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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】我的这个内坐标怎么没有原子序数
汕头大学海洋科学接受调剂
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Hansongtao

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[交流] 【求助】我的这个内坐标怎么没有原子序数 已有5人参与

我用gaussian view作了一个葡萄糖结构优化的输入文件，如下所示，但现在有个问题就是：起头的原子后面怎么没有它自己的原子序数？

%chk=D:\Doctor_Paper\Calculation3\PUTaoTang\hao\NeiZuoBiao\PUTaoTang_WanZ#1.chk
# opt freq uam1

[No Title]

0 1
C              
C                  1    1.51467361
C                  2    1.50968158    1  108.09858957
C                  3    1.50734883    2  110.94672563    1  -55.24627985    0
O                  4    1.40935927    3  112.96355202    2   52.08462205    0
C                  5    1.40671180    4  115.11851762    3  -52.62410955    0
O                  4    1.41532189    3  113.82806620    2  -64.44600475    0
H                  4    1.11326503    3  111.49599356    2  174.01131481    0
H                  3    1.11585545    2  109.69264085    1   65.44225427    0
O                  3    1.40619604    2  109.06768063    1 -178.24510452    0
O                  2    1.40496164    1  109.70431946    6  177.58301099    0
H                  2    1.11381530    1  111.08475700    6  -64.22755056    0
O                  1    1.40699940    2  107.52914375   11  -61.58508828    0
H                  1    1.11408471   13  107.05215576    2 -119.49911850    0
C                  6    1.52426162    5  107.99607566    4  178.37837226    0
H                  6    1.11613663    5  109.12119698    4  -64.74218189    0
O                 15    1.41466332    6  109.74808945    5   67.07052848    0
H                  7    0.96113530    4  107.09443123    3  159.30081366    0
H                 10    0.96168953    3  107.76230744    2  -49.14667620    0
H                 11    0.96085446    2  108.03719779    1   61.18026192    0
H                 13    0.95918631    1  110.44647078    2  161.59992660    0
H                 15    1.11251241    6  111.88143655    5 -174.67520698    0
H                 15    1.11249267    6  111.75664245    5  -52.41285677    0
H                 17    0.96000678   15  109.83138166    6 -174.14093989    0

[ Last edited by Hansongtao on 2010-5-20 at 09:23 ]
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1楼 2010-05-20 09:21:43
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kekemi_1127

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我做的都没显啊，应该没的问题的
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2楼2010-05-20 11:22:42
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375642546

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+5):辛苦了，谢谢详细解释 2010-05-20 15:36:49
引用回帖:
Originally posted by Hansongtao at 2010-05-20 09:21:43:
我用gaussian view作了一个葡萄糖结构优化的输入文件，如下所示，但现在有个问题就是：起头的原子后面怎么没有它自己的原子序数？

%chk=D:\Doctor_Paper\Calculation3\PUTaoTang\hao\NeiZuoBiao\PUTaoTang_Wan ...

你的内坐标输入没有问题
C（1）              
C（2）            1    1.51467361
C（3）            2    1.50968158    1  108.09858957
C（4）            3    1.50734883    2  110.94672563    1  -55.24627985    0
以下对一些输入的做浅显的解释。为了方便说明，我对原子进行了标号。单位省去不说了。
先解释第二行：2号C与1号C间的距离约为1.5146。
第三行：3号C于2号C间的距离约为1.5097，3号C，2号C，1号C间的夹角约为108.10.
第四行：4号C与3号C间的距离为1.5073，4号C,3号C,2号C间的夹角约为110.95.4号C,3号C,2号C，与1号C间的二面角约为-55.24. 0表示该原子的位置不被冻结。

请高手指点。
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3楼2010-05-20 11:59:29
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼上正解。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2010-05-20 13:45:09
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):人家是新手嘛，可以理解 2010-05-21 08:22:36
输入没问题呀,楼主怎么想的,?

它后面的不是它的原子编号!
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-05-20 22:51:44
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)

牛牛
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 375642546 at 2010-05-20 11:59:29:


你的内坐标输入没有问题
C（1）              
C（2）            1    1.51467361
C（3）            2    1.50968158    1  108.09858957
C（4）            3    1.50734883    2  110.94672563    1  ...

楼上正确
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自信，坚强，勇敢。
6楼2010-05-21 09:40:33
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