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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

[交流] 【求助】对RDF的理解及其分析步骤 已有3人参与

有几个问题请各位指教一下:

1。径向分布函数(Radial distribution function) 与对分布函数(pair distribution function)的区别与联系。。各自的用途。
看到过关于两者分析的文献,具体看不出有太大的意义区别

2。在MS的Discover模块-Analysis工具中该如何分析RDF或PDF
该对跑完MD的轨迹文件.xtd做分析吗?做分析前还需要做哪些设置,如edit sets等
还有别的那些需要注意的,等。(我做的是小分子在分子筛中的扩散)

请高手介绍一下具体的分析步骤。

一点BB聊表谢意!

[ Last edited by guosy1999 on 2010-5-13 at 17:27 ]
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少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
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pumf

木虫 (正式写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-05-21 10:20:35
guosy1999(金币+2): 2010-05-23 20:06:35
我最近也在为分析rdf头疼,我得到的曲线比你的还差,具体见附件。一般像你的图形那样的才可以,我的怎么会出现这种情况,请教高手来分析。我至今也没搞清楚,在分析的时候是对轨迹文件中的一帧动画进行还是对所有的保存的帧数都分析,但是又不知道如何把所有的都分析。
谢谢。
6楼2010-05-21 09:25:44
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pumf

木虫 (正式写手)

★ ★
gavinliu7390(金币+2):谢谢参与! 2010-05-21 10:20:47
刚才忘了传图片了。
7楼2010-05-21 09:26:13
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pumf

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by guosy1999 at 2010-05-23 09:10:46:

要对所有轨迹分析的话只需要打开轨迹.xtd文件,勾选成RDF分析对话框的“当前结构”下面一个选项即可。
分析的时候貌似只需要看第8个g(r),即g(r)inter a-b
这才是a和b之间的相互作用,其他的都不用看的
理论上 ...

多谢。但是我看你的图的纵坐标最多也只是1.5,而我的怎么会有几百这么大啊?我看你的图像是用excel重新作的,我是直接从MS导出的。你说的当前结构是哪个选项啊?呵呵,小弟初学,请多多指教啊,不胜感谢!
9楼2010-05-25 10:30:15
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