| 查看: 5065 | 回复: 8 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么 已有6人参与
|
|||||
the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差，近期看了篇蛋白质进入碳纳米管的文章，里面有一个蛋白质的rmsd示意图，用的软件是namd， 我想问一下，这里的均方根差代表的物理图像是什么啊，指的是蛋白质质心运动对蛋白质质心坐标平均值的离散度，还是各蛋白质残基坐标对质心的坐标离散度啊？ 谢谢参与和指点啊 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber | gromacs |
» 猜你喜欢
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有7人回复
-
304求调剂
已经有14人回复
-
一志愿211，化学310分，本科重点双非，求调剂
已经有4人回复
-
293调剂
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有8人回复
-
307求调剂
已经有14人回复
-
283分求调剂
已经有14人回复
-
一志愿211，0703化学305分求调剂
已经有16人回复
-
环境专硕调剂
已经有13人回复
-
338求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 模拟EPI: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
★ ★ ★ ★
574384607(金币+2):非常感谢非常感谢啊 2010-05-13 08:55:36
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-05-13 09:39:05
574384607(金币+2):非常感谢非常感谢啊 2010-05-13 08:55:36
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-05-13 09:39:05
6楼2010-05-13 00:35:37
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 模拟EPI: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
|
简单地说，就是蛋白质上的原子们，在各个时间上的位置的变化情况。 原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置，得到原子i的位置变化 计算其平方 ..... 把多个原子(i=1...N)的这个平方，都加起来 除以原子数，得到所谓“均方” 开方 搞成平方，是为了避免出现负值 再开方，是为了得到长度的量纲 一种简单的小技巧而已 你也可以自己发明类似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2楼2010-05-12 12:04:17
3楼2010-05-12 15:44:03
qzhaosdu
金虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1401.6
- 散金: 2052
- 红花: 7
- 帖子: 1969
- 在线: 263.5小时
- 虫号: 493351
- 注册: 2008-01-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2010-05-12 21:18:28
5