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银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质的RMSD均方根差指的是什么 已有6人参与

the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差,近期看了篇蛋白质进入碳纳米管的文章,里面有一个蛋白质的rmsd示意图,用的软件是namd,
我想问一下,这里的均方根差代表的物理图像是什么啊,指的是蛋白质质心运动对蛋白质质心坐标平均值的离散度,还是各蛋白质残基坐标对质心的坐标离散度啊?
谢谢参与和指点啊
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银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-05-12 12:04:17:
简单地说,就是蛋白质上的原子们,在各个时间上的位置的变化情况。

原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置,得到原子i的位置变化

计算其平方
.....

把多个原子(i=1...N)的这个平方,都加起来

除以原 ...

这里面的xi-x,x在我以前的理解中好像是平均值啊,你这里说的是原子i在t1时的位置 - 原子i在t2时的位置,这么说在一般情况下取得时间间隔越大,rmsd不是越大吗,我刚开始接触,理解还不深
3楼2010-05-12 15:44:03
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