版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

[交流] 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】已有8人参与

想请教一下关于siesta中关于几何结构的优化的问题。
我怎么感觉用siesta做几何结构的优化没有高斯做的快。一般siesta都要经过一百多个step都不一定达到收敛。
并且发现用算出来的结果与高斯差别还比较大。
我算了一个分子siesta的输入文件如下：
--------------------------
SystemName saifen-saizuo-H-opt
SystemLabel saifen-saizuo-H-opt

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms 42

%block ChemicalSpeciesLabel
  1 1 H
  2 6 C
  3 7 N
  4 16 S
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.EnergyShift    200 meV

PAO.BasisType split

PAO.BasisSize DZP

LatticeConstant 1.0 Ang

%block LatticeVectors
15.0000000 0.00000000 0.00000000
0.00000000 10.0000000    0.00000000
0.00000000 0.00000000 25.00000000
%endblock LatticeVectors

#kgrid_cutoff 20. Ang

%block kgrid_Monkhorst_Pack
  1 0 0 0.0
  0 1 0 0.0
  0 0 1 0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
xc.authors          PBE          # Exchange-correlation version
SpinPolarized       F             # Logical parameters are: yes or no
FixSpin             F
TotalSpin          0.0
NonCollinearSpin    F                # 'T', 'F'
MeshCutoff            200. Ry             # Equivalent plane wave cutoff for the grid

# SCF options

DM.Tolerance       1.d-4       # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations    300       # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM          T          # to use continuation files
DM.MixingWeight    0.02       # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay       5
DM.MixSCF1          F
DM.PulayOnFile    F          # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt    T          # 'F'=do not neglect
SolutionMethod       Diagon       # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature  300 K       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun          CG          # Type of dynamics:
MD.VariableCell       F
MD.NumCGsteps       300          # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength       Ang          #the units of length used during Z-matrix input
ZM.UnitsAngle       deg          #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength    0.02 eV/Ang #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle    0.00356549 Ry/rad    #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength    0.1  Ang    # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle    0.003 rad    # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces    T          # Default value

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block Zmatrix
cartesian
4                0.00000000 0.00000000 8.69856200 1 1 1
1                2.79923100 -0.46763800 8.13385400 1 1 1
2                2.90063000 -0.52770100 7.04924300 1 1 1
2                0.34415200 -0.25541200 6.98170600 1 1 1
1                3.55796100 0.28012400 6.70996600 1 1 1
1                3.38635700 -1.47357500 6.78696500 1 1 1
2                1.56838000 -0.42941000 6.36930700 1 1 1
4                -0.92122000 -0.17834500 5.76910800 1 1 1
3                1.52283300 -0.52028000 5.00070500 1 1 1
2                0.29993900 -0.41643300 4.52384000 1 1 1
1                -2.83689100 -0.98969500 3.67082200 1 1 1
1                -2.60465800 0.75764900 3.54380400 1 1 1
2                0.01218400 -0.49963400 3.11140100 1 1 1
2                -2.54877600 -0.18404700 2.98541300 1 1 1
2                -1.18154200 -0.40783200 2.40697100 1 1 1
1                -3.27468500 -0.14681500 2.17135800 1 1 1
4                1.34009400 -0.76146500 1.99675300 1 1 1
3                -1.06208200 -0.53880900 1.05048000 1 1 1
2                0.18555700 -0.72949500 0.67526300 1 1 1
1                2.72911400 -1.21416700 -0.60926300 1 1 1
2                0.58352000 -0.89442100 -0.70453700 1 1 1
2                1.84058600 -1.12515600 -1.22627800 1 1 1
4                -0.61088200 -0.82394800 -1.97476800 1 1 1
2                1.86950400 -1.25822300 -2.64315600 1 1 1
1                3.77138900 -2.23698600 -2.87605100 1 1 1
2                0.60547600 -1.12941000 -3.19982300 1 1 1
2                3.13432000 -1.52860200 -3.41569900 1 1 1
1                3.71694800 -0.61118800 -3.56321300 1 1 1
1                -0.92887900 -3.44346400 -3.61577800 1 1 1
1                2.91927000 -1.94526900 -4.40224100 1 1 1
1                -2.42595400 -2.97069100 -4.42601100 1 1 1
2                0.21501300 -1.17784400 -4.61057500 1 1 1
2                -1.36590400 -3.20131900 -4.58681100 1 1 1
2                -0.65057000 -2.05086600 -5.24648800 1 1 1
1                -1.31895100 -4.09632300 -5.21636500 1 1 1
4                0.83947900 0.02229900 -5.73146300 1 1 1
2                -0.77823000 -1.76116800 -6.64188400 1 1 1
2                -0.02960000 -0.69204400 -7.06485700 1 1 1
1                -1.39465700 -2.34293800 -7.31862200 1 1 1
4                0.00000000 0.00000000 -8.69856200 1 1 1
1                1.24219200 0.16226290 -9.08161526 1 1 1
1                1.12657030 0.09837354 9.35981990 1 1 1
%endblock Zmatrix

