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【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么 已有6人参与
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the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差，近期看了篇蛋白质进入碳纳米管的文章，里面有一个蛋白质的rmsd示意图，用的软件是namd， 我想问一下，这里的均方根差代表的物理图像是什么啊，指的是蛋白质质心运动对蛋白质质心坐标平均值的离散度，还是各蛋白质残基坐标对质心的坐标离散度啊？ 谢谢参与和指点啊 |
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 amber | gromacs |
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yalefield
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yalefield
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简单地说，就是蛋白质上的原子们，在各个时间上的位置的变化情况。 原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置，得到原子i的位置变化 计算其平方 ..... 把多个原子(i=1...N)的这个平方，都加起来 除以原子数，得到所谓“均方” 开方 搞成平方，是为了避免出现负值 再开方，是为了得到长度的量纲 一种简单的小技巧而已 你也可以自己发明类似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2楼2010-05-12 12:04:17
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qzhaosdu
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