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【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么已有6人参与
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the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差，近期看了篇蛋白质进入碳纳米管的文章，里面有一个蛋白质的rmsd示意图，用的软件是namd， 我想问一下，这里的均方根差代表的物理图像是什么啊，指的是蛋白质质心运动对蛋白质质心坐标平均值的离散度，还是各蛋白质残基坐标对质心的坐标离散度啊？ 谢谢参与和指点啊 |
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 amber | gromacs |
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3楼2010-05-12 15:44:03
yalefield
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-12 13:19:35
574384607(金币+3): 2010-05-12 15:37:03
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简单地说，就是蛋白质上的原子们，在各个时间上的位置的变化情况。 原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置，得到原子i的位置变化 计算其平方 ..... 把多个原子(i=1...N)的这个平方，都加起来 除以原子数，得到所谓“均方” 开方 搞成平方，是为了避免出现负值 再开方，是为了得到长度的量纲 一种简单的小技巧而已 你也可以自己发明类似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2楼2010-05-12 12:04:17
qzhaosdu
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4楼2010-05-12 21:18:28
yalefield
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袁曙光的博客
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-13 09:38:57
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-05-13 09:38:57
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http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=277393 ---> 用来表是蛋白质结构之间差异的参数是两个结构之间原子位置的 RMSD。 ---> 计算RMSD时，可以针对目标蛋白质(如: 所有的原子、骨干部份或只考虑 alpha 碳原子等等)。不同的标准，计算RMSD的数值会有所差异。 ---> RMSD 距离函数，以一个结构中的原子与另外一个结构中对应原子为计算标的，因此，如果两个分子在座标系统中以不同的位置开始计算，那么不管其结构是否相似，这两者之间的 RMSD 必定相当大。也因为这样，我们为了要计算有意义的 RMSD ，两者的结构要尽可能的重叠。 对于docking而言，如果有reference ligand，一般不需要额外的重叠，否则会有伪造数据之嫌。 ---> 可以通过计算 RMSD 来当作评估蛋白质结构的可信度: 在模拟过程中，分子会不断的发生变化，而对于我们而言，必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析，这样才比较有意义。 对于序列和长度不同的蛋白结构，比较RMSD似乎意义不大。 对于存在序列和长度差异的蛋白，首先我们不知道软件本身在计算RMSD的时候究竟采用了何种计算方法：所有原子？骨架部分？还是CA？这样就很难给我们一个明确的概念。 另外，对于长短不一的蛋白，软件首先会对序列进行比较，本身比对的方法不同，显然会给后面的结果带来影响。 对于长短不一的蛋白，软件究竟取多少残基作为计算RMSD的对象，我们也无从知道。 所以，对于不是同一个蛋白的RMSD的计算，其中的不确定性比较多，计算出来的结果只能作为参考，给我们一个大概的概念。 |
5楼2010-05-13 00:22:35