#WriteWaveFunctions       T          # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion
#WaveFuncKPointsScale    ReciprocalLatticeVectors
#%block WaveFuncKPoints
#0.000 0.000 0.000 from 1 to 14    # Gamma wavefuncs 1 to 10
#%endblock WaveFuncKPoints

# Output options

WriteCoorInitial       T
WriteCoorStep          T
WriteCoorXmol          T
WriteForces             T
WriteEigenvalues       F          # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop       1          # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints          T
#WriteKbands             T
#WriteBands             T
WriteMDCoorXmol          T
WriteMDhistory          T

# Options for saving or reading information

MD.UseSaveZM             T    # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG             T    # Use stored positions and velocities
SaveRho                   T    # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho             T    # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T    # Write the total elect. pot. at the mesh
                              # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential       T    # write the valence total effective local potential
                              # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim             T    # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar             T    # Write information for DENCHAR

------------------------

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-9 at 07:01 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 猜你喜欢

孩子确诊有中度注意力缺陷已经有9人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？已经有3人回复
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向已经有6人回复
论文投稿，期刊推荐已经有4人回复
硕士和导师闹得不愉快已经有13人回复
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗已经有5人回复
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

弘德明志博学笃行

1楼2010-05-04 15:01:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

redskywei

木虫 (著名写手)

应助: 14 (小学生)
金币: 2935.1
散金: 57
红花: 4
帖子: 1413
在线: 300小时
虫号: 222757
注册: 2006-03-21
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-05-07 20:01:32:

这个问题我已经解决了，忘了上来说一声了。原因和你说的第一个原因一致。是因为我使用的PAO.EnergyShift 200 meV太大了，导致了轨道比较局域，相当于使得基组小了，或者更加不完备了。我把这个数调节到10 ...

果然是个专心做计算的，很详细的经验介绍，很受益。

我想讨论一下关于DM.MixingWeight 选项的理解，这个应该是密度矩阵迭代时候，新矩阵产生时的步长参数，也就是在上一步迭代结果中在加上一个猜测值乘以该系数，所以系数大的话有可能越过收敛点，经过几次往返才找到收敛点，系数小的话就小步走向收敛点，漏过的概率更小吧。跟transiesta-c里的那个参数应该是一个意思，这个东西在J. Taylor的博士论文里有详细的说明。

赞一下(2人)

回复此楼

坠入无边的网~~

6楼2010-05-12 17:15:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

算出来的几何结构是这样的

键长的差别一般在0.1-0.2Ang之间。前三个环在一个平面上，这个和高斯计算出来的结果一致。但是第四个环与前三个环的平面的二面角siesta算出来是147°，而高斯6-31G的基组计算出来的是132°，6-31++G**的基组算出来的是120°，siesta算出来的结果和高斯的差别太大了。是我用的赝势不够好吗？还是有什么其他的原因？想请教大家一下。另外我在几何结构优化的时候怎么需要这么多step才能优化完成呢？
下面是我高斯优化的输入：
--------------
#P B3LYP/6-31++G**（6-31G） opt gfinput
pop=full scf=(Maxcyc=2000,conver=6)
--------------

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-4 at 08:24 ]

赞一下

回复此楼

弘德明志博学笃行

2楼2010-05-04 15:19:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)

1ST强帖: 2
应助: 0 (幼儿园)
金币: 169
散金: 4
帖子: 45
在线: 26.3小时
虫号: 408613
注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 物理

