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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】ITS测序
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xclj369ouc

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】ITS测序 已有13人参与

请教大家谁有测过ITS序列？
是直接PCR产物测序的，还是克隆测序的啊？
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1楼 2010-05-09 12:11:09
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):欢迎多多交流~~ 2010-06-23 09:23:39
引用回帖:
Originally posted by 陈思容 at 2010-05-10 12:34:05:

请问1000bp左右的PCR产物可直接测序，那么比较大的学列2000-7000bp的也可以P完后直接测吗

首先1kb可能一个反应测不完，可能要依据第一个反应之后的序列来重新设计引物测序，这个是测序公司负责的，送测序时说好是测通就行。2-7kb肯定是要多个反应才能测通的，我没有送过这么长的PCR产物去测序，所以不知道，以下说一下我的看法，不一定对。

我送过柯斯质粒去测序，是3kb的载体与3.5kb的外源序列连接的产物，转化宿主后将宿主邮寄。测序公司可以培养宿主来提取质粒作为模板，只要提取质粒足够多，模板的量就可以保证。7kb的长度要测7-9个反应才能测通，所以可能可以直接测序，但要提供足够多的PCR产物才能测完，这个问一下测序公司怎么操作的就能得到很明确的答复。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
13楼2010-05-10 12:52:09
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
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amisking(金币+2):招版主！ 2010-05-09 13:34:26
我PCR产物不纯化就送去测序，测过超过20条序列。不过最好不要有干扰测序公司纯化的杂带，量也要达到他们的要求。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2010-05-09 13:17:17
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nklyw

木虫 (正式写手)
两者都行吧  不过送测之前要纯化的
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3楼2010-05-09 13:23:57
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long5lizi

新虫 (初入文坛)
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1949stone(金币+2):谢谢交流 2010-05-09 17:33:28
我们一般是PCR以后再去测序的。
    无论是哪种方法得到的序列，在自动测序仪上都具有测序引物与模板的识别、结合过程，使得靠近引物端的碱基测序信号弱，不易读出。对于克隆测序，读不出的是部分载体序列，而直接测序读不出的是ITS片段的部分序列，所以前者所得序列的更符合ITS全长。
    但直接测序要快速方便，而克隆测序费时费力
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4楼2010-05-09 14:41:41
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