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【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么 已有6人参与
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the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差,近期看了篇蛋白质进入碳纳米管的文章,里面有一个蛋白质的rmsd示意图,用的软件是namd,![]() 我想问一下,这里的均方根差代表的物理图像是什么啊,指的是蛋白质质心运动对蛋白质质心坐标平均值的离散度,还是各蛋白质残基坐标对质心的坐标离散度啊? 谢谢参与和指点啊 |
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amber | gromacs |
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yalefield
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574384607(金币+2):非常感谢非常感谢啊 2010-05-13 08:55:36
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-05-13 09:39:05
574384607(金币+2):非常感谢非常感谢啊 2010-05-13 08:55:36
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-05-13 09:39:05
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yalefield
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
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简单地说,就是蛋白质上的原子们,在各个时间上的位置的变化情况。 原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置,得到原子i的位置变化 计算其平方 ..... 把多个原子(i=1...N)的这个平方,都加起来 除以原子数,得到所谓“均方” 开方 搞成平方,是为了避免出现负值 再开方,是为了得到长度的量纲 一种简单的小技巧而已 你也可以自己发明类似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2楼2010-05-12 12:04:17
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qzhaosdu
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