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2): 2010-05-07 22:55:17

Siesta计算对体系的轨道展开基的要求比较高（PAO.Basis），可能还需要自己来调整轨道展开基，而不是用他给出的那个设置选项。
而且如果你的体系稍大%block Kgrid_Monkhorst_Pack 中采用111 0.0的k点计算可能积分的精确度不够高，采用更多的K点如444 0.5之类的也许会好一些。
DM.MixingWeight 0.02 这一项在计算中应选的比较高，这一项是进行计算前后电子密度混合的参数，对收敛的速度具有很大影响，建议调的高一点，最大值是1，我有时调到0.4-0.5，当然体系不同这里数值也不同，我的经验是调的高了，收敛性要好一点。
新手，意见仅供参考

赞一下(2人)

回复此楼

3楼2010-05-07 18:26:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

★ ★
wuli8(金币+2): 2010-05-08 18:40:25

引用回帖:

Originally posted by wangsong1016 at 2010-05-07 11:26:00:
Siesta计算对体系的轨道展开基的要求比较高（PAO.Basis），可能还需要自己来调整轨道展开基，而不是用他给出的那个设置选项。
而且如果你的体系稍大%block Kgrid_Monkhorst_Pack 中采用111 0.0的k点计算可能积 ...

这个问题我已经解决了，忘了上来说一声了。原因和你说的第一个原因一致。是因为我使用的PAO.EnergyShift 200 meV太大了，导致了轨道比较局域，相当于使得基组小了，或者更加不完备了。我把这个数调节到100的时候算出来的二面角已经和高斯的6-31G算出来的差不多了，高斯的结果是132，siesta算出来的已经是134了。当然还距6-31++G**的120差距比较大，但是起码我应该确信我的赝势是没什么问题了。再说用这样水平的精度算出来的结果还是有一定的参考价值的。

第二个问题:我做优化的时候采用的是孤立体系的优化，不是周期体系，所以不用设置K点，用111的Gamma点足够了。如果设置多余的K点也是多余的，从计算上来讲仅仅是重复计算。但是要是做的是周期体系的计算的话，必须设置K点，当然原则上K点越多，计算结果越好，但是我们追求的是怎么用尽量少的K点算出比较高精度的结果，这时候要做K点收敛测试了。

第三个问题：我当时采用的是别人设置的 DM.MixingWeight 0.02 这个是在输运体系中设置的。我当时不明白这个选项的含义和作用，所以就没有改。后来发现将这个改为默认值0.25后，对孤立分子体系每个几何结构需要的scf数量有明显变化。明显加快了收敛的速度。并且原来需要上百的step才能达到的几何最优点，现在只需要几十步就搞定了。使得几何结构的优化非常快。原来一天才能完成的，现在不到一个小时完成了。但是要是体系里有大量金属原子的话，0.25的值好像不是很有利于收敛，并且出现反复徘徊的情况。但是设置为0.02后虽然SCF的数量加大了。但是每一步都很稳定的走向收敛趋势。看来这个值还要依据体系的不同而设置不同的数值。现在我也是在总结这个经验，还没有得出自己的结论。
但是那天与老师讨论 DM.MixingWeight 如果设置太小，尤其是到了快自洽的位置会出现假收敛，相当于使得SCF收敛精度降低。导致需要跟多了step了，但是不管怎么样。只要达到了受力的收敛，结果都是一样的。因为SCF的收敛是一个相对的标准。而结合结构优化的受力收敛标准是一个绝对的标准。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-7 at 13:03 ]

赞一下(1人)

回复此楼

弘德明志博学笃行

4楼2010-05-07 20:01:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)

1ST强帖: 2
应助: 0 (幼儿园)
金币: 169
散金: 4
帖子: 45
在线: 26.3小时
虫号: 408613
注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 物理

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

哦，谢谢你的说明，我做的也是刚起步，很多东西都不明白，谢谢，以后多多交流。

赞一下(1人)

回复此楼

5楼2010-05-08 10:57:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

引用回帖:

Originally posted by redskywei at 2010-05-12 10:15:53:

果然是个专心做计算的，很详细的经验介绍，很受益。

我想讨论一下关于DM.MixingWeight 选项的理解，这个应该是密度矩阵迭代时候，新矩阵产生时的步长参数，也就是在上一步迭代结果中在加上一个猜测值乘以该系 ...

