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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】对RDF的理解及其分析步骤
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

[交流] 【求助】对RDF的理解及其分析步骤 已有3人参与

有几个问题请各位指教一下：

1。径向分布函数(Radial distribution function) 与对分布函数(pair distribution function)的区别与联系。。各自的用途。
看到过关于两者分析的文献，具体看不出有太大的意义区别

2。在MS的Discover模块-Analysis工具中该如何分析RDF或PDF
该对跑完MD的轨迹文件.xtd做分析吗？做分析前还需要做哪些设置，如edit sets等
还有别的那些需要注意的，等。（我做的是小分子在分子筛中的扩散）

请高手介绍一下具体的分析步骤。

一点BB聊表谢意！

[ Last edited by guosy1999 on 2010-5-13 at 17:27 ]
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
1楼 2010-05-13 17:23:18
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by freer007 at 2010-05-13 22:16:18:
1.pdf和rdf应该是有区别的，但文献中经常将二者混淆，所以我也搞不清楚。
2.MS的Discover模块-Analysis可以分析pdf。不一定需要轨迹文件.xtd，只需要体系的结构文件.xsd，设置好sets，就可以分析了。

我想知道edit sets时，该怎样设置。因为体系里有很多个分子，我是把所有小分子设置为一个set还是只用设置一个分子
这样分析出来的结果它的中心原子时分子筛晶胞的几何中心还是别的？
我看到有的径向分布函数有g(OO), g(OH),g(HH)等，是如何分析的？
谢谢。。
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
3楼2010-05-14 09:03:56
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freer007

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):多谢指导 2010-05-13 22:30:37
guosy1999(金币+8):谢谢 2010-05-14 08:55:03
1.pdf和rdf应该是有区别的，但文献中经常将二者混淆，所以我也搞不清楚。
2.MS的Discover模块-Analysis可以分析pdf。不一定需要轨迹文件.xtd，只需要体系的结构文件.xsd，设置好sets，就可以分析了。
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2楼2010-05-13 22:16:18
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freer007

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3):感谢指导 2010-05-14 10:53:30
guosy1999(金币+10):3Q 2010-05-17 09:00:19
引用回帖:
Originally posted by guosy1999 at 2010-05-14 09:03:56:

我想知道edit sets时，该怎样设置。因为体系里有很多个分子，我是把所有小分子设置为一个set还是只用设置一个分子
这样分析出来的结果它的中心原子时分子筛晶胞的几何中心还是别的？
我看到有的径向分布函数有 ...

应该是选择原子种类来设置set，pdf是一个统计概念，所以无所谓中心原子。
g(OH)的计算方法是分别设置set O和Set H，然后分析，分析时需要勾选intra
附Set设置的两种方法，二者不同之处在与set中原子的选择
其一，直接选择原子；
其二，edit>Atom selection对话框，在select by property下拉选项里设置element，在下面选择is，后面选需要设置的元素，然后点最下面的select。
最后，edit>Edit Sets，在对话框中点New，设置name，OK。
Sets设置完之后，在Forcite/Discover模块用Analysis来分析即可。
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4楼2010-05-14 09:51:35
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
引用回帖:
Originally posted by freer007 at 2010-05-14 09:51:35:

应该是选择原子种类来设置set，pdf是一个统计概念，所以无所谓中心原子。
g(OH)的计算方法是分别设置set O和Set H，然后分析，分析时需要勾选intra
附Set设置的两种方法，二者不同之处在与set中原子的选择
其 ...

还有几个问题：
1。 在.xtd轨迹文件和.xsd结构文件上做RDF有什么区别，如果要研究某条件下小分子在分子筛中的相互作用及成键情况，该对那个文件做RDF
2。 体系内分子数越多，g(r)越弱吗
3。 我对g(r)做H(adsorbate)-O(adsorbate & zeolite)研究的是小分子自身成键情况以及小分子和分子筛间的相互作用吗
4。 为什么我在一定分子数一定温度时得到的RDF总是呈一种不稳定的曲线（见附件）。是不是计算RDF前需对结构做某种处理
5。 在Discover--Analysis对话框中没有勾选intra这个选项啊，所以每次出来的都是9条曲线。。


谢谢各位！
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
5楼2010-05-17 16:53:53
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