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guosy1999木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】对RDF的理解及其分析步骤 已有3人参与
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有几个问题请各位指教一下： 1。径向分布函数(Radial distribution function) 与对分布函数(pair distribution function)的区别与联系。。各自的用途。 看到过关于两者分析的文献，具体看不出有太大的意义区别 2。在MS的Discover模块-Analysis工具中该如何分析RDF或PDF 该对跑完MD的轨迹文件.xtd做分析吗？做分析前还需要做哪些设置，如edit sets等 还有别的那些需要注意的，等。（我做的是小分子在分子筛中的扩散） 请高手介绍一下具体的分析步骤。 一点BB聊表谢意！  [ Last edited by guosy1999 on 2010-5-13 at 17:27 ] |
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 径向分布函数 | 分子模拟 | ms扩散模拟相关问题 |
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guosy1999
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3楼2010-05-14 09:03:56
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2楼2010-05-13 22:16:18
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zzy870720z(金币+3):感谢指导 2010-05-14 10:53:30
guosy1999(金币+10):3Q 2010-05-17 09:00:19
zzy870720z(金币+3):感谢指导 2010-05-14 10:53:30
guosy1999(金币+10):3Q 2010-05-17 09:00:19
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应该是选择原子种类来设置set，pdf是一个统计概念，所以无所谓中心原子。 g(OH)的计算方法是分别设置set O和Set H，然后分析，分析时需要勾选intra 附Set设置的两种方法，二者不同之处在与set中原子的选择 其一，直接选择原子； 其二，edit>Atom selection对话框，在select by property下拉选项里设置element，在下面选择is，后面选需要设置的元素，然后点最下面的select。 最后，edit>Edit Sets，在对话框中点New，设置name，OK。 Sets设置完之后，在Forcite/Discover模块用Analysis来分析即可。 |
4楼2010-05-14 09:51:35
guosy1999
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还有几个问题： 1。 在.xtd轨迹文件和.xsd结构文件上做RDF有什么区别，如果要研究某条件下小分子在分子筛中的相互作用及成键情况，该对那个文件做RDF 2。 体系内分子数越多，g(r)越弱吗 3。 我对g(r)做H(adsorbate)-O(adsorbate & zeolite)研究的是小分子自身成键情况以及小分子和分子筛间的相互作用吗 4。 为什么我在一定分子数一定温度时得到的RDF总是呈一种不稳定的曲线（见附件）。是不是计算RDF前需对结构做某种处理 5。 在Discover--Analysis对话框中没有勾选intra这个选项啊，所以每次出来的都是9条曲线。。  谢谢各位！ |
5楼2010-05-17 16:53:53
pumf
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6楼2010-05-21 09:25:44
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guosy1999
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8楼2010-05-23 09:10:46
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