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meimeinn

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】并行计算问题 已有5人参与

在服务器上计算的时候,有时CPU利用率非常低,都在10%以下,输出文件可以看到一个关于K点并行计算的警告(如下),但是去帮助里看了半天也不知道怎么改,哪位帮帮忙,谢谢了。
nkpt*nsppol is not a multiple of nproc_kpt
  The k-point parallelisation is not efficient.
invars1: mkmem  undefined in the input file. Use default mkmem  = nkpt
invars1: With nkpt_me=    2 and mkmem  =    10, ground state wf handled in core.
Resetting mkmem  to nkpt_me to save memory space.
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zzy870720z

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aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-05-07 18:20:11
好像是太耗内存了,机器内存不足,最有一句提醒你要节省内存
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-05-07 17:45:04
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meimeinn

银虫 (小有名气)

那我该怎么修改输入文件呢?
3楼2010-05-07 18:16:45
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zzy870720z

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gavinliu7390(金币+2):感谢交流! 2010-05-07 22:50:18
给出的提示是修改成mkmem
默认是mkmem  = nkpt
修改成mkmem  = nkpt_me
在输入里加入这个尝试一下
没遇到过还不太清楚,lz自己摸索一下
博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2010-05-07 20:16:21
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meimeinn

银虫 (小有名气)

好的,谢谢,我试试
5楼2010-05-07 20:29:35
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meimeinn

银虫 (小有名气)

我改成mkmem  = nkpt_me之后,算都算不了,这个怎么回事,晕呐。
6楼2010-05-07 21:49:33
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

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hometownlove(金币+1):谢谢交流 2010-05-19 15:55:13
引用回帖:
Originally posted by meimeinn at 2010-05-07 21:49:33:
我改成mkmem  = nkpt_me之后,算都算不了,这个怎么回事,晕呐。

呵呵, nkpt_me是程序内部的。不用在输入文件里!
7楼2010-05-07 21:57:49
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meimeinn

银虫 (小有名气)

你知道如何解决这个问题吗?
8楼2010-05-07 22:04:48
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casjxm

铜虫 (正式写手)

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zzy870720z(金币+2):感谢说明 2010-05-19 08:05:49
cpu用不起来,说明并行变量没有设置好,100个cpu如果没设置好,10个cpu都不如。
最好按照网上说明做http://www.abinit.org/documentat ... riables/varpar.html  (具体看最后一段)


先设置paral_kgb=-n(n为可用的最大核数)运行后,再根据log中的提示设置npkpt, npband, npfft, bandpp。



If paral_kgb=-n , ABINIT will test automatically if all the processor numbers between 2 and n are convenient for a parallel calculation and print the possible values in the log file. The code will then stop after the printing. This test can be done as well with a sequential as with a parallel version of the code. The user can then choose the adequate number of processor on which he can run his job. He must put again paral_kgb=1 in the input file and launch ABINIT a new time. ABINIT will then find automatically the corresponding values for npband, npfft, npband and bandpp.
9楼2010-05-18 22:05:06
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lzllzl

木虫 (小有名气)

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xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-05-19 00:08:18
不了解你的情况,如果是在cluster上计算,最好让临时文件在本地硬盘读写,减少网络负担,要快些。
10楼2010-05-18 22:23:11
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