你能把那个论文发给我一下吗？我的邮箱是zgp121@126.com
我发现那个参数确实对收敛起到一定的作用，甚至是相当大的作用，但是还是没有总结出来一定的规律！

赞一下

回复此楼

弘德明志博学笃行

7楼2010-05-12 17:22:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

应助: 14 (小学生)
金币: 2935.1
散金: 57
红花: 4
帖子: 1413
在线: 300小时
虫号: 222757
注册: 2006-03-21
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

我手上没有原文了，好久以前看的，好像在一个叫做“密度矩阵的计算”的小节里，论文名叫“Ab-initio modelling of transport in atomic scale devices”。这是transiesta-c的主要作者，里面都是关于输运的，但是我想这个DM.MixingWeight是那里面的那个参数alfa。

赞一下(1人)

回复此楼

坠入无边的网~~

8楼2010-05-13 13:46:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

1ST强帖: 23
应助: 71 (初中生)
贵宾: 0.031
金币: 1973.1
散金: 9059
红花: 79
帖子: 2681
在线: 2128.8小时
虫号: 529624
注册: 2008-03-20
性别: GG
专业: 原子和分子物理

★ ★
zzy870720z(金币+2):感谢分享和总结 2010-05-13 18:35:37

引用回帖:

我认为电子自洽的过程中是这样的：

如果alfa取0，就意味着还是用上一次的输入，因此一步就自洽。当然前提是DM.NumberPulay 取0或者1，采用线性的叠加。即使取别的值，讨论也是相似的。如果alfa取1，也就是用第一步的输出，一般的自洽迭代理论都是采用这种迭代讲的（这是理想的情况）。但是如果取1，容易使计算的结果越过收敛点，或者在收敛点附近反复跳越，为了避免这种情况，所以就取0到1之间的一个值。对于几何优化，这个值取得很小，有可能SCF很快能到达，但是由于收敛是相对的，可能并不是真正的SCF收敛点，所以按照这个算出来的原子下一步的移动就不会准确了，所以有可能导致原子核移动不是按照正确的移动大小和方向。所以这个值的选取不能纯粹的满足SCF收敛越快越好。极限就是取0，一步就自洽，但是几何结构永远都优化不了。
所以我认为这个值的选取还是根据自己的经验，对不同的体系，做不同的选择。我发现对于体系中含有很对金属，尤其是三明治的分子结的话，这个值取的小了，有助于收敛，当然如果纯粹的块体金属的话，这个值取默认的0.25也是很快的。
所以这个值的选取要靠自己体系。
DM.MixingWeight    0.0
DM.NumberPulay       0

* ProcessorY, Blocksize: 1  24

Kpoints in:          1 . Kpoints trimmed:          1

siesta: k-grid: Number of k-points =    1
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =    5.000 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid: 1 0 0    0.000
siesta: k-grid: 0 1 0    0.000
siesta: k-grid: 0 0 1    0.000

* Maximum dynamic memory allocated =    3 MB

siesta:                ==============================
                        Begin CG move =    0

zmatrix: Z-matrix coordinates: (Ang ; deg )
zmatrix: (Fractional coordinates have been converted to cartesian)
cartesian block 1 ( 11 atoms)
   0.00000000    0.00000000 -11.53504000
   0.00000000    0.00000000    -8.65128000
   0.00000000    0.00000000    -5.76752000
   0.00000000    0.00000000    -2.88376000
   0.00000000    0.00000000    -0.29969102
   0.00000000    0.00000000    0.89007294
   0.00000000    0.00000000    2.07603441
   0.00000000    0.00000000    5.06171900
   0.00000000    0.00000000    7.40077786
   0.00000000    0.00000000    10.56870602
   0.00000000    0.00000000    12.92202356

Z-matrix Symbol Section -------
Variables
Constants
------------ End of Z-matrix Information

                     ==============================

outcoor: Atomic coordinates (Ang):
0.00000000 0.00000000  -11.53504000 3    1  Au
0.00000000 0.00000000 -8.65128000 3    2  Au
0.00000000 0.00000000 -5.76752000 3    3  Au
0.00000000 0.00000000 -2.88376000 3    4  Au
0.00000000 0.00000000 -0.29969102 2    5  O
0.00000000 0.00000000 0.89007294 1    6  C
0.00000000 0.00000000 2.07603441 2    7  O
0.00000000 0.00000000 5.06171900 3    8  Au
0.00000000 0.00000000 7.40077786 3    9  Au
0.00000000 0.00000000 10.56870602 3    10  Au
0.00000000 0.00000000 12.92202356 3    11  Au

outcell: Unit cell vectors (Ang):
   10.000000 0.000000 0.000000
      0.000000 10.000000 0.000000
      0.000000 0.000000 40.000000

outcell: Cell vector modules (Ang) : 10.000000 10.000000 40.000000
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):    90.0000    90.0000    90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)       : 4000.0000
New_DM. Step:    1
Initializing Density Matrix...

