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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】求助高手一个做过渡态输入文件的问题
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logsh

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助高手一个做过渡态输入文件的问题 已有2人参与

小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
%mem=25MW
%nproc=1
# opt=(gdiis,ts,CalcFC,noeigentest) freq b3lyp/6-311g pop=nbo geom=connectivity scfcyc=200


1 1
C
C                  1              1.40687800
C                  2              1.39608081    1              118.52516535
C                  3              1.39597659    2              118.77921539    1              -0.01128545
C                  4              1.40696295    3              118.50535494    2              0.00427100
N                  1              1.34720531    2              123.48284293    3              0.01004529
H                  3              1.34720531    2              107.47033776    1              122.12660274
H                  1              1.07000000    6              115.72000132    5              -180.00000000
H                  2              1.09742843    1              120.36345553    6              179.99407098
H                  4              1.09743617    3              121.13280189    2              -179.99438108
H                  5              1.10465832    4              120.79346599    3              179.99333106
N                  3              r             2              107.47033776    1              -122.14917364
O                 12              1.19934100    3              118.39341732    2              -23.43000000
O                 12              1.19933680    3              118.39269247    2              156.56994088
   
r 2.2 s 10 -0.05

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 1.5 9 1.0
3 4 1.5 7 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6
7
8
9
10
11
12 13 2.0 14 2.0
13
14



我是先用GaussianView画出结构，自己改的内坐标


放入高斯中能跑，在计算的结果中也没有发现说有列出键长与能量的表的

麻烦诸位了
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1楼 2010-05-19 19:38:00
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)
★
logsh(金币+5): 2010-05-19 22:48:51
aylayl08(金币+1):谢谢 2010-05-21 08:18:24
引用回帖:
Originally posted by logsh at 2010-05-19 19:38:00:
小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
%mem=25MW
%nproc=1
# opt=(g ...

改正如下：
1加上Opt=Z-matrix关键字
2分子坐标全换成符号化的内坐标形式
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-05-19 22:02:13
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logsh

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 467266420 at 2010-05-19 22:02:13:

改正如下：
1加上Opt=Z-matrix关键字
2分子坐标全换成符号化的内坐标形式

劳烦，请问是这样加吗？

opt=(Z-matrix，gdiis,ts,CalcFC,noeigentest)

还有，请问什么是符号化内坐标呢？
麻烦你了
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3楼2010-05-19 22:50:27
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢提示 2010-05-21 08:18:34
logsh(金币+20): 2010-05-21 22:00:29
引用回帖:
Originally posted by logsh at 2010-05-19 22:50:27:

劳烦，请问是这样加吗？

opt=(Z-matrix，gdiis,ts,CalcFC,noeigentest)

还有，请问什么是符号化内坐标呢？
麻烦你了

对头。

符号化内坐标以水分子为例

0 1
o
h,1,B1
h,1,B2,2,A1

B1 0.96
B2 0.96
A1 104.5
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-20 19:33:26
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logsh

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 467266420 at 2010-05-20 19:33:26:

对头。

符号化内坐标以水分子为例

0 1
o
h,1,B1
h,1,B2,2,A1

B1 0.96
B2 0.96
A1 104.5

谢谢您的指点，我想请教一下，我是想用扫面的方式寻找过渡态的，请问我设定的r放在哪里呢？麻烦您了
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5楼2010-05-21 22:01:47
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-05-23 09:37:44
引用回帖:
Originally posted by logsh at 2010-05-21 22:01:47:


谢谢您的指点，我想请教一下，我是想用扫面的方式寻找过渡态的，请问我设定的r放在哪里呢？麻烦您了

根据你的描述你是扫描N-C键
你可以写成
N  3   Bn 。 。。。

Bn  1.46320  s 20  0.05

各人觉得你原来的坐标如果全都符号化了，也是可以的，只是到2.2为止，是不是扫描距离太短了。
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6楼2010-05-22 09:08:04
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logsh

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 467266420 at 2010-05-22 09:08:04:



根据你的描述你是扫描N-C键
你可以写成
N  3   Bn 。 。。。

Bn  1.46320  s 20  0.05

各人觉得你原来的坐标如果全都符号化了，也是可以的，只是到2.2为止，是不是扫描距离太短了。

呵呵，太感谢您了
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7楼2010-05-22 19:04:02
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