋斗112 2026-03-15	3/150	2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 318求调剂 +3	Yanyali 2026-03-15	3/150	2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 0703 物理化学调剂 +3	我可以上岸的对� 2026-03-13	5/250	2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 0856求调剂 +3	刘梦微 2026-03-15	3/150	2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4	jiang姜66 2026-03-14	5/250	2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3	麦田耕者 2026-03-14	3/150	2026-03-14 20:04 by 外星文明

24小时热门版块排行榜

kaypu

[交流] 【求助】双电极中心散射区设置问题 已有3人参与

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

valenhou001

163.com

163.com

kaypu

[交流] 【求助】双电极中心散射区设置问题已有3人参与