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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】我的这个内坐标怎么没有原子序数
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Hansongtao

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[交流] 【求助】我的这个内坐标怎么没有原子序数 已有5人参与

我用gaussian view作了一个葡萄糖结构优化的输入文件，如下所示，但现在有个问题就是：起头的原子后面怎么没有它自己的原子序数？

%chk=D:\Doctor_Paper\Calculation3\PUTaoTang\hao\NeiZuoBiao\PUTaoTang_WanZ#1.chk
# opt freq uam1

[No Title]

0 1
C              
C                  1    1.51467361
C                  2    1.50968158    1  108.09858957
C                  3    1.50734883    2  110.94672563    1  -55.24627985    0
O                  4    1.40935927    3  112.96355202    2   52.08462205    0
C                  5    1.40671180    4  115.11851762    3  -52.62410955    0
O                  4    1.41532189    3  113.82806620    2  -64.44600475    0
H                  4    1.11326503    3  111.49599356    2  174.01131481    0
H                  3    1.11585545    2  109.69264085    1   65.44225427    0
O                  3    1.40619604    2  109.06768063    1 -178.24510452    0
O                  2    1.40496164    1  109.70431946    6  177.58301099    0
H                  2    1.11381530    1  111.08475700    6  -64.22755056    0
O                  1    1.40699940    2  107.52914375   11  -61.58508828    0
H                  1    1.11408471   13  107.05215576    2 -119.49911850    0
C                  6    1.52426162    5  107.99607566    4  178.37837226    0
H                  6    1.11613663    5  109.12119698    4  -64.74218189    0
O                 15    1.41466332    6  109.74808945    5   67.07052848    0
H                  7    0.96113530    4  107.09443123    3  159.30081366    0
H                 10    0.96168953    3  107.76230744    2  -49.14667620    0
H                 11    0.96085446    2  108.03719779    1   61.18026192    0
H                 13    0.95918631    1  110.44647078    2  161.59992660    0
H                 15    1.11251241    6  111.88143655    5 -174.67520698    0
H                 15    1.11249267    6  111.75664245    5  -52.41285677    0
H                 17    0.96000678   15  109.83138166    6 -174.14093989    0

[ Last edited by Hansongtao on 2010-5-20 at 09:23 ]
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1楼 2010-05-20 09:21:43
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375642546

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+5):辛苦了，谢谢详细解释 2010-05-20 15:36:49
引用回帖:
Originally posted by Hansongtao at 2010-05-20 09:21:43:
我用gaussian view作了一个葡萄糖结构优化的输入文件，如下所示，但现在有个问题就是：起头的原子后面怎么没有它自己的原子序数？

%chk=D:\Doctor_Paper\Calculation3\PUTaoTang\hao\NeiZuoBiao\PUTaoTang_Wan ...

你的内坐标输入没有问题
C（1）              
C（2）            1    1.51467361
C（3）            2    1.50968158    1  108.09858957
C（4）            3    1.50734883    2  110.94672563    1  -55.24627985    0
以下对一些输入的做浅显的解释。为了方便说明，我对原子进行了标号。单位省去不说了。
先解释第二行：2号C与1号C间的距离约为1.5146。
第三行：3号C于2号C间的距离约为1.5097，3号C，2号C，1号C间的夹角约为108.10.
第四行：4号C与3号C间的距离为1.5073，4号C,3号C,2号C间的夹角约为110.95.4号C,3号C,2号C，与1号C间的二面角约为-55.24. 0表示该原子的位置不被冻结。

请高手指点。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-05-20 11:59:29
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kekemi_1127

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我做的都没显啊，应该没的问题的
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2楼2010-05-20 11:22:42
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):人家是新手嘛，可以理解 2010-05-21 08:22:36
输入没问题呀,楼主怎么想的,?

它后面的不是它的原子编号!
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-05-20 22:51:44
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)

牛牛
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 375642546 at 2010-05-20 11:59:29:


你的内坐标输入没有问题
C（1）              
C（2）            1    1.51467361
C（3）            2    1.50968158    1  108.09858957
C（4）            3    1.50734883    2  110.94672563    1  ...

楼上正确
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自信，坚强，勇敢。
6楼2010-05-21 09:40:33
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