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logsh

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】求助高手一个做过渡态输入文件的问题已有2人参与

小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
%mem=25MW
%nproc=1
# opt=(gdiis,ts,CalcFC,noeigentest) freq b3lyp/6-311g pop=nbo geom=connectivity scfcyc=200

1 1
C
C                1             1.40687800
C                2             1.39608081 1             118.52516535
C                3             1.39597659 2             118.77921539 1             -0.01128545
C                4             1.40696295 3             118.50535494 2             0.00427100
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r 2.2 s 10 -0.05

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 1.5 9 1.0
3 4 1.5 7 1.0
4 5 1.5 10 1.0
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我是先用GaussianView画出结构，自己改的内坐标

放入高斯中能跑，在计算的结果中也没有发现说有列出键长与能量的表的

麻烦诸位了

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1楼2010-05-19 19:38:00

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467266420

铁杆木虫 (著名写手)

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★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢提示 2010-05-21 08:18:34
logsh(金币+20): 2010-05-21 22:00:29

引用回帖:

Originally posted by logsh at 2010-05-19 22:50:27:

劳烦，请问是这样加吗？

opt=(Z-matrix，gdiis,ts,CalcFC,noeigentest)

还有，请问什么是符号化内坐标呢？
麻烦你了

对头。

符号化内坐标以水分子为例

0 1
o
h,1,B1
h,1,B2,2,A1

B1 0.96
B2 0.96
A1 104.5

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4楼2010-05-20 19:33:26

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铁杆木虫 (著名写手)

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logsh(金币+5): 2010-05-19 22:48:51
aylayl08(金币+1):谢谢 2010-05-21 08:18:24

引用回帖:

Originally posted by logsh at 2010-05-19 19:38:00:
小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
%mem=25MW
%nproc=1
# opt=(g ...

改正如下：
1加上Opt=Z-matrix关键字
2分子坐标全换成符号化的内坐标形式

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2楼2010-05-19 22:02:13

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