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【求助】我的这个内坐标怎么没有原子序数 已有5人参与
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我用gaussian view作了一个葡萄糖结构优化的输入文件，如下所示，但现在有个问题就是：起头的原子后面怎么没有它自己的原子序数？ %chk=D:\Doctor_Paper\Calculation3\PUTaoTang\hao\NeiZuoBiao\PUTaoTang_WanZ#1.chk # opt freq uam1 [No Title] 0 1 C C 1 1.51467361 C 2 1.50968158 1 108.09858957 C 3 1.50734883 2 110.94672563 1 -55.24627985 0 O 4 1.40935927 3 112.96355202 2 52.08462205 0 C 5 1.40671180 4 115.11851762 3 -52.62410955 0 O 4 1.41532189 3 113.82806620 2 -64.44600475 0 H 4 1.11326503 3 111.49599356 2 174.01131481 0 H 3 1.11585545 2 109.69264085 1 65.44225427 0 O 3 1.40619604 2 109.06768063 1 -178.24510452 0 O 2 1.40496164 1 109.70431946 6 177.58301099 0 H 2 1.11381530 1 111.08475700 6 -64.22755056 0 O 1 1.40699940 2 107.52914375 11 -61.58508828 0 H 1 1.11408471 13 107.05215576 2 -119.49911850 0 C 6 1.52426162 5 107.99607566 4 178.37837226 0 H 6 1.11613663 5 109.12119698 4 -64.74218189 0 O 15 1.41466332 6 109.74808945 5 67.07052848 0 H 7 0.96113530 4 107.09443123 3 159.30081366 0 H 10 0.96168953 3 107.76230744 2 -49.14667620 0 H 11 0.96085446 2 108.03719779 1 61.18026192 0 H 13 0.95918631 1 110.44647078 2 161.59992660 0 H 15 1.11251241 6 111.88143655 5 -174.67520698 0 H 15 1.11249267 6 111.75664245 5 -52.41285677 0 H 17 0.96000678 15 109.83138166 6 -174.14093989 0 [ Last edited by Hansongtao on 2010-5-20 at 09:23 ] |
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2楼2010-05-20 11:22:42
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aylayl08(金币+5):辛苦了，谢谢详细解释 2010-05-20 15:36:49
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你的内坐标输入没有问题 C（1） C（2） 1 1.51467361 C（3） 2 1.50968158 1 108.09858957 C（4） 3 1.50734883 2 110.94672563 1 -55.24627985 0 以下对一些输入的做浅显的解释。为了方便说明，我对原子进行了标号。单位省去不说了。 先解释第二行：2号C与1号C间的距离约为1.5146。 第三行：3号C于2号C间的距离约为1.5097，3号C，2号C，1号C间的夹角约为108.10. 第四行：4号C与3号C间的距离为1.5073，4号C,3号C,2号C间的夹角约为110.95.4号C,3号C,2号C，与1号C间的二面角约为-55.24. 0表示该原子的位置不被冻结。 请高手指点。  |
3楼2010-05-20 11:59:29
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