应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】对RDF的理解及其分析步骤
161/2返回列表12下一页
查看: 4615  |  回复: 15
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

[交流] 【求助】对RDF的理解及其分析步骤已有3人参与

有几个问题请各位指教一下：

1。径向分布函数(Radial distribution function) 与对分布函数(pair distribution function)的区别与联系。。各自的用途。
看到过关于两者分析的文献，具体看不出有太大的意义区别

2。在MS的Discover模块-Analysis工具中该如何分析RDF或PDF
该对跑完MD的轨迹文件.xtd做分析吗？做分析前还需要做哪些设置，如edit sets等
还有别的那些需要注意的，等。（我做的是小分子在分子筛中的扩散）

请高手介绍一下具体的分析步骤。

一点BB聊表谢意！

[ Last edited by guosy1999 on 2010-5-13 at 17:27 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

径向分布函数 分子模拟 ms扩散模拟相关问题

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
1楼2010-05-13 17:23:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by freer007 at 2010-05-13 22:16:18:
1.pdf和rdf应该是有区别的，但文献中经常将二者混淆，所以我也搞不清楚。
2.MS的Discover模块-Analysis可以分析pdf。不一定需要轨迹文件.xtd，只需要体系的结构文件.xsd，设置好sets，就可以分析了。

我想知道edit sets时，该怎样设置。因为体系里有很多个分子，我是把所有小分子设置为一个set还是只用设置一个分子
这样分析出来的结果它的中心原子时分子筛晶胞的几何中心还是别的？
我看到有的径向分布函数有g(OO), g(OH),g(HH)等，是如何分析的？
谢谢。。
赞一下(1人) 回复此楼
少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
3楼2010-05-14 09:03:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

freer007

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):多谢指导 2010-05-13 22:30:37
guosy1999(金币+8):谢谢 2010-05-14 08:55:03
1.pdf和rdf应该是有区别的，但文献中经常将二者混淆，所以我也搞不清楚。
2.MS的Discover模块-Analysis可以分析pdf。不一定需要轨迹文件.xtd，只需要体系的结构文件.xsd，设置好sets，就可以分析了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-05-13 22:16:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

freer007

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3):感谢指导 2010-05-14 10:53:30
guosy1999(金币+10):3Q 2010-05-17 09:00:19
引用回帖:
Originally posted by guosy1999 at 2010-05-14 09:03:56:

我想知道edit sets时，该怎样设置。因为体系里有很多个分子，我是把所有小分子设置为一个set还是只用设置一个分子
这样分析出来的结果它的中心原子时分子筛晶胞的几何中心还是别的？
我看到有的径向分布函数有 ...

应该是选择原子种类来设置set，pdf是一个统计概念，所以无所谓中心原子。
g(OH)的计算方法是分别设置set O和Set H，然后分析，分析时需要勾选intra
附Set设置的两种方法，二者不同之处在与set中原子的选择
其一，直接选择原子；
其二，edit>Atom selection对话框，在select by property下拉选项里设置element，在下面选择is，后面选需要设置的元素，然后点最下面的select。
最后，edit>Edit Sets，在对话框中点New，设置name，OK。
Sets设置完之后，在Forcite/Discover模块用Analysis来分析即可。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-14 09:51:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by freer007 at 2010-05-14 09:51:35:

应该是选择原子种类来设置set，pdf是一个统计概念，所以无所谓中心原子。
g(OH)的计算方法是分别设置set O和Set H，然后分析，分析时需要勾选intra
附Set设置的两种方法，二者不同之处在与set中原子的选择
其 ...

还有几个问题：
1。 在.xtd轨迹文件和.xsd结构文件上做RDF有什么区别，如果要研究某条件下小分子在分子筛中的相互作用及成键情况，该对那个文件做RDF
2。 体系内分子数越多，g(r)越弱吗
3。 我对g(r)做H(adsorbate)-O(adsorbate & zeolite)研究的是小分子自身成键情况以及小分子和分子筛间的相互作用吗
4。 为什么我在一定分子数一定温度时得到的RDF总是呈一种不稳定的曲线（见附件）。是不是计算RDF前需对结构做某种处理
5。 在Discover--Analysis对话框中没有勾选intra这个选项啊，所以每次出来的都是9条曲线。。


谢谢各位！
赞一下 回复此楼
少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
5楼2010-05-17 16:53:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pumf

木虫 (正式写手)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-21 10:20:35
guosy1999(金币+2): 2010-05-23 20:06:35
我最近也在为分析rdf头疼，我得到的曲线比你的还差，具体见附件。一般像你的图形那样的才可以，我的怎么会出现这种情况，请教高手来分析。我至今也没搞清楚，在分析的时候是对轨迹文件中的一帧动画进行还是对所有的保存的帧数都分析，但是又不知道如何把所有的都分析。
谢谢。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-05-21 09:25:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pumf

木虫 (正式写手)
★ ★
gavinliu7390(金币+2):谢谢参与！ 2010-05-21 10:20:47
刚才忘了传图片了。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-05-21 09:26:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
★
wuli8(金币+1):感谢交流 2010-05-23 21:00:15
引用回帖:
Originally posted by pumf at 2010-05-21 09:25:44:
我最近也在为分析rdf头疼，我得到的曲线比你的还差，具体见附件。一般像你的图形那样的才可以，我的怎么会出现这种情况，请教高手来分析。我至今也没搞清楚，在分析的时候是对轨迹文件中的一帧动画进行还是对所有 ...

要对所有轨迹分析的话只需要打开轨迹.xtd文件，勾选成RDF分析对话框的“当前结构”下面一个选项即可。
分析的时候貌似只需要看第8个g(r),即g(r)inter a-b
这才是a和b之间的相互作用，其他的都不用看的
理论上看别人的都是只有两个峰然后就趋于平衡1的，而我的却看似均相体系，明显不对啊。。唉
赞一下(1人) 回复此楼
少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
8楼2010-05-23 09:10:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pumf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by guosy1999 at 2010-05-23 09:10:46:

要对所有轨迹分析的话只需要打开轨迹.xtd文件，勾选成RDF分析对话框的“当前结构”下面一个选项即可。
分析的时候貌似只需要看第8个g(r),即g(r)inter a-b
这才是a和b之间的相互作用，其他的都不用看的
理论上 ...

多谢。但是我看你的图的纵坐标最多也只是1.5，而我的怎么会有几百这么大啊？我看你的图像是用excel重新作的，我是直接从MS导出的。你说的当前结构是哪个选项啊？呵呵，小弟初学，请多多指教啊，不胜感谢！
赞一下 回复此楼
9楼2010-05-25 10:30:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bianwenbo

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1114995楼: Originally posted by pumf at 2010-05-25 10:30:15:
多谢。但是我看你的图的纵坐标最多也只是1.5，而我的怎么会有几百这么大啊？我看你的图像是用excel重新作的，我是直接从MS导出的。你说的当前结构是哪个选项啊？呵呵，小弟初学，请多多指教啊，不胜感谢！

感觉是出现了聚集体的现象。
赞一下 回复此楼
如果你因错过太阳而哭泣，你也将错过群星。
10楼2012-05-01 12:37:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 guosy1999 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