InitMesh: MESH = 90 x 90 x 360 =    2916000
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) = 200.000 223.865 Ry

* Maximum dynamic memory allocated = 228 MB

siesta: E_KS(eV) =          -8186.0416

siesta: E_KS - E_eggbox =    -8186.0416

zmatrix: Atomic forces (eV/Ang ; eV/deg )
zmatrix: (No information if symbols are used)
cartesian 1 ( 11 atoms)
   1 0.000000 0.000000 1.469766
   2 0.000000 0.000000 -0.003574
   3 -0.000001 0.000000 -0.002103
   4 0.000000 0.000000 0.177179
   5 -0.000001 -0.000001 7.597803
   6 0.000000 0.000000 -0.340836
   7 0.000000 0.000000 -8.406433
   8 0.000000 0.000000 -0.762454
   9 0.000000 0.000000 1.086497
10 0.000000 0.000000 -0.855593
11 0.000000 0.000000 0.027932

Variable forces (eV/Ang ; eV/deg )

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
   1 0.000000 0.000000 1.469766
   2 0.000000 0.000000 -0.003574
   3 -0.000001 0.000000 -0.002103
   4 0.000000 0.000000 0.177179
   5 -0.000001 -0.000001 7.597803
   6 0.000000 0.000000 -0.340836
   7 0.000000 0.000000 -8.406433
   8 0.000000 0.000000 -0.762454
   9 0.000000 0.000000 1.086497
10 0.000000 0.000000 -0.855593
11 0.000000 0.000000 0.027932
----------------------------------------
Tot -0.000002 -0.000002 -0.011816
----------------------------------------
Max 8.406433
Res 2.009049 sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
----------------------------------------
Max 8.406433 constrained

Stress-tensor-Voigt (kbar):       0.02       0.02    16.78       0.00       0.00       0.00
(Free)E + p*V (eV/cell) -8200.0275
Target enthalpy (eV/cell) -8186.0416

mulliken: Atomic and Orbital Populations:

Species: C
Atom  Qatom  Qorb
            2s    2s    2py    2pz    2px    2py    2pz    2px
            2Pdxy 2Pdyz 2Pdz2 2Pdxz 2Pdx2-y2
6  4.000 2.000 0.000 0.667 0.667 0.667 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Species: O
Atom  Qatom  Qorb
            2s    2s    2py    2pz    2px    2py    2pz    2px
            2Pdxy 2Pdyz 2Pdz2 2Pdxz 2Pdx2-y2
5  6.000 2.000 0.000 1.333 1.333 1.333 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7  6.000 2.000 0.000 1.333 1.333 1.333 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Species: Au
Atom  Qatom  Qorb
            6s    6s    5dxy 5dyz 5dz2 5dxz 5dx2-y2 5dxy
            5dyz 5dz2 5dxz 5dx2-y2 6Ppy 6Ppz 6Ppx
1 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
2 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
3 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
4 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
8 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
9 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
  10 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
  11 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

mulliken: Qtot =    104.000

iocg: Reading CG continuation file

* Maximum dynamic memory allocated = 228 MB

siesta:                ==============================
                        Begin CG move =    1

zmatrix: Z-matrix coordinates: (Ang ; deg )
zmatrix: (Fractional coordinates have been converted to cartesian)
cartesian block 1 ( 11 atoms)
   0.00000000    0.00000000 -11.53504000
   0.00000000    0.00000000    -8.65128000
   0.00000000    0.00000000    -5.76752000
   0.00000000    0.00000000    -2.88376000
   0.00000000    0.00000000    -0.29942345
   0.00000000    0.00000000    0.88997887
   0.00000000    0.00000000    2.07598738
   0.00000000    0.00000000    5.01919813
   0.00000000    0.00000000    7.41615991
   0.00000000    0.00000000    10.55388037
   0.00000000    0.00000000    12.96358509

Z-matrix Symbol Section -------
Variables
Constants
------------ End of Z-matrix Information

