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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

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专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[交流] 【求助】双电极中心散射区设置问题已有3人参与

from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements
left_surface_elements  = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
central_atom_elements  = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                        Carbon, Carbon, Carbon, Carbon]
right_surface_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold, Gold, Gold,
                        Gold, Gold]
scattering_elements = left_surface_elements + central_atom_elements + right_surface_elements

# Scattering coordinates
left_surface_coordinates  = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                           [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                           [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                           [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00]]*Angstrom
central_atom_coordinates  = [[ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                           [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                           [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                           [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                           [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                           [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                           [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                           [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                           [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                           [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                           [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                           [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                           [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                           [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                           [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                           [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                           [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                           [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                           [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                           [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                           [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                           [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                           [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                           [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01]]*Angstrom
right_surface_coordinates = [[ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                           [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                           [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                           [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                           [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                           [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                           [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
scattering_coordinates = left_surface_coordinates + central_atom_coordinates + right_surface_coordinates
上面的是正常的中心散射区设置，包括一部分的左电极和右电极还有中心的分子
而我的设置的是
from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster

# Generate time stamp
if processIsMaster():
import platform, time
print '#',time.ctime()
print '#',platform.node(),platform.platform()+'\n'

# Opening vnlfile
if processIsMaster(): file = VNLFile('Au-C24Y90-Au00.vnl')

# Scattering elements and coordinates
scattering_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                     Carbon, Carbon, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold,
                     Gold, Gold, Gold, Gold]
scattering_coordinates = [[  0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  1.44179070e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  0.00000000e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [  5.76716280e+00, 0.00000000e+00, 7.06330299e+00],
                        [  4.32537222e+00, 2.49725485e+00, 7.06330299e+00],
                        [  2.88358140e+00, 4.99450970e+00, 7.06330299e+00],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 9.41773796e+00],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 9.41773796e+00],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 9.41773796e+00],
                        [ -5.85307326e-02, 4.93271312e+00, 1.46755547e+01],
                        [  8.65842853e-02, 3.64140299e+00, 1.52806386e+01],
                        [  2.97417477e-01, 2.48507723e+00, 1.44601956e+01],
                        [  3.63135532e-01, 2.62006148e+00, 1.30346686e+01],
                        [  2.18020395e-01, 3.91137167e+00, 1.24295846e+01],
                        [  7.18720297e-03, 5.06769749e+00, 1.32500277e+01],
                        [  9.91211310e-01, 5.82613906e+00, 1.52620492e+01],
                        [  1.74395166e+00, 6.34888419e+00, 1.41720800e+01],
                        [  2.00409339e+00, 5.38814518e+00, 1.20593768e+01],
                        [  1.44179000e+00, 4.16209000e+00, 1.16027401e+01],
                        [  2.33892109e+00, 3.08574214e+00, 1.18567963e+01],
                        [  1.67822281e+00, 2.05818697e+00, 1.25885898e+01],
                        [  2.41360702e+00, 1.74407825e+00, 1.37669187e+01],
                        [  1.57114987e+00, 1.83826002e+00, 1.49111692e+01],
                        [  2.15346529e+00, 2.70481738e+00, 1.58796219e+01],
                        [  1.22764413e+00, 3.72223603e+00, 1.62478991e+01],
                        [  1.81863761e+00, 5.00722047e+00, 1.60822024e+01],
                        [  1.09828426e+00, 6.04606589e+00, 1.29394696e+01],
                        [  3.05568726e+00, 5.62540027e+00, 1.41640448e+01],
                        [  3.10152717e+00, 4.80192873e+00, 1.53364185e+01],
                        [  3.30703397e+00, 3.38878545e+00, 1.52120808e+01],
                        [  3.46670087e+00, 2.79911372e+00, 1.39153695e+01],
                        [  3.42086096e+00, 3.62258520e+00, 1.27429957e+01],
                        [  3.21535416e+00, 5.03572842e+00, 1.28673334e+01],
                        [ -2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  0.00000000e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.33226763e-15, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  1.44179070e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [  2.88358140e+00, 6.65934610e+00, 1.84327380e+01],
                        [  5.76716280e+00, 1.66483653e+00, 1.84327380e+01],
                        [  4.32537222e+00, 4.16209126e+00, 1.84327380e+01],
                        [ -1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  0.00000000e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  1.44179070e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  2.88358140e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01],
                        [  4.32537222e+00, 5.82692766e+00, 2.07871723e+01],
                        [  7.20895386e+00, 8.32418263e-01, 2.07871723e+01],
                        [  5.76716280e+00, 3.32967305e+00, 2.07871723e+01]]*Angstrom
在散射区中没有区分电极和分子，虽然都是一样的散射区，我想问一下怎么样才能设置成散射区电极与分子分开？

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1楼2010-05-27 16:01:21

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kaypu(金币+1): 2010-05-27 19:26:11

没有必要显式标识出散射区哪些原子属于与电极区具有相同周期性的原子，哪些原子属于分子的。

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2楼2010-05-27 19:10:42

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zzy870720z(金币+1):xiexie 2010-05-27 22:25:11
kaypu(金币+2): 2010-05-28 07:34:56

这个是不能自己设置的，软件根据你的实际情况自动判别生成脚本。

这个问题你没必要去深究，分开和在一起是完全一样的，如果你要找某一个原子的话可以通过读原子坐标的方法确定，更简单的办法是在 Atomic Maipulator 里面改变某一个原子（比如把C换成B），然后 show 一下，你改变的原子就会变色，一般大小也会变化，以此确定某一个原子。

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阿什顿联

3楼2010-05-27 22:07:02

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kaypu(金币+2): 2010-05-28 07:35:01

你的第一个脚本是通过表面层延伸加上中心散射区之后生成的吧，然后你再以这个脚本建计算模型的时候拖到 NanoLanguage Scripter
在NanoLanguage Scripter 就会是放到一起的就像后面的形式（因为软件已经把中间的区域做为一个整体看待了）

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阿什顿联

4楼2010-05-27 22:11:57

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kaypu

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Originally posted by 163.com at 2010-05-27 22:07:02:
这个是不能自己设置的，软件根据你的实际情况自动判别生成脚本。

这个问题你没必要去深究，分开和在一起是完全一样的，如果你要找某一个原子的话可以通过读原子坐标的方法确定，更简单的办法是在 Atomic Maip ...

如果是按照第一个脚本的话在上图中选择投影原子数就不一样了，要自己选择勾选后面的第一个后，其实投影的是包括表面层的，这要在左边选择数目，只是投影到分子上，而第二个脚本就不用这样了，我就是想问问怎么样才能做到第一种那样的脚本。我的也是把脚本放到NanoLanguage Scripter 就成了第二个脚本，请问您是怎么做的，非常感谢

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5楼2010-05-28 07:53:09

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