                     ==============================

outcoor: Atomic coordinates (Ang):
0.00000000 0.00000000  -11.53504000 3    1  Au
0.00000000 0.00000000 -8.65128000 3    2  Au
0.00000000 0.00000000 -5.76752000 3    3  Au
0.00000000 0.00000000 -2.88376000 3    4  Au
0.00000000 0.00000000 -0.29942345 2    5  O
0.00000000 0.00000000 0.88997887 1    6  C
0.00000000 0.00000000 2.07598738 2    7  O
0.00000000 0.00000000 5.01919813 3    8  Au
0.00000000 0.00000000 7.41615991 3    9  Au
0.00000000 0.00000000 10.55388037 3    10  Au
0.00000000 0.00000000 12.96358509 3    11  Au

outcell: Unit cell vectors (Ang):
   10.000000 0.000000 0.000000
      0.000000 10.000000 0.000000
      0.000000 0.000000 40.000000

outcell: Cell vector modules (Ang) : 10.000000 10.000000 40.000000
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):    90.0000    90.0000    90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)       : 4000.0000
New_DM. Step:    2
Re-using DM from previous geometry...
Re-using DM without extrapolation...
Density Matrix sparsity pattern changed.

siesta: E_KS(eV) =          -8186.0629

zmatrix: Atomic forces (eV/Ang ; eV/deg )
zmatrix: (No information if symbols are used)
cartesian 1 ( 11 atoms)
   1 0.000000 0.000000 1.469766
   2 0.000000 0.000000 -0.003574
   3 -0.000001 0.000000 -0.002103
   4 0.000000 0.000001 0.176023
   5 0.000000 -0.000001 7.570474
   6 0.000000 0.000000 -0.306532
   7 0.000000 0.000000 -8.341762
   8 0.000000 0.000000 -0.024341
   9 0.000000 0.000000 0.333634
10 0.000001 0.000000 -0.186785
11 0.000000 0.000000 -0.688501

Variable forces (eV/Ang ; eV/deg )

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
   1 0.000000 0.000000 1.469766
   2 0.000000 0.000000 -0.003574
   3 -0.000001 0.000000 -0.002103
   4 0.000000 0.000001 0.176023
   5 0.000000 -0.000001 7.570474
   6 0.000000 0.000000 -0.306532
   7 0.000000 0.000000 -8.341762
   8 0.000000 0.000000 -0.024341
   9 0.000000 0.000000 0.333634
10 0.000001 0.000000 -0.186785
11 0.000000 0.000000 -0.688501
----------------------------------------
Tot 0.000000 -0.000001 -0.003701
----------------------------------------
Max 8.341762
Res 1.983287 sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
----------------------------------------
Max 8.341762 constrained

Stress-tensor-Voigt (kbar):       0.02       0.02    18.38       0.00       0.00       0.00
(Free)E + p*V (eV/cell) -8201.3813
Target enthalpy (eV/cell) -8186.0629

mulliken: Atomic and Orbital Populations:

Species: C
Atom  Qatom  Qorb
            2s    2s    2py    2pz    2px    2py    2pz    2px
            2Pdxy 2Pdyz 2Pdz2 2Pdxz 2Pdx2-y2
6  4.000 2.000 0.000 0.667 0.667 0.667 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Species: O
Atom  Qatom  Qorb
            2s    2s    2py    2pz    2px    2py    2pz    2px
            2Pdxy 2Pdyz 2Pdz2 2Pdxz 2Pdx2-y2
5  6.000 2.000 0.000 1.333 1.333 1.333 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7  6.000 2.000 0.000 1.333 1.333 1.333 0.000 0.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Species: Au
Atom  Qatom  Qorb
            6s    6s    5dxy 5dyz 5dz2 5dxz 5dx2-y2 5dxy
            5dyz 5dz2 5dxz 5dx2-y2 6Ppy 6Ppz 6Ppx
1 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
2 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
3 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
4 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
8 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
9 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
  10 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
  11 11.000 1.000 0.000 2.000 2.000 2.000 2.000 2.000 0.000
            0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

mulliken: Qtot =    104.000

cgvc_zmatrix: Finished line minimization 1.  Mean atomic displacement = 0.0872

* Maximum dynamic memory allocated = 228 MB

siesta:                ==============================
                        Begin CG move =    2

赞一下(1人)

回复此楼

弘德明志博学笃行

9楼2010-05-13 16:20:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